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Yorodumi- PDB-7c94: Crystal structure of the anti-human podoplanin antibody Fab fragm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c94 | ||||||
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Title | Crystal structure of the anti-human podoplanin antibody Fab fragment complex with glycopeptide | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / human podoplanin / monoclonal antibody / glycopeptide | ||||||
Function / homology | Function and homology information lymphatic endothelial cell fate commitment / regulation of myofibroblast contraction / actin-mediated cell contraction / leading edge of lamellipodium / lymphangiogenesis / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chemokine binding / Specification of primordial germ cells / regulation of lamellipodium morphogenesis ...lymphatic endothelial cell fate commitment / regulation of myofibroblast contraction / actin-mediated cell contraction / leading edge of lamellipodium / lymphangiogenesis / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chemokine binding / Specification of primordial germ cells / regulation of lamellipodium morphogenesis / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of platelet aggregation / filopodium membrane / anchoring junction / wound healing, spreading of cells / microvillus membrane / lamellipodium membrane / Rho protein signal transduction / response to hyperoxia / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / lymph node development / ruffle / GPVI-mediated activation cascade / filopodium / cell projection / lung development / cell-cell adhesion / ruffle membrane / platelet activation / cell migration / lamellipodium / cell junction / regulation of cell shape / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / positive regulation of cell migration / membrane raft / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.84 Å | ||||||
Authors | Suzuki, K. / Nakamura, S. / Ogasawara, S. / Naruchi, K. / Shimabukuro, J. / Tukahara, N. / Kaneko, M.K. / Kato, Y. / Murata, T. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2020 Title: Crystal structure of an anti-podoplanin antibody bound to a disialylated O-linked glycopeptide. Authors: Ogasawara, S. / Suzuki, K. / Naruchi, K. / Nakamura, S. / Shimabukuro, J. / Tsukahara, N. / Kaneko, M.K. / Kato, Y. / Murata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7c94.cif.gz | 427.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7c94.ent.gz | 291.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7c94.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/7c94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/7c94 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7c95C 1a4jS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules ADBE
#1: Antibody | Mass: 24260.797 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) #2: Antibody | Mass: 24145.199 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
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-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 4 molecules CF
#3: Protein/peptide | Mass: 1885.144 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: We synthesized the binding epitope region of the Fab fragment that includes the peptide (-L67VATSVNSV-T76-GIRIEDLP84-) possessing a disialyl-core-1 O-glycan at Ther76. Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q86YL7 #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Non-polymers , 3 types, 32 molecules
#5: Chemical | ChemComp-PO4 / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 0.2M magnesium Acetate, 25% v/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Mar 4, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.84→44.2 Å / Num. obs: 19390 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 5.852 % / Biso Wilson estimate: 47.21 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 7.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1A4J Resolution: 2.84→44.2 Å / SU ML: 0.4193 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.0776 / Stereochemistry target values: CDL v1.2 / Details: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.84→44.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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