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Yorodumi- PDB-5ibl: Human antibody 6639 in complex with influenza hemagglutinin H1 X-181 -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5ibl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Human antibody 6639 in complex with influenza hemagglutinin H1 X-181 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Hemagglutinin / complex / antibody / vaccine | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.39 Å | ||||||
Authors | Raymond, D.D. / Harrison, S.C. | ||||||
Citation | Journal: Nat. Med. / Year: 2016Title: Influenza immunization elicits antibodies specific for an egg-adapted vaccine strain. Authors: Raymond, D.D. / Stewart, S.M. / Lee, J. / Ferdman, J. / Bajic, G. / Do, K.T. / Ernandes, M.J. / Suphaphiphat, P. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Del Giudice, G. / Finco, O. / Kang, T.H. ...Authors: Raymond, D.D. / Stewart, S.M. / Lee, J. / Ferdman, J. / Bajic, G. / Do, K.T. / Ernandes, M.J. / Suphaphiphat, P. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Del Giudice, G. / Finco, O. / Kang, T.H. / Ippolito, G.C. / Georgiou, G. / Kepler, T.B. / Haynes, B.F. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5ibl.cif.gz | 686.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5ibl.ent.gz | 574.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5ibl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5ibl_validation.pdf.gz | 522.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5ibl_full_validation.pdf.gz | 557.2 KB | Display | |
| Data in XML | 5ibl_validation.xml.gz | 57.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5ibl_validation.cif.gz | 77.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ibl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ibl | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5ibtC ![]() 5ibuSC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20133.242 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 345-520 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: C9EL84#2: Protein | Mass: 36432.102 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 17-344 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Gene: HA / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: C9EL84#3: Antibody | Mass: 24664.660 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#4: Antibody | Mass: 23335.873 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#5: Sugar | ChemComp-NAG / Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.48 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 12% (w/v) PEG 8000, 10% (w/v) MPD and 25 mM KH2PO4 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 173.15 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.39→44.81 Å / Num. obs: 32602 / % possible obs: 95.5 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 125.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 4.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.39→3.59 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 1.73 / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / % possible all: 94 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5IBU Resolution: 3.39→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / Rfactor Rfree error: 0 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.533
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| Displacement parameters | Biso mean: 140.46 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.56 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.39→44.81 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.39→3.5 Å / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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