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Yorodumi- PDB-3mnw: Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mnw | ||||||
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Title | Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / HIV gp41 / MPER / 13H11 / 2F5 / Z13 / 4E10 / Fab antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of establishment of T cell polarity ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / complement activation, classical pathway / actin filament organization / antigen binding / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / blood microparticle / symbiont entry into host cell / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of a Non-Neutralizing HIV-1 gp41 Envelope Antibody Demonstrates Neutralization Mechanism of gp41 Antibodies Authors: Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Ueda, Y. / Liao, H.X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mnw.cif.gz | 194.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mnw.ent.gz | 154.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mnw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mnw_validation.pdf.gz | 448.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3mnw_full_validation.pdf.gz | 452.4 KB | Display | |
Data in XML | 3mnw_validation.xml.gz | 20.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3mnw_validation.cif.gz | 29.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/3mnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/3mnw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3mnzC 3mo1C 3moaC 3mobC 3modC 3mnvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2501.724 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: chemically synthesized peptide of sequence derived from the membrane proximal external region of gp41 Source: (synth.) Human immunodeficiency virus 1 / References: UniProt: P04578*PLUS |
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#2: Antibody | Mass: 24719.545 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: mouse Fv,human Fc Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Cell line (production host): HEK293T CELL / Organ (production host): KIDNEY / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q8TCD0 |
#3: Antibody | Mass: 23521.475 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: mouse Fv,human Fc Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Cell line (production host): HEK293T CELL / Organ (production host): KIDNEY / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: S6B291 |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.2 Details: Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 16, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→47 Å / Num. all: 25866 / Num. obs: 24443 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3MNV Resolution: 2.2→40.6 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.13 / Phase error: 24.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.952 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→40.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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