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Yorodumi- PDB-6ca9: Crystal structure of Fab PCT64_LMCA (SAR), the least mutated comm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ca9 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Fab PCT64_LMCA (SAR), the least mutated common ancestor of the HIV-1 broadly neutralizing antibody lineage PCT64 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / IgG1 / Antibody / HIV-1 / bNAb | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.702 Å | |||||||||
Authors | Omorodion, O. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2018 Title: Co-evolution of HIV Envelope and Apex-Targeting Neutralizing Antibody Lineage Provides Benchmarks for Vaccine Design. Authors: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais ...Authors: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / James C Paulson / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Abstract: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at serial time points during infection provide a basis for understanding the co-evolutionary contest between HIV and the humoral immune system. Here, we describe the structural characterization of an apex-targeting antibody lineage and autologous clade A viral Env from a donor in the Protocol C cohort. Comparison of Ab-Env complexes at early and late time points reveals that, within the antibody lineage, the CDRH3 loop rigidifies, the bnAb angle of approach steepens, and surface charges are mutated to accommodate glycan changes. Additionally, we observed differences in site-specific glycosylation between soluble and full-length Env constructs, which may be important for tuning optimal immunogenicity in soluble Env trimers. These studies therefore provide important guideposts for design of immunogens that prime and mature nAb responses to the Env V2-apex. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ca9.cif.gz | 356.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ca9.ent.gz | 293.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ca9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7858C 7859C 7860C 7861C 7862C 7863C 7864C 7865C 7866C 6ca6C 6ca7C 6dcqC 1ngzS 5fehS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23273.805 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y91S, G92A, S93R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 25737.602 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1 M Tris (pH 8), 1 M lithium chloride, 10% w/v PEG 6000, cryoprotected with 30% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 20, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 27556 / % possible obs: 93.4 % / Redundancy: 5.9 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Num. unique all: 998 / CC1/2: 0.91 / Rsym value: 0.47 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FEH, 1NGZ Resolution: 2.702→43.579 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.27
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.702→43.579 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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