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- PDB-5ibu: 6652 Fab (unbound) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ibu
タイトル6652 Fab (unbound)
要素
  • 6652 Heavy Chain
  • 6652 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / unbound
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2016
タイトル: Influenza immunization elicits antibodies specific for an egg-adapted vaccine strain.
著者: Raymond, D.D. / Stewart, S.M. / Lee, J. / Ferdman, J. / Bajic, G. / Do, K.T. / Ernandes, M.J. / Suphaphiphat, P. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Del Giudice, G. / Finco, O. / Kang, T.H. ...著者: Raymond, D.D. / Stewart, S.M. / Lee, J. / Ferdman, J. / Bajic, G. / Do, K.T. / Ernandes, M.J. / Suphaphiphat, P. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Del Giudice, G. / Finco, O. / Kang, T.H. / Ippolito, G.C. / Georgiou, G. / Kepler, T.B. / Haynes, B.F. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 6652 Light Chain
G: 6652 Heavy Chain
H: 6652 Heavy Chain
L: 6652 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5404
ポリマ－96,5404
非ポリマー00
水19,1861065
1
B: 6652 Light Chain
G: 6652 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2702
ポリマ－48,2702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
2
H: 6652 Heavy Chain
L: 6652 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2702
ポリマ－48,2702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.630, 89.570, 117.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 6652 Light Chain


分子量: 23613.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 6652 Heavy Chain


分子量: 24656.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1065 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M NaCitrate pH 5.6, 20% PEG 4K, 20% Isopropanol and 10% glycerol as a cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 173.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999973 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→44.78 Å / Num. obs: 103494 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 25.65 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 11.88
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.71-1.811.1381.02174.7
1.81-1.931.0732.65199.4
1.93-2.090.5085.6199.7
2.09-2.290.2958.35199.7
2.29-2.560.17911.45199.5
2.56-2.950.09216.71199.1
2.95-3.610.04424.35197.9
3.61-5.090.0332.67196.4
5.09-44.780.02340.89196.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HP0,4FQL

4hp0

4fql


解像度: 1.71→44.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Blow DPI: 0.121 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.116
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 5175 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 103492 95.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 116.43 Å2 / Biso mean: 25.9 Å2 / Biso min: 10.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8078 Å20 Å20.7645 Å2
2--0.9937 Å20 Å2
3---3.8142 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6671 0 0 1065 7736
Biso mean---36.51 -
残基数----873
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2256SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes144HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes999HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6844HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion894SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8422SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6844HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9314HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.49
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.49 238 5 %
Rwork0.459 4525 -
all-4763 -
obs--59.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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