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- PDB-3piq: Crystal structure of human 2909 Fab, a quaternary structure-speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3piq
タイトルCrystal structure of human 2909 Fab, a quaternary structure-specific antibody against HIV-1
要素
  • Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
  • Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / neutralizing / HIV-1 / quaternary epitope / trimeric envelope spike
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.325 Å
データ登録者Changela, A. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Human Antibody 2909 Reveals Conserved Features of Quaternary Structure-Specific Antibodies That Potently Neutralize HIV-1.
著者: Changela, A. / Wu, X. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhu, J. / Nardone, G.A. / O'Dell, S. / Pancera, M. / Gorny, M.K. / Phogat, S. / Robinson, J.E. / Stamatatos, L. / Zolla-Pazner, S. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
L: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
A: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
B: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
C: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
D: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
E: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
F: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
G: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
I: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain
J: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
K: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,94312
ポリマ－284,94312
非ポリマー00
水00
1
H: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
L: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
2
A: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
B: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
3
C: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
D: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
4
E: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
F: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
5
G: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
I: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
6
J: Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain
K: Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4912
ポリマ－47,4912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.373, 180.373, 222.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: 抗体
Human monoclonal antibody 2909 Fab heavy chain


分子量: 24907.670 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Human monoclonal antibody 2909 Fab light chain


分子量: 22582.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
配列の詳細THE NATIVE N-TERMINAL SERINE IN THE 2909 LIGHT CHAIN IS MISSING DUE TO ALTERATION OF THE SIGNAL ...THE NATIVE N-TERMINAL SERINE IN THE 2909 LIGHT CHAIN IS MISSING DUE TO ALTERATION OF THE SIGNAL PEPTIDE SEQUENCE IN THE IMMUNOGLOBULIN EXPRESSED BY TRANSIENT TRANSFECTION FROM SYNTHETIC GENE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (pH 8.5), 0.1M NaCl, 3% galactose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.325→50 Å / Num. obs: 49978 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.325→3.36 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 1322 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 43.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3LRS

