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- PDB-5ibl: Human antibody 6639 in complex with influenza hemagglutinin H1 X-181 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ibl
タイトルHuman antibody 6639 in complex with influenza hemagglutinin H1 X-181
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • 6639 Heavy Chain
  • 6639 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Hemagglutinin / complex / antibody / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2016
タイトル: Influenza immunization elicits antibodies specific for an egg-adapted vaccine strain.
著者: Raymond, D.D. / Stewart, S.M. / Lee, J. / Ferdman, J. / Bajic, G. / Do, K.T. / Ernandes, M.J. / Suphaphiphat, P. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Del Giudice, G. / Finco, O. / Kang, T.H. ...著者: Raymond, D.D. / Stewart, S.M. / Lee, J. / Ferdman, J. / Bajic, G. / Do, K.T. / Ernandes, M.J. / Suphaphiphat, P. / Settembre, E.C. / Dormitzer, P.R. / Del Giudice, G. / Finco, O. / Kang, T.H. / Ippolito, G.C. / Georgiou, G. / Kepler, T.B. / Haynes, B.F. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: 6639 Heavy Chain
D: 6639 Light Chain
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
H: 6639 Heavy Chain
L: 6639 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,68015
ポリマ－209,1328
非ポリマー1,5487
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: 6639 Heavy Chain
L: 6639 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0086
ポリマ－104,5664
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 6639 Heavy Chain
D: 6639 Light Chain
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,6729
ポリマ－104,5664
非ポリマー1,1065
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.130, 104.720, 116.660
Angle α, β, γ (deg.)101.95, 95.33, 98.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20133.242 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 345-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C9EL84
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 36432.102 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C9EL84
#3: 抗体 6639 Heavy Chain


分子量: 24664.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 6639 Light Chain


分子量: 23335.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% (w/v) PEG 8000, 10% (w/v) MPD and 25 mM KH2PO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 173.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→44.81 Å / Num. obs: 32602 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 125.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3.39→3.59 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 1.73 / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IBU

5ibu


解像度: 3.39→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.533
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1635 5.02 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 32597 95.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 140.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.097 Å2-14.1228 Å2-2.9614 Å2
2---6.6789 Å2-10.456 Å2
3---9.776 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.39→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13076 0 98 0 13174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00813499HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0318342HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4582SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes317HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1940HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13499HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1800SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14864SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.39→3.5 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 146 4.99 %
