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万見
- PDB-6vl9: Anti-PEG antibody 6-3 Fab fragment in complex with PEG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vl9
タイトルAnti-PEG antibody 6-3 Fab fragment in complex with PEG
要素
  • 6-3 Fab heavy chain
  • 6-3 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / fab / PEG / anti-PEG / polymer / anti-drug
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-9FO
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Huckaby, J.T. / Lai, S.K. / Jacobs, T.M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)F32DE026683 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1810168 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1650116 米国
David and Lucile Packard Foundation2013-39274 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL141934 米国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Structure of an anti-PEG antibody reveals an open ring that captures highly flexible PEG polymers
著者: Huckaby, J.T. / Jacobs, T.M. / Li, Z. / Perna, R.J. / Wang, A. / Nicely, N.I. / Lai, S.K.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 6-3 Fab heavy chain
L: 6-3 Fab light chain
A: 6-3 Fab heavy chain
B: 6-3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5065
ポリマ－97,6074
非ポリマー8991
水4,089227
1
H: 6-3 Fab heavy chain
L: 6-3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7033
ポリマ－48,8042
非ポリマー8991
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20350 Å2
手法PISA
2
A: 6-3 Fab heavy chain
B: 6-3 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8042
ポリマ－48,8042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.711, 169.788, 69.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: 抗体 6-3 Fab heavy chain


分子量: 24736.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): Expi293
#2: 抗体 6-3 Fab light chain


分子量: 24066.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293
#3: 化合物 ChemComp-9FO / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42,45,48,51,54,57-nonadecaoxanonapentacontane-1,59-diol


分子量: 899.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H82O21 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 4K, 100 mM sodium citrate/citric acid pH 5.5, 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→45.36 Å / Num. obs: 31825 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / CC1/2: 0.97 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.63→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.86 / CC star: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3o2v

3o2v


解像度: 2.63→43.82 Å / SU ML: 0.3241 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.0814
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 1999 6.29 %
Rwork0.1779 29766 -
obs0.1824 31765 97.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→43.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6545 0 61 227 6833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00876765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98249179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531020
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2201943
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.70.34421400.23352090X-RAY DIFFRACTION97.72
2.7-2.770.31521450.22412159X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.850.31971430.22522116X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.950.31641430.20742132X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.050.27961440.20342145X-RAY DIFFRACTION99.87
3.05-3.170.30171440.2042161X-RAY DIFFRACTION99.57
3.17-3.320.29231450.20352139X-RAY DIFFRACTION99.74
3.32-3.490.24311430.18722131X-RAY DIFFRACTION98.96
3.49-3.710.23761420.17262124X-RAY DIFFRACTION98.61
3.71-40.23471420.16582117X-RAY DIFFRACTION97.88
4-4.40.23461390.14692076X-RAY DIFFRACTION94.54
4.4-5.040.18081370.13282043X-RAY DIFFRACTION92.81
5.04-6.340.20171440.15122140X-RAY DIFFRACTION95.89
6.35-45.360.24231480.1812193X-RAY DIFFRACTION93.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45591121716-1.407169307060.3238041012.97922497150.1079833376560.9538743358540.04147024030160.1081455339536.30619607068E-5-0.055460169486-0.0655234943977-0.308309903022-0.01127446628230.0329436305560.03766696477210.215677202587-0.02954985803490.0149466779920.2861356538360.04625164545410.370407743983-5.9639247796455.0370851574-50.4378722942
23.931260973860.5178660091872.23189617193.268876515341.51297005053.12017072235-0.059938500660.0526995184844-0.0846814734282-0.02099015664630.0901119918325-0.1602270076670.2422350452750.159062414527-0.04271013927590.2433444246980.007515478699390.05514188897940.2439322472130.01560048012970.244702975638-7.9099296731719.6660641353-58.9897189791
30.7427267341940.4129234472420.2458065223513.841349393490.604236321281.666212764640.1356105806010.0336320296825-0.0102933098947-0.0252100540184-0.07672135100250.3540677176150.0495627278693-0.142609693942-0.06260537939220.1888555391140.003872645505570.003025707749110.292041279489-0.01557949286960.351582693026-29.080474140352.5989873791-51.9237216148
44.47008358381-0.4652311056191.549904596652.426561707-0.6563797065662.75060396749-0.00268944279831-0.102064476217-0.1018652984990.156247004196-0.07594370052240.0414121123806-0.05987174055640.08856702185540.1226721661630.3017306785430.002583269860640.02135432743850.227380085872-0.02948564812050.23980765803-17.136913389418.2862031261-45.3392408408
52.184473856442.320195038130.4316102041295.449288732791.065728024890.8149281255550.0709176178377-0.0312439506246-0.1715010599570.215323165218-0.0471590299789-0.2485751367770.009826752162050.0660576581756-0.01523403982420.2120231613370.02631877589190.00403746251530.273659785770.04370743888790.251045621987-13.19625290910.160371905121-12.9409918261
60.9441693539650.177459875767-0.03277915794323.80992461589-0.2590440866780.3099572535760.01719318407250.01436024220590.1554942257780.188444876965-0.00996403092752-0.186405973718-0.1141872194670.0174026918461-0.01926724893560.278545125187-0.0302715515135-0.008677941702250.297216918446-0.002031642538460.221310161924-17.133768572327.9375857399-10.789496611
71.398694379070.15816392432-0.09422631182026.32397589332-0.1320753881321.330933869030.123310581281-0.06372330545790.104358721076-0.301863337473-0.1188603422670.481056586513-0.0772698828554-0.0447589310855-0.01091811889050.2052102001220.0119173747337-0.039363427240.278381281689-0.02911411007820.272447389834-31.41971761893.9655131372-26.8034000499
84.078800934280.556092099706-0.2267067031733.78498483312-0.4466487767021.297899936060.06356073773640.2555598336570.125801879881-0.499200925648-0.09438830766220.0146679246322-0.1359988505240.06554050651210.004964990574520.4018045539230.0251954033644-0.0160160534160.229177891519-0.004054570576720.202280475972-16.828835222838.8897649464-26.0481516908
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 1:117)AC1 - 1171 - 118
22(chain A and resid 118:227)AC118 - 227119 - 209
33(chain B and resid 2:107)BD2 - 1071 - 111
44(chain B and resid 108:213)BD108 - 213112 - 217
55(chain H and resid 1:74)HA1 - 741 - 75
66(chain H and resid 75:228)HA75 - 22876 - 210
77(chain L and resid 1:107)LB1 - 1071 - 112
88(chain L and resid 108:213)LB108 - 213113 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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