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- PDB-1ggc: MAJOR ANTIGEN-INDUCED DOMAIN REARRANGEMENTS IN AN ANTIBODY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ggc
タイトルMAJOR ANTIGEN-INDUCED DOMAIN REARRANGEMENTS IN AN ANTIBODY
要素
  • IGG2A-KAPPA 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG2A-KAPPA 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of proteolysis / positive regulation of endocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / multivesicular body / positive regulation of phagocytosis / response to bacterium / positive regulation of immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Takimoto-Kamimura, M. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: Major antigen-induced domain rearrangements in an antibody.
著者: Stanfield, R.L. / Takimoto-Kamimura, M. / Rini, J.M. / Profy, A.T. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Neutralizing Antibody, 50.1, In Complex with its V3 Loop Peptide Antigen
著者: Rini, J.M. / Stanfield, R.L. / Stura, E.A. / Salinas, P.A. / Profy, A.T. / Wilson, I.A.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Crystallization, Sequence, and Preliminary Crystallographic Data for an Antipeptide Fab 50.1 And Peptide Complexes with the Principal Neutralizing Determinant of HIV-1 Gp120
著者: Stura, E.A. / Stanfield, R.L. / Fieser, G.G. / Silver, S. / Roguska, M. / Hincapie, L.M. / Simmerman, H.K.B. / Profy, A.T. / Wilson, I.A.
履歴
登録1993年7月19日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG2A-KAPPA 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2A-KAPPA 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7782
ポリマ－46,7782
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.700, 110.700, 56.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8
2: GLN L 42 - PRO L 43 OMEGA =146.05 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO L 77 / 4: CIS PROLINE - PRO L 95 / 5: CIS PROLINE - PRO L 141 / 6: CIS PROLINE - PRO H 149 / 7: CIS PROLINE - PRO H 151 / 8: CIS PROLINE - PRO H 200

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要素

#1: 抗体 IGG2A-KAPPA 50.1 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23647.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: ASW / 参照: EMBL: AJ131289
#2: 抗体 IGG2A-KAPPA 50.1 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23129.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: ASW / 参照: UniProt: P01865
Has protein modificationY
配列の詳細THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E.KABAT (E.A.KABAT, T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M. ...THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E.KABAT (E.A.KABAT, T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M.PERRY, K.S. GOTTESMAN, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 4TH ED., (1987), NATIONAL INSTITUTE OF HEALTH, BETHESDA, MD.)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: referred to 'Stura, E.A.', (1992) 'Proteins.Struct.,Funct., Genet.', 14, 499-508
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlFab1drop
21.8 M1reservoirNaH2PO4
31reservoirK2HPO4

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.096

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.19 / Rfactor obs: 0.19 / 最高解像度: 2.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3291 0 0 0 3291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.05
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Rfactor obs: 0.19 / 最低解像度: 10 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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