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Yorodumi- PDB-6vbp: Crystal structure of anti-HIV-1 antibody DH815 bound to gp120 V2 ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6vbp | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of anti-HIV-1 antibody DH815 bound to gp120 V2 peptide | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM/Viral Protein / Antibody / GP120 V2 / RV305/RV144 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.298 Å | ||||||
Authors | Janus, B.M. / Ofek, G. | ||||||
Citation | Journal: JCI Insight / Year: 2020Title: HIV vaccine delayed boosting increases Env variable region 2-specific antibody effector functions. Authors: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Janus, B. / Gohain, N. / Williams, L.D. / Tay, M.Z. / Monroe, A. / Peachman, K. / Choe, M. / Min, S. / Lusso, P. / Zhang, P. / Go, E.P. / Desaire, H. ...Authors: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Janus, B. / Gohain, N. / Williams, L.D. / Tay, M.Z. / Monroe, A. / Peachman, K. / Choe, M. / Min, S. / Lusso, P. / Zhang, P. / Go, E.P. / Desaire, H. / Bonsignori, M. / Hwang, K.K. / Beck, C. / Kakalis, M. / O'Connell, R.J. / Vasan, S. / Kim, J.H. / Michael, N.L. / Excler, J.L. / Robb, M.L. / Rerks-Ngarm, S. / Kaewkungwal, J. / Pitisuttithum, P. / Nitayaphan, S. / Sinangil, F. / Tartaglia, J. / Phogat, S. / Wiehe, K. / Saunders, K.O. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Arthos, J. / Rao, M. / Joyce, M.G. / Ofek, G.A. / Ferrari, G. / Haynes, B.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6vbp.cif.gz | 988.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6vbp.ent.gz | 840.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6vbp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbp | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6vboC ![]() 6vbqC ![]() 4kmtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 24082.684 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 23968.834 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#3: Protein/peptide | Mass: 2675.172 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() Human immunodeficiency virus 1 / References: UniProt: I2E6B7#4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.17 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.2M sodium chloride, 20% PEG 8000 and 0.1M sodium citrate pH 4.2. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.298→50 Å / Num. obs: 80681 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 3 % / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 9.31 |
| Reflection shell | Resolution: 2.298→2.35 Å / Redundancy: 2.8 % / Num. unique obs: 6592 / Rpim(I) all: 0.483 / % possible all: 77.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4KMT Resolution: 2.298→45.152 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.68 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 189.06 Å2 / Biso mean: 54.6552 Å2 / Biso min: 17.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.298→45.152 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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