PDB-3mnw: Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mnw

タイトル

Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation

要素

ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN
Gp41

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / HIV gp41 / MPER / 13H11 / 2F5 / Z13 / 4E10 / Fab antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Non-Neutralizing HIV-1 gp41 Envelope Antibody Demonstrates Neutralization Mechanism of gp41 Antibodies
著者: Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Ueda, Y. / Liao, H.X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F.

履歴

登録	2010年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年6月21日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_fragment / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_fragment / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3mnw.ent.gz	154.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3mnw_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mnw_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	3mnw_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	3mnw_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/3mnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/3mnw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mnzC 3mo1C 3moaC 3mobC 3modC 3mnvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f5b-d 6n7j-2 5cin-d 3c6s-2 6n7j-1 1u8o-d 6vbp-1 1u8h-d 1u8m-d 4yaq-2 4xaw-d 3aaz-2 6o3l-1 1a5f-d 2fx9-2 4m1d-2 4nhc-d 1yek-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (11)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (2)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
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主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
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広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#162 - 2013年6月
ダームシジン (Dermcidin)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (1)

登録構造単位

P: Gp41

A: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN

B: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

50.8 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

P: Gp41

A: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN

B: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

P: Gp41

A: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN

B: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.753, 160.989, 141.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質・ペプチド	Gp41 分子量: 2501.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: chemically synthesized peptide of sequence derived from the membrane proximal external region of gp41 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P04578*PLUS
#2: 抗体	ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN 分子量: 24719.545 Da / 分子数: 1 / Fragment: mouse Fv,human Fc / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 細胞株 (発現宿主): HEK293T CELL / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#3: 抗体	ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN 分子量: 23521.475 Da / 分子数: 1 / Fragment: mouse Fv,human Fc / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 細胞株 (発現宿主): HEK293T CELL / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 詳細: Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47 Å / Num. all: 25866 / Num. obs: 24443 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_271)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MNV

3mnv

解像度: 2.2→40.6 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2528	1986	8.19 %
R_work	0.1811	-	-
obs	0.1869	24245	93.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.952 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7826 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2254 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.5573 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3409	0	4	272	3685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3525
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	4786
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.744	1243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	606

