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万見
- PDB-3i2w: Crystal structure of EFC/F-BAR domain of Drosophila Syndapin/PACSIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i2w
タイトルCrystal structure of EFC/F-BAR domain of Drosophila Syndapin/PACSIN
要素Syndapin
キーワードENDOCYTOSIS / EFC / FBAR / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cleavage furrow ingression / spindle assembly involved in male meiosis / male meiosis cytokinesis / subsynaptic reticulum / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / plasma membrane tubulation / membrane organization / regulation of endocytosis / mitotic cytokinesis / cleavage furrow ...cleavage furrow ingression / spindle assembly involved in male meiosis / male meiosis cytokinesis / subsynaptic reticulum / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / plasma membrane tubulation / membrane organization / regulation of endocytosis / mitotic cytokinesis / cleavage furrow / cytoskeleton organization / phospholipid binding / midbody / postsynaptic membrane / endosome / lipid binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / SH3 domain / Src homology 3 domains ...Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Edeling, M.A. / Owen, D.J. / Traub, L.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Structural requirements for PACSIN/Syndapin operation during zebrafish embryonic notochord development.
著者: Edeling, M.A. / Sanker, S. / Shima, T. / Umasankar, P.K. / Honing, S. / Kim, H.Y. / Davidson, L.A. / Watkins, S.C. / Tsang, M. / Owen, D.J. / Traub, L.M.
履歴
登録2009年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syndapin
B: Syndapin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3477
ポリマ－69,0942
非ポリマー2535
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area29850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.595, 85.525, 192.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Syndapin / LD46328p


分子量: 34547.016 Da / 分子数: 2 / 断片: EFC/F-BAR domain, UNP residues 14-303 out of 494 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG33094, Dmel_CG33094, Synd, syndapin / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VDI1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% PEG 3350, 0.1M disodium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→78.09 Å / Num. obs: 30043 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 4184 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.67→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.876 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.449 / ESU R Free: 0.286
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25789 1522 5.1 %RANDOM
Rwork0.23407 ---
obs0.2353 28462 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.65 Å2 / Biso mean: 43.032 Å2 / Biso min: 12.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.73 Å20 Å20 Å2
2---4.54 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4612 0 15 104 4731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1081.9326345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8815552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89125.328244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.73415923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4611521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0241.52767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04824471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.46431953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8774.51874
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.675→2.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 106 -
Rwork0.344 2010 -
all-2116 -
obs--96.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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