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- PDB-3haj: Crystal structure of human PACSIN2 F-BAR domain (p212121 lattice) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3haj
タイトルCrystal structure of human PACSIN2 F-BAR domain (p212121 lattice)
要素human PACSIN2 F-BAR
キーワードENDOCYTOSIS / PACSIN / Syndapin / FAP52 / F-BAR / Alternative splicing / Coiled coil / Cytoplasmic vesicle / Phosphoprotein / Polymorphism / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cell projection morphogenesis / caveola assembly / plasma membrane tubulation / protein localization to endosome / phosphatidic acid binding / negative regulation of endocytosis / caveolin-mediated endocytosis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of endocytosis / cytoskeletal protein binding ...cell projection morphogenesis / caveola assembly / plasma membrane tubulation / protein localization to endosome / phosphatidic acid binding / negative regulation of endocytosis / caveolin-mediated endocytosis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of endocytosis / cytoskeletal protein binding / cytoskeleton organization / adherens junction / modulation of chemical synaptic transmission / caveola / phospholipid binding / centriolar satellite / ruffle membrane / recycling endosome membrane / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton organization / protein-macromolecule adaptor activity / early endosome / endosome / nuclear speck / cilium / cadherin binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PACSIN2, F-BAR domain / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain ...PACSIN2, F-BAR domain / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Wang, Q. / Navarro, M.V.A.S. / Peng, G. / Rajashankar, K.R. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Molecular mechanism of membrane constriction and tubulation mediated by the F-BAR protein Pacsin/Syndapin.
著者: Wang, Q. / Navarro, M.V. / Peng, G. / Molinelli, E. / Lin Goh, S. / Judson, B.L. / Rajashankar, K.R. / Sondermann, H.
履歴
登録2009年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human PACSIN2 F-BAR
B: human PACSIN2 F-BAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7154
ポリマ－111,6352
非ポリマー802
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area32530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.295, 88.395, 357.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 human PACSIN2 F-BAR / Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2


分子量: 55817.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PACSIN2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UNF0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG-MME 5000, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→44.72 Å / Num. all: 25179 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 78.8 Å2 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.78→2.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3092 / % possible all: 30.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HAI

3hai


解像度: 2.78→44.715 Å / SU ML: 2.2 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 1259 5 %RANDOM
Rwork0.2241 ---
all0.2265 25179 --
obs0.2265 25178 95.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.3 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 78.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.501 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.842 Å20 Å2
3----12.487 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→44.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4715 0 2 36 4753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6726440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3391863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003840
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.89160.4081130.34352147X-RAY DIFFRACTION79
2.8916-3.02320.30211390.2462640X-RAY DIFFRACTION98
3.0232-3.18250.28721420.23332707X-RAY DIFFRACTION98
3.1825-3.38190.28111410.22172682X-RAY DIFFRACTION98
3.3819-3.64290.25951410.19952684X-RAY DIFFRACTION98
3.6429-4.00930.25881440.19562729X-RAY DIFFRACTION97
4.0093-4.58890.20491430.18452711X-RAY DIFFRACTION98
4.5889-5.77960.22371440.19322738X-RAY DIFFRACTION97
5.7796-44.7210.29521520.24512881X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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