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- PDB-6e65: Crystal structure of malaria transmission-blocking antibody TB31F -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6.0E+65 | ||||||
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Title | Crystal structure of malaria transmission-blocking antibody TB31F | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / malaria / transmission-blocking / antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kundu, P. / Semesi, A. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural delineation of potent transmission-blocking epitope I on malaria antigen Pfs48/45. Authors: Kundu, P. / Semesi, A. / Jore, M.M. / Morin, M.J. / Price, V.L. / Liang, A. / Li, J. / Miura, K. / Sauerwein, R.W. / King, C.R. / Julien, J.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 184 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 150.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 430.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 432.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23169.549 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 23841.736 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 26, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→44.7 Å / Num. obs: 73693 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13 % / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.6 Å / Redundancy: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 12770 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.5→44.698 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.28
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→44.698 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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