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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xun | ||||||
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タイトル | Ab 5b1 bound to CA19-9 | ||||||
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![]() | ANTITUMOR PROTEIN / Pancreatic cancer / CA19-9 binder / Diagnosis / Immunotherapy reagent / Immunotheraeutic agent | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Diskin, R. / Borenstein-Katz, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biomolecular Recognition of the Glycan Neoantigen CA19-9 by Distinct Antibodies. 著者: Borenstein-Katz, A. / Warszawski, S. / Amon, R. / Eilon, M. / Cohen-Dvashi, H. / Leviatan Ben-Arye, S. / Tasnima, N. / Yu, H. / Chen, X. / Padler-Karavani, V. / Fleishman, S.J. / Diskin, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 276.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 219.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24823.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23522.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 多糖 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, Bis tris propane pH9, PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.873313 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.41→47.584 Å / Num. obs: 61056 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 9.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6XTG 解像度: 2.41→47.584 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.91
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.76 Å2 / Biso mean: 45.3005 Å2 / Biso min: 18.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.41→47.584 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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