PDB-2x3w: structure of mouse syndapin I (crystal form 2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x3w

タイトル

structure of mouse syndapin I (crystal form 2)

要素

(PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1) x 2

キーワード

ENDOCYTOSIS / N-WASP / DYNAMIN / PACSIN I / TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

presynaptic endocytic zone / plasma membrane tubulation / COPI-coated vesicle / photoreceptor ribbon synapse / Clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of endocytosis / protein localization to membrane / synaptic vesicle endocytosis / cytoskeletal protein binding / neuron projection morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Ma, Q. / Rao, Y. / Saenger, W. / Haucke, V.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis for SH3 Domain Regulation of F-Bar-Mediated Membrane Deformation.
著者: Rao, Y. / Ma, Q. / Vahedi-Faridi, A. / Sundborger, A. / Pechstein, A. / Puchkov, D. / Luo, L. / Shupliakov, O. / Saenger, W. / Haucke, V.

履歴

登録	2010年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2013年9月18日	Group: Derived calculations / Other
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x3w.cif.gz	193.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x3w.ent.gz	157.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x3w_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x3w_full_validation.pdf.gz	489.3 KB	表示
XML形式データ	2x3w_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	2x3w_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x3vC 2x3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3haj-d 2ocy-2 2x3v-2 3q0k-1 2x3v-1 3lll-d 2x3x-1 3q0k-2 3hai-1 3qe6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