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.255	0.2787	144	0.2088	1614	X-RAY DIFFRACTION	97
2.255-2.316	0.3268	141	0.2112	1617	X-RAY DIFFRACTION	96
2.316-2.3841	0.3158	145	0.2158	1604	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3841-2.4611	0.2951	146	0.2092	1612	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4611-2.549	0.3092	140	0.2045	1570	X-RAY DIFFRACTION	94
2.549-2.6511	0.2651	138	0.1938	1559	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6511-2.7717	0.267	142	0.1856	1571	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7717-2.9178	0.2453	141	0.1809	1571	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9178-3.1005	0.2551	138	0.1789	1541	X-RAY DIFFRACTION	91
3.1005-3.3398	0.2742	138	0.1799	1551	X-RAY DIFFRACTION	91
3.3398-3.6757	0.2462	138	0.1676	1549	X-RAY DIFFRACTION	91
3.6757-4.2071	0.2212	138	0.1613	1558	X-RAY DIFFRACTION	91
4.2071-5.2987	0.2097	143	0.1273	1631	X-RAY DIFFRACTION	94
5.2987-40.6065	0.2017	154	0.1799	1711	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9509	2.5796	-2.8311	8.4988	-4.4135	3.0356	0.4647	-0.4188	0.483	0.7705	-0.2822	0.6938	-0.6522	0.4817	-0.2082	0.182	0.0485	0.0074	0.214	-0.0102	0.1845	-31.3641	-18.2377	-6.1504
2	3.5252	-0.3185	2.0263	0.1283	-0.7052	5.4626	0.2857	-0.2672	-0.6871	0.2241	0.1499	0.1759	0.4448	-0.1605	-0.3043	0.1819	-0.0427	-0.0044	0.2041	0.0235	0.2147	-34.3417	-29.5824	-5.4506
3	3.301	1.281	-1.3568	0.8103	-0.0031	1.3393	-0.2014	0.7238	0.7761	-0.0859	0.0073	0.2619	-0.1387	-0.4296	0.2098	0.1579	0.0468	0.0144	0.2448	0.0617	0.2783	-36.2359	-14.4024	-21.3947
4	0.9626	0.4662	-0.3849	1.1443	0.0898	1.6201	-0.1116	0.0504	-0.1831	-0.001	0.1397	0.1608	0.1225	-0.0894	-0.0222	0.0904	-0.0181	0.0199	0.0828	0.0251	0.1449	-27.9594	-26.6879	-16.3553
5	0.5103	0.2337	0.4553	2.689	-0.0628	1.369	-0.0829	-0.0374	-0.0019	0.4789	0.0396	-0.2444	-0.0956	-0.174	0.168	0.0924	-0.0079	0.0084	0.0819	0.0114	0.1727	-26.1034	-23.3968	-9.7775
6	1.3398	0.2916	-0.3489	0.246	-0.4907	0.8145	0.0649	-0.3796	-0.0955	0.0551	0.1372	0.0803	-0.1228	0.025	-0.172	0.1549	-0.0165	0.0187	0.2882	0.0178	0.2008	-15.4002	-22.2222	20.7969
7	1.4452	0.9299	0.6986	0.8265	0.5344	0.3834	0.2168	-0.1367	0.8796	-0.1029	-0.3687	0.1436	-0.3549	-0.3039	0.102	0.3174	-0.0275	0.0196	0.3808	-0.0003	0.463	-25.8008	-18.5623	15.2752
8	0.7736	0.3981	1.1996	1.0347	-0.6581	3.7928	0.0725	-0.533	0.7133	0.2111	0.212	0.4499	-0.1472	-0.7687	-0.0581	0.2421	0.005	0.1355	0.4265	-0.0924	0.3589	-19.4647	-8.9297	22.4361
9	1.4202	-0.3185	-0.3433	2.3637	1.0054	1.3442	-0.0053	-0.1234	-0.1109	-0.0944	0.2553	-0.2072	-0.0494	0.2591	-0.1505	0.1834	-0.0305	-0.003	0.2486	0.0278	0.1661	-15.6259	-21.5474	15.2775
10	0.5378	0.0106	0.9414	1.2074	-0.0803	1.3833	0.0513	-1.2291	0.2247	0.139	-0.0559	0.2787	-0.1548	-0.5698	0.2746	0.1836	0.0077	0.1216	0.4988	-0.0959	0.2876	-20.4158	-15.2866	27.9753
11	1.4049	-1.2062	-0.4626	4.3753	0.44	2.5188	-0.4076	-0.2583	-0.4075	-0.0659	0.449	-0.1837	0.0563	0.4992	0.1447	0.2371	-0.0247	0.0476	0.1293	-0.0048	0.2584	-9.8166	-25.7944	-22.8464
12	0.5531	-0.2181	0.3228	0.4839	0.2812	0.865	0.0397	0.1695	-0.0729	0.0656	0.0378	-0.0258	0.1437	0.0333	-0.0176	0.0775	-0.0345	0.0224	0.1076	-0.0331	0.1128	-7.458	-13.9752	-17.6538
13	1.5065	0.5257	1.4983	1.398	0.2943	2.9614	-0.1737	-0.0994	0.3924	-0.1791	0.023	0.2994	-0.2564	-0.1936	0.1384	0.1206	-0.0071	-0.0008	0.1362	0.0075	0.2	-16.1076	-8.8151	-20.0451
14	1.3595	1.3816	-0.7983	5.3586	2.4783	3.2667	0.0732	0.0875	1.0495	0.2976	0.1833	0.449	0.0535	0.3629	-0.1336	0.2581	0.01	0.0348	0.2057	-0.1157	0.3647	-18.0301	-1.7131	-13.793
15	1.9987	-1.0171	-1.3178	0.8701	1.7705	4.7164	0.1432	0.2116	0.0705	-0.3511	-0.2698	-0.1607	-0.7813	0.1513	-0.0229	0.1839	-0.0406	0.0111	0.1699	-0.0064	0.1589	-6.1778	-9.0404	-21.7745
16	0.8315	0.1499	0.3777	-0.0399	0.0841	0.5556	-0.0556	0.1131	-0.1121	0.0241	0.1276	-0.0819	-0.0979	0.1235	-0.0366	0.1072	0.0046	-0.0018	0.0828	-0.0154	0.1555	-9.6969	-12.0512	-10.5902
17	1.8798	0.5316	0.9844	1.1169	0.5476	0.5645	0.2903	-0.3451	0.3921	0.4161	-0.0853	0.0799	-0.4265	0.1737	-0.1014	0.1099	0.0008	0.0142	0.1683	-0.0195	0.1055	-2.0832	-19.7934	18.9305
18	1.6586	-0.0706	-0.3528	0.746	0.8405	0.7993	-0.002	-0.2417	-0.0935	-0.0291	0.0131	-0.0692	-0.0183	-0.0501	-0.0207	0.0844	-0.0029	-0.0256	0.121	0.0337	0.1332	-6.1133	-23.7097	14.5821
19	0.14	0.4582	-0.4441	1.1739	-0.8373	1.5878	-0.1218	-0.238	-0.399	-0.0418	-0.1695	-0.4216	0.1225	0.3374	0.2429	0.0981	0.0105	0.0143	0.2158	0.086	0.1896	1.9925	-28.1152	17.0447
20	0.738	-0.4827	0.9612	1.9488	-0.6767	1.2677	-0.1907	-1.0648	0.0597	0.4026	0.7869	-0.6194	0.1887	-1.387	-0.4654	0.287	0.0851	-0.0586	0.5658	0.053	0.1579	-0.1477	-27.9986	26.9785
21	0.0174	-0.1004	-0.0922	1.6367	1.071	0.7121	-0.09	-0.0145	0.1144	0.8155	0.004	-0.0904	0.1132	0.2355	0.0276	0.6832	-0.1104	-0.1052	0.3933	0.137	0.2035	-31.8409	-34.6148	-35.1025
22	0.5852	1.4648	1.1897	7.0366	1.9341	3.007	0.3935	0.1241	-0.3276	0.3403	0.0164	0.6091	0.3858	0.5091	-0.3248	0.3234	0.0227	-0.0697	0.2081	0.019	0.2582	-27.3205	-26.9244	-32.975
23	5.3688	4.0133	1.2409	4.5076	1.1427	0.322	-0.4709	0.7445	0.2414	-0.5639	0.5493	0.2836	0.1175	0.0499	0.0063	0.156	-0.0451	0.0158	0.2054	-0.0346	0.0756	-21.75	-19.3467	-30.7627

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:13)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 16:23)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 24:30C)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 30D:74)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 75:105)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 106:141)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 142:147)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 148:161)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 162:185)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 186:211)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 1:5)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 6:39)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 40:59)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 60:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 65:81)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 82:114)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 115:137)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 138:196)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 197:220)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 221:225)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain P and resid 653:658)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain P and resid 659:664)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain P and resid 665:670)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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