3lrs


解像度: 3.325→22.375 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2991 2452 5.12 %RANDOM
Rwork0.2365 ---
obs0.2397 47907 77.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.166 Å2 / ksol: 0.267 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.0592 Å20 Å20 Å2
2---25.0592 Å20 Å2
3---50.1185 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.325→22.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19449 0 0 0 19449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57727218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8637032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033506
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.325-3.38910.3698380.343678282024
3.3891-3.45810.4289550.32171376143142
3.4581-3.5330.3463890.3221544163348
3.533-3.61480.38081080.32751678178653
3.6148-3.70480.38851070.30731875198259
3.7048-3.80450.35761060.30262107221365
3.8045-3.91590.35931110.28282337244871
3.9159-4.04160.35911270.28412557268479
4.0416-4.18510.31671490.25722734288384
4.1851-4.35150.25291630.22032906306990
4.3515-4.5480.30141850.19652987317293
4.548-4.78560.27881720.19543085325795
4.7856-5.08210.22691780.19273108328696
5.0821-5.46920.29031610.19343178333997
5.4692-6.00990.3051640.22533230339498
6.0099-6.85760.32961750.22913273344899
6.8576-8.55860.26331840.22713292347699
8.5586-22.37540.25941800.22783406358699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95110.40120.6651.70890.39170.77440.1271-0.0132-0.0863-0.00680.18820.11310.1518-0.2672-0.30050.5379-0.0762-0.3570.4904-0.06950.9967-91.63-0.789355.7289
22.304-2.63441.222.8218-1.01980.9234-0.32580.0625-0.28690.2054-0.0246-0.6402-0.21480.00180.34720.8142-0.0096-0.55070.5467-0.13061.225-55.905-7.50565.0506
31.49850.6842-0.39150.78130.10111.8213-0.4603-0.00840.7489-0.04160.46710.2596-0.0901-0.41080.11350.4687-0.0091-0.42240.5490.00960.8104-83.283720.145258.1717
41.05490.1799-1.06660.08470.39513.68-0.3408-0.1676-1.0813-0.1246-0.3287-0.40250.41260.21610.81430.6329-0.0234-0.15540.1553-0.04791.2602-52.11244.394252.9481
51.3513-1.7504-0.1422.4274-0.3241.13130.0438-0.21880.4893-0.24030.1307-0.54880.0362-0.0171-0.23220.3385-0.1139-0.03050.3967-0.08020.954438.1931-60.685253.7089
64.83130.0313-2.65134.16750.7371.51720.3194-2.13770.9087-0.29360.0139-1.2563-0.2125-0.2574-0.34290.5144-0.14250.06651.4889-0.49021.012725.5246-24.783161.8871
70.8241-0.4119-0.89071.14910.6190.6471-0.06220.5370.22630.10990.30480.9257-0.1501-0.2818-0.25640.4809-0.0674-0.12260.69080.090.925915.9861-62.016454.9104
81.21120.4332-1.65093.2672-0.83262.2141-0.314-0.2251.32240.05641.11661.5389-0.3131-0.3401-0.74460.4432-0.2416-0.26780.60510.14131.048714.8394-26.851948.7462
92.03420.1396-0.6541.3868-0.52990.27240.05670.29510.1199-0.24650.18430.16930.40040.12960.04090.61760.1371-0.01170.3596-0.16330.085623.7305-82.733920.0331
102.558-1.47840.7043.4088-2.74691.99460.28080.1557-0.2570.4404-0.07720.3566-0.21710.1824-0.26630.39730.0008-0.020.2205-0.10720.43420.3501-54.426812.8462
112.10.84250.3411.2058-0.57031.12590.5666-0.05070.4818-0.1597-0.26120.15470.02580.54-0.31440.30960.05870.02360.5734-0.24570.746137.6114-64.705919.0698
121.0489-0.4209-0.61850.7176-0.47650.7754-0.0874-0.0155-0.2951-0.3086-0.1634-0.4298-0.45810.05380.23070.3191-0.0456-0.02010.2712-0.20520.43248.2002-46.434425.5858
132.16-1.4831-1.12391.5668-0.06951.2744-0.0402-0.63290.2531-0.0653-0.20060.01390.33450.05850.00620.394-0.0102-0.14380.52160.14121.1069-17.4652-36.61853.8978
146.91390.0252-1.71666.8871-2.58291.83790.2744-0.37531.88392.39930.1904-0.46490.44830.1546-0.40181.3041-0.1569-0.15450.24380.00730.5235-55.4887-29.491663.4358
151.82850.54660.07610.208-0.26221.458-0.286-0.2849-0.13370.05010.1466-0.11240.80790.06640.23760.68130.1417-0.00250.48090.09780.8625-27.5443-56.239855.2529
160.22440.9797-0.19782.9737-0.74571.4702-0.36270.12820.4371-0.80280.35960.90960.04330.0844-0.11070.8082-0.1769-0.1930.29890.17980.8101-57.8547-39.917550.2496
172.93760.60410.68210.3970.74072.07610.83860.1472-0.7020.2380.1418-0.57880.4764-0.0152-1.03880.537-0.0395-0.50340.3712-0.03781.3343-36.7722-16.459894.3403
1810.05060.78474.13381.20360.96136.0682-2.0861.38272.54310.17040.66580.7154-0.44060.28851.39660.8246-0.3847-0.71210.81940.34371.387-10.3462-45.595585.4759
190.8845-0.7317-0.77731.11730.06720.99360.74090.0799-0.8946-0.1418-0.24-1.05870.3633-0.1436-0.70040.8609-0.197-0.58360.43960.05471.3376-48.6168-35.2192.8967
206.8883.60616.34642.69172.16426.8913-0.3298-1.36341.7876-0.3409-1.15180.42530.6336-1.25911.28390.6549-0.2971-0.2830.83310.04161.0507-19.1173-53.475297.9551
213.37570.28010.79472.41651.72991.1665-0.41720.31120.08330.33560.30510.1104-0.29710.0114-0.14030.28420.0760.11470.15090.02760.1104-43.9684-36.501117.8604
222.0984-1.20610.69034.60274.27324.85120.1088-0.2522-0.12040.1138-0.023-1.53230.46920.0295-0.29110.4276-0.04530.14550.1183-0.20710.624-18.5354-65.763612.5426
234.9541.41.09431.18452.03013.7260.30070.7083-1.15810.31560.42640.14320.580.03180.35310.15250.03920.24660.12440.26060.0646-56.0262-54.77816.769
241.03110.59090.94060.34170.61790.5614-0.02260.0342-0.2852-0.1597-0.2495-0.05520.02390.05540.26980.4039-0.03940.0330.46450.14710.5221-26.881-73.475825.147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:113)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 114:214)
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 2:110)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 111:208)
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and (resid 1:113)
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 114:214)
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and (resid 2:110)
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and (resid 111:208)
9X-RAY DIFFRACTION9chain E and (resid 1:113)
10X-RAY DIFFRACTION10chain E and (resid 114:214)
11X-RAY DIFFRACTION11chain F and (resid 2:110)
12X-RAY DIFFRACTION12chain F and (resid 111:208)
13X-RAY DIFFRACTION13chain G and (resid 1:113)
14X-RAY DIFFRACTION14chain G and (resid 114:214)
15X-RAY DIFFRACTION15chain I and (resid 2:110)
16X-RAY DIFFRACTION16chain I and (resid 111:208)
17X-RAY DIFFRACTION17chain J and (resid 1:113)
18X-RAY DIFFRACTION18chain J and (resid 114:214)
19X-RAY DIFFRACTION19chain K and (resid 2:110)
20X-RAY DIFFRACTION20chain K and (resid 111:208)
21X-RAY DIFFRACTION21chain H and (resid 1:113)
22X-RAY DIFFRACTION22chain H and (resid 114:214)
23X-RAY DIFFRACTION23chain L and (resid 2:110)
24X-RAY DIFFRACTION24chain L and (resid 111:208)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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