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- PDB-6vbp: Crystal structure of anti-HIV-1 antibody DH815 bound to gp120 V2 ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vbp | ||||||
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Title | Crystal structure of anti-HIV-1 antibody DH815 bound to gp120 V2 peptide | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM/Viral Protein / Antibody / GP120 V2 / RV305/RV144 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Janus, B.M. / Ofek, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: HIV vaccine delayed boosting increases Env variable region 2-specific antibody effector functions. Authors: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Janus, B. / Gohain, N. / Williams, L.D. / Tay, M.Z. / Monroe, A. / Peachman, K. / Choe, M. / Min, S. / Lusso, P. / Zhang, P. / Go, E.P. / Desaire, H. ...Authors: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Janus, B. / Gohain, N. / Williams, L.D. / Tay, M.Z. / Monroe, A. / Peachman, K. / Choe, M. / Min, S. / Lusso, P. / Zhang, P. / Go, E.P. / Desaire, H. / Bonsignori, M. / Hwang, K.K. / Beck, C. / Kakalis, M. / O'Connell, R.J. / Vasan, S. / Kim, J.H. / Michael, N.L. / Excler, J.L. / Robb, M.L. / Rerks-Ngarm, S. / Kaewkungwal, J. / Pitisuttithum, P. / Nitayaphan, S. / Sinangil, F. / Tartaglia, J. / Phogat, S. / Wiehe, K. / Saunders, K.O. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Arthos, J. / Rao, M. / Joyce, M.G. / Ofek, G.A. / Ferrari, G. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vboC ![]() 6vbqC ![]() 4kmtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24082.684 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 23968.834 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 2675.172 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.2M sodium chloride, 20% PEG 8000 and 0.1M sodium citrate pH 4.2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.298→50 Å / Num. obs: 80681 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 3 % / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 9.31 |
Reflection shell | Resolution: 2.298→2.35 Å / Redundancy: 2.8 % / Num. unique obs: 6592 / Rpim(I) all: 0.483 / % possible all: 77.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4KMT Resolution: 2.298→45.152 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 189.06 Å2 / Biso mean: 54.6552 Å2 / Biso min: 17.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.298→45.152 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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