PDB-6e62: Crystal structure of malaria transmission-blocking antigen Pfs48/...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6.0E+62

タイトル

Crystal structure of malaria transmission-blocking antigen Pfs48/45 6C in complex with antibody 85RF45.1

要素

(85RF45.1 Fab ...) x 2
Pf48/45

キーワード

IMMUNE SYSTEM / malaria / transmission-blocking / antigen / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kundu, P. / Semesi, A. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural delineation of potent transmission-blocking epitope I on malaria antigen Pfs48/45.
著者: Kundu, P. / Semesi, A. / Jore, M.M. / Morin, M.J. / Price, V.L. / Liang, A. / Li, J. / Miura, K. / Sauerwein, R.W. / King, C.R. / Julien, J.P.

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	6e62_validation.cif.gz	61.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e62	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6e63C 6e64C 6e65C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mto-d 5t29-d 5mvz-1 4xzu-2 4xzu-1 1fsk-1 6svl-3 4z5r-6 3eoa-1 5t6l-1 6p8n-1 3eoa-2 4ttd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

P: Pf48/45

H: 85RF45.1 Fab heavy chain

L: 85RF45.1 Fab light chain

A: Pf48/45

B: 85RF45.1 Fab heavy chain

C: 85RF45.1 Fab light chain

ヘテロ分子

126 kDa, 6 ポリマー
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1

P: Pf48/45

H: 85RF45.1 Fab heavy chain

L: 85RF45.1 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Pf48/45

B: 85RF45.1 Fab heavy chain

C: 85RF45.1 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.510, 74.450, 321.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 4分子 HBLC

#2: 抗体	85RF45.1 Fab heavy chain 分子量: 23942.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	85RF45.1 Fab light chain 分子量: 23444.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 PA

#1: タンパク質

Pf48/45

分子量: 15389.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8QVT1, UniProt: Q8I6T1*PLUS