Rwork0.22 2779 -
obs-2925 90.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2726-0.1636-0.4820.2359-0.7443-0.4420.00720.0199-0.0001-0.04130.0106-0.04470.00080.0445-0.0178-0.08380.1165-0.08160.1014-0.06850-41.6216-27.0422-39.6118
20.76151.7796-4.58331.2361-2.0861-1.98640.00290.0287-0.1114-0.3164-0.0777-0.0548-0.1250.13630.07470.1530.3915-0.1384-0.24130.03280.1014-29.8398-30.2459-17.8292
30.3666-0.1327-1.0970.6067-1.1491-0.76750.00180.02820.0304-0.0136-0.01890.0049-0.00140.00150.0171-0.04660.24980.12740.19690.0820.1387-30.8688-53.38971.3523
4-0.90672.30261.02711.6062-1.5692-0.65780.0544-0.0949-0.1391-0.0551-0.00650.1791-0.0599-0.1507-0.0479-0.16780.26120.0015-0.3444-0.2376-0.0118-36.2516-41.5497-7.9388
50.14130.40761.76191.4047-0.19990.23720.00460.0292-0.0053-0.00510.02630.113-0.01030.0711-0.03090.17430.3971-0.28580.04760.17480.1381-41.6996-26.6476-19.3325
6-0.2047-0.24131.25320.4881-1.27611.5603-0.02140.1332-0.09710.0407-0.0432-0.0368-0.1339-0.04020.06460.08110.4032-0.16660.0591-0.1296-0.07-45.3615-11.5923-28.2806
70.11641.22870.50221.5084-1.5424-0.45780.008-0.0310.0228-0.04090.01470.0407-0.0253-0.0046-0.02260.0220.0435-0.0708-0.09890.26920.1683-39.546-8.4021-39.6547
8-0.0251-1.01781.56331.5329-2.5811-0.9225-0.01-0.02320.03890.00840.067-0.10660.06940.1026-0.05710.20860.1668-0.1159-0.09710.0027-0.006-54.54542.4502-40.3108
93.8786-2.32296.8713.644-3.59860.3791-0.07520.2010.16110.15730.18870.185-0.04990.0037-0.11350.05030.4063-0.15330.17170.164-0.015-41.8242-39.3084-23.3685
104.8935-0.71210.4944-0.3879-0.50395.32510.10820.398-0.1862-0.42150.0239-0.13790.0797-0.2138-0.13210.06790.13480.108-0.0558-0.0358-0.3247-16.3123-63.2828-16.4073
115.1945-4.13095.021-0.8351-1.11571.84160.05180.35650.1312-0.21360.0442-0.20290.0110.0718-0.0960.1365-0.03580.11280.2082-0.0627-0.1665-7.8321-68.5789-8.0733
126.2284-2.3262-0.70387.0236-1.40736.5846-0.08080.30870.5057-0.1066-0.3324-0.00830.0206-0.89860.4132-0.1943-0.08790.0854-0.1879-0.1902-0.1687-5.336-68.67260.5238
130.2663-0.7762-1.09755.93550.75835.3107-0.09740.04130.1496-0.25850.259-0.49720.18490.1584-0.1616-0.0368-0.19370.07510.0743-0.009-0.00610.3118-82.32254.9784
142.72.09850.13720.16870.36457.95540.0035-0.5120.64630.1364-0.284-0.2558-0.2729-0.13650.2805-0.0751-0.04140.123-0.191-0.01010.16581.8234-69.09039.7912
151.6063-0.4466-4.78472.62593.93414.4785-0.0555-0.26040.55420.4679-0.1105-0.25740.1389-0.2560.166-0.1648-0.2892-0.1823-0.0307-0.1310.1951-0.4088-70.603118.2004
160.85731.4569-0.9381-2.20315.75363.62530.0406-0.0958-0.0748-0.00360.02210.3214-0.0083-0.016-0.0627-0.0853-0.2032-0.03980.1805-0.0451-0.0725-13.462-82.721213.7619
175.8105-0.3302-1.25817.2394-1.69043.8870.028-0.22380.92980.13090.0191-0.1953-0.3165-0.5622-0.0471-0.0465-0.1442-0.0199-0.2298-0.1601-0.0379-0.8448-67.27617.8513
182.89480.566-0.36561.0565-0.9749-0.6251-0.09870.45680.2464-0.56070.33230.03510.0636-0.4142-0.23360.37420.2284-0.02190.24990.0032-0.1108-22.5447-54.4577-15.7171
193.80293.2793-3.24093.8728-1.55192.11950.0413-0.0712-0.1260.12470.13530.2403-0.1468-0.3271-0.1765-0.0481-0.0323-0.07160.47220.1151-0.1541-91.734215.9189-32.4914
204.09334.3075-1.14076.04912.34227.5494-0.0145-0.4394-0.44890.1330.1345-0.05160.22090.0355-0.12-0.2352-0.17980.19560.53010.1809-0.4289-82.877720.1241-25.4828
214.62370.58270.22441.8422-3.948-1.78210.0815-0.4753-0.10850.17610.06860.2053-0.1627-0.2789-0.1501-0.101-0.05260.31830.2280.1942-0.1459-89.502519.0374-22.4502
221.1363-0.68535.52384.2490.17642.8320.01460.0199-0.05890.0738-0.10040.0301-0.475-0.54910.0858-0.1466-0.12290.04550.31170.2842-0.2958-87.450423.2201-29.3328
232.15964.27340.48041.5858-0.2478-0.3133-0.00560.1256-0.00890.02030.03080.0075-0.1973-0.0737-0.0252-0.3583-0.354-0.07930.53960.0188-0.1311-68.668214.3674-17.0509