B: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

C: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

D: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

B: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

D: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

B: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

ソフトウェアが定義した集合体
78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

ソフトウェアが定義した集合体
6.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.280, 154.610, 191.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1 / SYNDAPIN I 分子量: 39349.430 Da / 分子数: 3 / 断片: F-BAR DOMAIN, RESIDUES 1-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61644
#2: タンパク質	PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1 / SYNDAPIN I 分子量: 6731.324 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 DOMAIN, RESIDUES 382-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61644
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.3 詳細: 2.5UL SYNDAPIN(5MG/ML IN 50MM HEPES, 50MM NACL) MIXED WITH 0.5UL 0.3M GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE AND 2UL WELL SOLUTION 0.1M NAAC/HAC PH5.0, 3%(W/V) PEG4000., pH 5.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月2日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH 2 SETS OF MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→34.35 Å / Num. obs: 38766 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.17 % / B_iso Wilson estimate: 64 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.81
反射シェル	解像度: 2.64→2.75 Å / 冗長度: 7.03 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.64→34.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 26.268 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.624 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27373	1939	5 %	THIN SHELLS
R_work	0.22066	-	-	-
obs	0.22335	36827	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→34.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7449	0	0	62	7511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	7594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.85	1.946	10175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.6	3	13232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.285	5	893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.929	24.964	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.247	15	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.226	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.27	0.3	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.3	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.5	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.5	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.073	0.5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.3	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.284	0.3	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.285	0.5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.977	2	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.37	2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.463	3	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.828	4	3717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.59	5	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.642→2.71 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	156	-
R_work	0.33	2623	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4717	-2.122	-0.0447	16.6037	2.4968	0.7537	-0.0277	0.0906	0.0145	-0.5712	0.5338	-0.4872	-0.0921	0.2192	-0.506	-0.1985	0.0335	0.0303	-0.1172	-0.0596	-0.0031	-5.5368	-58.9008	24.7084
2	3.7771	-4.3395	0.1492	10.6838	2.0972	0.9091	-0.2991	-0.0828	0.2616	0.9331	0.4532	-0.4476	-0.0516	0.2027	-0.1541	-0.0119	0.0176	0.0707	-0.0775	0.0082	-0.1585	-11.4908	-32.6919	37.4858
3	0.2661	-0.1394	-0.0961	2.117	1.1025	0.5763	-0.1899	0.1722	0.0037	-0.085	0.3643	-0.1611	-0.171	0.421	-0.1744	-0.0549	0.037	-0.088	0.0141	-0.1304	-0.0105	1.0295	-101.8042	6.3946
4	0.3811	-1.377	-0.8836	10.8583	4.7414	2.744	-0.1315	-0.0151	-0.1358	0.7648	0.1843	0.0523	0.396	0.0243	-0.0529	-0.2061	0.0379	-0.1131	-0.1586	-0.0427	0.0414	-9.8834	-88.3905	22.5544
5	0.851	0.3615	-0.3779	11.4555	0.989	0.2848	-0.0011	-0.1519	-0.0776	1.6444	0.0236	-0.4254	0.3022	0.1761	-0.0224	0.2246	0.0728	-0.0184	0.0463	0.0242	-0.1351	-20.6821	-9.1561	46.154
6	0.7039	-2.4956	-1.2717	13.8788	3.8881	2.3745	-0.2207	-0.1907	-0.1834	0.3048	0.7132	-0.9943	0.0956	0.5148	-0.4926	-0.1208	0.0301	-0.0345	-0.081	-0.0686	-0.136	-16.6147	-3.6408	34.3195
7	3.4441	-4.671	-0.8823	17.2104	2.7796	2.3961	0.2749	0.2983	-0.465	-1.4933	-0.156	0.3069	0.0788	0.109	-0.119	-0.1321	0.0889	0.0479	-0.0844	-0.0339	-0.1494	-11.4516	-48.5567	19.8981
8	0.7016	-1.9011	0.3523	17.3288	-0.9698	0.1769	0.1311	0.0706	-0.2595	-1.3907	-0.061	0.4425	0.063	0.0802	-0.07	0.0153	0.0266	0.0525	-0.1017	-0.0294	-0.1748	-21.3869	-34.4333	21.6739
9	1.2011	1.1573	0.9686	3.7255	2.4486	2.9186	-0.1123	-0.0369	0.4328	-0.6653	0.5519	-0.4474	-0.8508	0.9367	-0.4396	0.1061	-0.2258	0.219	0.2844	-0.2753	0.2259	-8.3813	29.7691	46.993
10	0.2994	-0.543	-0.0528	5.1185	1.5376	0.5495	0.03	-0.0339	-0.1973	-0.2623	-0.0692	0.6073	-0.0482	0.0446	0.0392	-0.0612	-0.0229	0.065	-0.082	-0.0389	-0.0556	-21.9648	-31.2194	31.66
11	0.9377	1.4035	0.3816	12.6178	5.3403	2.3179	-0.202	-0.0639	0.3318	-0.466	-0.2238	1.1413	-0.1449	-0.0645	0.4258	-0.0453	0.0476	-0.051	-0.1245	-0.0361	-0.1545	14.4628	-61.9599	9.185
12	1.3372	-0.0539	-0.2819	7.5729	3.7847	2.6964	-0.2258	-0.2405	0.1076	0.6167	-0.0844	0.94	0.2706	-0.1128	0.3102	-0.1072	0.0548	-0.0034	-0.0408	-0.0439	-0.191	17.316	-64.9038	15.1426
13	0.8693	-2.5107	1.9686	24.2018	-10.7641	7.8565	1.1293	1.0521	0.2284	-0.3683	-0.7495	1.8578	0.1733	0.8906	-0.3798	0.3403	0.093	0.1014	0.5123	0.034	0.4545	11.231	-5.5829	13.4451
14	0.641	0.0551	-0.0021	3.4483	1.3319	0.9516	-0.1408	-0.0983	0.1725	0.4611	0.2935	-0.3684	0.1622	0.1443	-0.1527	-0.1412	0.0057	0.0158	-0.0069	-0.0176	-0.192	24.8996	-63.2614	8.1943
15	12.8706	2.0757	-2.8948	5.6786	0.6662	0.8914	0.1679	0.2306	0.64	-0.0996	-0.2233	-1.1587	0.1706	0.3987	0.0554	0.3194	0.0178	-0.0215	0.5885	0.0481	0.4516	-2.4207	-6.0444	22.5588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	109 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	196 - 257
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	258 - 304
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	13 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	43 - 74
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	75 - 122
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	123 - 196
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	197 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	14 - 67
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	68 - 146
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	147 - 165
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	193 - 301
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	385 - 440

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)