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Yorodumi- PDB-3mo1: Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mo1 | ||||||
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Title | Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / HIV / gp41 MPER / 13H11 / 2F5 / Z13 / 4E10 / Fab antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of a Non-Neutralizing HIV-1 gp41 Envelope Antibody Demonstrates Neutralization Mechanism of gp41 Antibodies Authors: Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Ueda, Y. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mo1.cif.gz | 192.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mo1.ent.gz | 153.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mo1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/3mo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/3mo1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3mnwC 3mnzC 3moaC 3mobC 3modC 3mnvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The biological unit is a heterodimer of one light chain (A) and one heavy chain fragment (B). The biological unit in this structure is the same as the asymmetric unit. |
-Components
#1: Antibody | Mass: 24719.545 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus,Homo sapiens / Cell line (production host): HEK293T CELL / Organ (production host): KIDNEY / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
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#2: Antibody | Mass: 23521.475 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus,Homo sapiens / Cell line (production host): HEK293T CELL / Organ (production host): KIDNEY / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
#3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.2 Details: Reservoir: Qiagen AmSO4 suite condition with 2 M ammonium sulfate, 0.2 M ammonium acetate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 1, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→42.3 Å / Num. all: 40173 / Num. obs: 38807 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3MNV Resolution: 1.8→40.05 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.25 / Phase error: 23.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.331 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→40.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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