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- PDB-6e64: Crystal structure of malaria transmission-blocking antibody 85RF45.1 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6.0E+64 | ||||||
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Title | Crystal structure of malaria transmission-blocking antibody 85RF45.1 | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / malaria / transmission-blocking / antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kundu, P. / Semesi, A. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural delineation of potent transmission-blocking epitope I on malaria antigen Pfs48/45. Authors: Kundu, P. / Semesi, A. / Jore, M.M. / Morin, M.J. / Price, V.L. / Liang, A. / Li, J. / Miura, K. / Sauerwein, R.W. / King, C.R. / Julien, J.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 329.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 281.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 462 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23942.879 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23357.844 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium thiocyanate, pH 6.9, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 30, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→43.4 Å / Num. obs: 15740 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.9 % / Net I/σ(I): 7.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.25 Å / Redundancy: 11.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1394 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.15→43.372 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.64
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→43.372 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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