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256.5037-4.3463.6166-3.00013.82812.74120.00840.1973-0.2984-0.25110.0390.04690.14750.0179-0.0474-0.0981-0.3693-0.28180.36-0.0701-0.1263-95.374934.4342-58.6552
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741.496-1.864-3.8338-1.0371-0.73698.14860.04890.1709-0.3158-0.02480.337-0.08560.11940.0353-0.3859-0.12910.1634-0.260.0140.1938-0.2157-4.2399-120.732247.6208
751.9813-1.7865-5.67789.4278-3.5816-3.16980.1225-0.2573-0.86-0.13350.02840.02380.30370.1828-0.15090.47050.2652-0.33830.08840.2578-0.10354.2998-135.784152.5271
76-1.42631.22513.77840.7710.60432.86630.00790.0357-0.0401-0.0257-0.05990.0753-0.0264-0.05890.0520.48230.0554-0.2944-0.14120.2368-0.0628-0.2118-140.745959.4293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|15 - 19}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|36 - 68}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|69 - 87}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|88 - 103}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|104 - 113}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|114 - 126}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|148 - 154}
8X-RAY DIFFRACTION8{A|159 - 174}
9X-RAY DIFFRACTION9{B|20 - 45}
10X-RAY DIFFRACTION10{B|46 - 67}
11X-RAY DIFFRACTION11{B|68 - 86}
12X-RAY DIFFRACTION12{B|87 - 131}
13X-RAY DIFFRACTION13{B|132 - 160}
14X-RAY DIFFRACTION14{B|161 - 190}
15X-RAY DIFFRACTION15{B|191 - 214}
16X-RAY DIFFRACTION16{B|215 - 226}
17X-RAY DIFFRACTION17{B|227 - 260}
18X-RAY DIFFRACTION18{B|261 - 313}
19X-RAY DIFFRACTION19{C|3 - 29}
20X-RAY DIFFRACTION20{C|30 - 58}
21X-RAY DIFFRACTION21{C|59 - 82}
22X-RAY DIFFRACTION22{C|83 - 102}
23X-RAY DIFFRACTION23{C|103 - 109}
24X-RAY DIFFRACTION24{C|110 - 129}
25X-RAY DIFFRACTION25{C|130 - 160}
26X-RAY DIFFRACTION26{C|161 - 194}
27X-RAY DIFFRACTION27{C|195 - 217}
28X-RAY DIFFRACTION28{C|218 - 225}
29X-RAY DIFFRACTION29{D|1 - 25}
30X-RAY DIFFRACTION30{D|26 - 39}
31X-RAY DIFFRACTION31{D|40 - 55}
32X-RAY DIFFRACTION32{D|56 - 91}
33X-RAY DIFFRACTION33{D|92 - 109}
34X-RAY DIFFRACTION34{D|110 - 148}
35X-RAY DIFFRACTION35{D|149 - 156}
36X-RAY DIFFRACTION36{D|157 - 181}
37X-RAY DIFFRACTION37{D|182 - 206}
38X-RAY DIFFRACTION38{D|207 - 215}
39X-RAY DIFFRACTION39{E|10 - 23}
40X-RAY DIFFRACTION40{E|36 - 45}
41X-RAY DIFFRACTION41{E|46 - 68}
42X-RAY DIFFRACTION42{E|69 - 87}
43X-RAY DIFFRACTION43{E|88 - 113}
44X-RAY DIFFRACTION44{E|114 - 126}
45X-RAY DIFFRACTION45{E|148 - 154}
46X-RAY DIFFRACTION46{E|159 - 174}
47X-RAY DIFFRACTION47{F|20 - 29}
48X-RAY DIFFRACTION48{F|30 - 44}
49X-RAY DIFFRACTION49{F|45 - 99}
50X-RAY DIFFRACTION50{F|100 - 128}
51X-RAY DIFFRACTION51{F|129 - 160}
52X-RAY DIFFRACTION52{F|161 - 188}
53X-RAY DIFFRACTION53{F|189 - 210}
54X-RAY DIFFRACTION54{F|211 - 261}
55X-RAY DIFFRACTION55{F|262 - 287}
56X-RAY DIFFRACTION56{F|288 - 321}
57X-RAY DIFFRACTION57{H|1 - 27}
58X-RAY DIFFRACTION58{H|28 - 46}
59X-RAY DIFFRACTION59{H|47 - 81}
60X-RAY DIFFRACTION60{H|82 - 102}
61X-RAY DIFFRACTION61{H|103 - 108}
62X-RAY DIFFRACTION62{H|109 - 129}
63X-RAY DIFFRACTION63{H|130 - 166}
64X-RAY DIFFRACTION64{H|167 - 193}
65X-RAY DIFFRACTION65{H|194 - 217}
66X-RAY DIFFRACTION66{H|218 - 225}
67X-RAY DIFFRACTION67{L|1 - 25}
68X-RAY DIFFRACTION68{L|26 - 46}
69X-RAY DIFFRACTION69{L|47 - 75}
70X-RAY DIFFRACTION70{L|76 - 94}
71X-RAY DIFFRACTION71{L|95 - 108}
72X-RAY DIFFRACTION72{L|109 - 148}
73X-RAY DIFFRACTION73{L|149 - 158}
74X-RAY DIFFRACTION74{L|159 - 179}
75X-RAY DIFFRACTION75{L|180 - 206}
76X-RAY DIFFRACTION76{L|207 - 215}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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