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- PDB-1gpo: CRYSTAL STRUCTURE OF THE RATIONALLY DESIGNED ANTIBODY M41 AS A FA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gpo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE RATIONALLY DESIGNED ANTIBODY M41 AS A FAB FRAGMENT
要素(ANTIBODY M41) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / PROTEIN ENGINEERING / ANTIBODY DESIGN / IMMUNOGLOBULIN STRUCTURE / ANTIGEN-BINDING SITE / CANONICAL CONFORMATION / COMPLEMENTARITY-DETERMINING REGION
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / alpha-beta T cell receptor complex / B cell differentiation / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Schiweck, W. / Skerra, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The rational construction of an antibody against cystatin: lessons from the crystal structure of an artificial Fab fragment.
著者: Schiweck, W. / Skerra, A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Fermenter Production of an Artificial Fab Fragment, Rationally Designed for the Antigen Cystatin, and its Optimized Crystallization Through Constant Domain Shuffling
著者: Schiweck, W. / Skerra, A.
履歴
登録1997年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年9月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ANTIBODY M41
H: ANTIBODY M41
M: ANTIBODY M41
I: ANTIBODY M41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9036
ポリマ－96,7114
非ポリマー1922
水11,692649
1
L: ANTIBODY M41
H: ANTIBODY M41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4513
ポリマ－48,3552
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
2
M: ANTIBODY M41
I: ANTIBODY M41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4513
ポリマ－48,3552
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.470, 103.510, 113.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.997725, 0.020407, -0.064249), (-0.016606, -0.998111, -0.059147), (-0.065335, -0.057946, 0.996179)
ベクター: 86.401, 111.177, 7.256)

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY M41


分子量: 24172.518 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PASK85-M41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 W3110 / 参照: UniProt: P01837
#2: 抗体 ANTIBODY M41


分子量: 24182.809 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PASK85-M41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 W3110 / 参照: EMBL: AJ303449, UniProt: P01868*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 5 % DMSO, 0.1 M CACODYLATE PH 6.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Schiweck, W., (1995) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 23, 561.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mammonium sulphate1reservoir
25 %(v/v)DMSO1reservoir
3100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日
放射モノクロメーター: NICKEL FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→60 Å / Num. obs: 69136 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / % possible all: 50.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HYBRID FAB FRAGMENT CONSISTING OF THE MODELLED STRUCTURE FOR THE ARTIFICIAL FV FRAGMENT M41 AND CONSTANT DOMAINS OF THE ANTI-LYSOZYME ANTIBODY HYHEL-10

解像度: 1.95→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 -10 %
Rwork0.214 --
obs0.214 67792 81.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6622 0 10 649 7281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.75
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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