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 93分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.1 M ammonium acetate, 17% (w/v) PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.7 Å / Num. obs: 37228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3756 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→48.697 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2757	1858	5 %
R_work	0.2457	-	-
obs	0.2472	37133	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.697 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8668	0	40	91	8799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.629	12148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.474	3238
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.773	0.3264	139	0.3128	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.773-2.8546	0.3553	142	0.3019	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8546-2.9467	0.3676	138	0.3181	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9467-3.052	0.3707	141	0.3023	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.052-3.1742	0.3027	142	0.2808	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1742-3.3186	0.3242	140	0.2701	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3186-3.4935	0.3123	141	0.2623	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4935-3.7124	0.2659	142	0.2575	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7124-3.9989	0.3076	144	0.2407	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9989-4.4011	0.2469	143	0.2147	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4011-5.0373	0.2669	144	0.2067	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0373-6.3443	0.2439	146	0.235	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3443-48.7047	0.2231	156	0.2382	2942	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0297	0.0578	-0.1027	-0.0276	-0.0184	-0.1128	-0.1125	-0.0569	-0.1683	-0.1698	0.4166	0.115	-0.3994	0.3535	0	-2.3525	-3.4018	1.0799	-2.5095	0.5479	0.1601	49.0906	-32.0068	50.766
2	0.0053	0.0209	-0.0231	0.0013	-0.0298	-0.0045	-0.2172	-0.0931	0.0625	-0.0503	-0.1697	0.0684	-0.0762	0.0684	-0	0.8258	-0.6637	0.2104	0.7644	-0.2352	0.9019	45.5733	-15.0701	21.25
3	0.0093	0.0194	0.0093	0.0237	0.0091	0.0163	-0.2323	-0.0852	-0.0505	-0.1547	-0.1794	0.1141	-0.1513	-0.1227	-0	0.109	0.0283	0.0911	0.4252	-0.0825	0.3605	6.9897	-5.1975	76.6125
4	0.0003	-0.0005	0.0014	0.0008	-0.0008	0.0006	-0.0446	-0.01	-0.0235	-0.0067	-0.0152	-0.0092	0.0056	-0.0066	-0	0.8877	0.0411	-0.0818	0.8037	0.0434	0.9022	19.7681	-15.5124	68.0177
5	0.0068	0.0029	-0.0354	0.0056	0.0294	0.0205	-0.2114	-0.0323	-0.1588	-0.094	0.0929	0.0761	-0.0108	-0.0581	-0	0.1534	-0.0548	-0.0158	0.3211	0.0198	0.3672	5.1122	-12.2079	73.2916
6	0.0121	-0.0093	0.0496	-0.01	0.0027	0.0233	0.0845	0.2601	-0.0117	-0.243	0.2846	-0.1883	0.0098	-0.4384	-0	0.3937	-0.0925	-0.0401	0.484	0.033	-0.2525	7.524	-4.7251	44.6553
7	-0.0072	0.0019	0.0013	0.0026	0.0046	0.0114	-0.1334	0.0406	-0.0136	0.0869	-0.0554	-0.0749	-0.006	-0.0696	0	1.9382	-0.5892	-0.1541	1.7107	0.0415	1.2484	17.4644	6.2795	9.1854
8	0.013	0.0266	-0.0062	0.0308	-0.0485	0.0274	0.0709	0.2399	0.1081	-0.0562	-0.2091	0.0672	-0.0872	0.2399	0	0.2148	-0.3203	0.6694	0.18	0.3747	0.0843	27.6823	3.3362	49.3517
9	-0.0015	0.0015	-0.0121	-0.0073	-0.0037	-0.0003	-0.091	0.0079	-0.0148	-0.0494	-0.0311	0.1082	0.013	0.0447	-0	0.6081	-0.0758	0.2839	0.6461	0.2852	0.5861	29.6147	12.1933	24.5009
10	-0.0008	0.0064	-0.0051	0.0087	0.0078	0.0127	-0.0908	-0.004	0.039	0.084	-0.0489	-0.0033	0.0764	-0.005	-0	1.8081	-0.3344	-0.5738	1.2849	0.1514	1.3058	21.1978	20.0767	17.4983
11	0.0042	-0.0003	-0.0078	0.0046	-0.0016	0.0077	-0.0173	-0.0446	0.0091	0.0224	-0.068	0.1464	-0.0077	0.1234	0	0.1789	-0.0294	0.076	0.207	-0.0568	0.4775	27.5855	-35.7032	77.1848
12	0.0052	-0.0051	0.0065	0.0033	-0.0075	0.0031	-0.0465	0.0513	0.0368	0.0239	-0.0783	-0.0239	-0.0133	0.0576	0	0.1235	-0.1148	0.0109	0.4019	-0.0232	0.4014	25.9561	-50.2063	82.6592
13	0.0024	0.0046	-0.0054	0.0062	0.0111	-0.0032	-0.0596	0.0776	0.0826	-0.0308	-0.0096	0.0051	-0.0258	-0.0365	0	0.2229	-0.0198	0.0244	0.299	-0.032	0.2933	24.736	-45.6708	70.1589
14	0	-0.0007	0.0009	0.0007	-0.0004	-0.0004	-0.0309	-0.0048	-0.0092	-0.0124	-0.0179	0.001	-0.0107	0.0384	0	1.0092	0.0632	-0.061	0.808	0.0331	1.0526	39.2419	-51.9891	66.6694
15	0.0144	0.0003	0.0127	0.0068	0.0055	0.0063	-0.138	0.0531	-0.0116	-0.0716	-0.0514	-0.0009	0.0606	-0.0551	0	0.3283	0.0186	-0.0262	0.2485	0.0068	0.6638	20.1037	-49.7747	68.1489
16	0.002	-0.0048	0.0101	0.0092	0.0102	0.0132	-0.107	0.0501	-0.1333	-0.0448	-0.0077	0.0722	-0.0396	0.1425	0	0.1457	-0.0063	0.0245	0.1917	0.0187	0.3754	24.7892	-48.489	72.8551
17	-0.0003	-0.0054	-0.0099	0.0036	0.0125	0.0081	0.0063	0.0442	-0.0881	-0.0013	0.0557	0.0172	-0.0105	0.1202	-0	0.2809	-0.0204	0.0859	0.2495	-0.026	0.2837	31.5262	-46.7491	75.6215
18	-0.0039	0.0266	0.0127	-0.0047	-0.0268	0.0075	-0.1649	0.0779	-0.1533	-0.2977	0.4848	0.1268	-0.0499	-0.0372	-0	-0.0041	-0.998	0.3434	-1.1956	0.7046	-0.1299	29.3582	-39.9052	45.7927
19	-0.0197	0.0183	0.0105	0.0142	0.0052	0.009	0.0899	0.0841	0.0742	-0.0367	-0.0263	-0.0609	0.0637	-0.0929	0	0.8346	-0.4801	-0.0836	0.84	0.3443	0.5026	38.9338	-26.9128	12.0326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 1 through 98 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 99 through 209 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'P' and (resid 293 through 357 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'P' and (resid 358 through 368 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'P' and (resid 369 through 429 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 1 through 119 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 120 through 214 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 1 through 98 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 99 through 121 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 122 through 209 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 293 through 324 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 325 through 335 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 336 through 357 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 358 through 368 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 369 through 390 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 391 through 414 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 415 through 429 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1 through 103 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 104 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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