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- PDB-5vzy: Crystal structure of crenezumab Fab in complex with Abeta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vzy
タイトルCrystal structure of crenezumab Fab in complex with Abeta
要素
  • Amyloid beta A4 protein
  • Crenezumab Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
  • Crenezumab Fab light chain,Immunoblobulin light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / microglia development / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway ...amyloid-beta complex / microglia development / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / immunoglobulin complex / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / positive regulation of protein metabolic process / dendrite development / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / presynaptic active zone / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / signaling receptor activator activity / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / neuromuscular process controlling balance / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / forebrain development / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / axonogenesis / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / platelet alpha granule lumen / positive regulation of glycolytic process / adult locomotory behavior / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / learning / locomotory behavior / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / neuron cellular homeostasis / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / apical part of cell / synaptic vesicle / Platelet degranulation
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoblobulin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Ultsch, M. / Wang, W.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure of Crenezumab Complex with Abeta Shows Loss of beta-Hairpin.
著者: Ultsch, M. / Li, B. / Maurer, T. / Mathieu, M. / Adolfsson, O. / Muhs, A. / Pfeifer, A. / Pihlgren, M. / Bainbridge, T.W. / Reichelt, M. / Ernst, J.A. / Eigenbrot, C. / Fuh, G. / Atwal, J.K. ...著者: Ultsch, M. / Li, B. / Maurer, T. / Mathieu, M. / Adolfsson, O. / Muhs, A. / Pfeifer, A. / Pihlgren, M. / Bainbridge, T.W. / Reichelt, M. / Ernst, J.A. / Eigenbrot, C. / Fuh, G. / Atwal, J.K. / Watts, R.J. / Wang, W.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年8月9日ID: 5KNA
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Crenezumab Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
L: Crenezumab Fab light chain,Immunoblobulin light chain
A: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8203
ポリマ－48,8203
非ポリマー00
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.300, 67.130, 126.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Crenezumab Fab heavy chain,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 22997.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 抗体 Crenezumab Fab light chain,Immunoblobulin light chain


分子量: 24064.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0KKI6
#3: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Beta-amyloid ...ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Beta-amyloid precursor protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 1757.960 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 682-696 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APP, A4, AD1 / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P05067
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% w/v polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→46.085 Å / Num. obs: 30793 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 6.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.32→46.085 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 25.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 1580 5.13 %
Rwork0.2058 --
obs0.2081 30793 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→46.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3307 0 0 142 3449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7254602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9741208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3201-2.3950.33931510.30862479X-RAY DIFFRACTION92
2.395-2.48060.38571070.30322683X-RAY DIFFRACTION97
2.4806-2.57990.33631560.27862726X-RAY DIFFRACTION100
2.5799-2.69730.31931670.26032642X-RAY DIFFRACTION99
2.6973-2.83950.26921410.24472718X-RAY DIFFRACTION99
2.8395-3.01740.27841570.23462704X-RAY DIFFRACTION99
3.0174-3.25030.341700.22032672X-RAY DIFFRACTION99
3.2503-3.57730.2161440.19532493X-RAY DIFFRACTION92
3.5773-4.09460.20351050.16942731X-RAY DIFFRACTION99
4.0946-5.15770.15051410.13152700X-RAY DIFFRACTION99
5.1577-46.09420.16611410.14332665X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0088-0.00380.00380.0174-0.01620.01270.03760.03570.0832-0.01630.0199-0.0186-0.0092-0.03710.05510.080.0513-0.0155-0.03190.05270.031221.158940.0613-0.4213
20.06020.02120.00210.01930.00940.01620.03120.04710.00470.0130.0149-0.04550.0080.01320.00340.06240.0095-0.01790.0387-0.00050.096538.201324.4238-2.2348
30.0007-0.0017-0.00320.01160.01280.01560.0130.0588-0.0283-0.0360.0385-0.11490.00980.080.00680.0645-0.0040.0070.1575-0.03050.113122.173320.1659-32.9182
40.03710.00370.0060.03120.01560.03010.07370.1017-0.0080.02010.0362-0.0179-0.0382-0.05750.07030.0682-0.0180.01150.02340.0504-0.01123.160628.0871-7.908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN L AND RESID 1:110 )L1 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 1:114 )H1 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 115:214 )H115 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 101:108 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:355 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:379 )A101 - 108
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 101:108 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:355 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:379 )H301 - 355
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 101:108 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:355 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:379 )L301 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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