PDB-6ca9: Crystal structure of Fab PCT64_LMCA (SAR), the least mutated comm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ca9

タイトル

Crystal structure of Fab PCT64_LMCA (SAR), the least mutated common ancestor of the HIV-1 broadly neutralizing antibody lineage PCT64

要素

PCT64_LMCA Fab heavy chain
PCT64_LMCA Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgG1 / Antibody / HIV-1 / bNAb

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.702 Å

データ登録者

Omorodion, O. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Co-evolution of HIV Envelope and Apex-Targeting Neutralizing Antibody Lineage Provides Benchmarks for Vaccine Design.
著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / ...
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at ...

履歴

登録	2018年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ca9.cif.gz	355.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ca9.ent.gz	293.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ca9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7858C 7859C 7860C 7861C 7862C 7863C 7864C 7865C 7866C 6ca6C 6ca7C 6dcqC 1ngzS 5fehS 6ac6 6ac7 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c1p-1 5aze-d 1ynl-d 3qg6-2 4hk0-1 4wht-6 6mqe-1 3cvi-d 5tkj-3 4m7z-1 5jor-4 4qhl-2 4uin-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PCT64_LMCA Fab light chain

B: PCT64_LMCA Fab heavy chain

C: PCT64_LMCA Fab light chain

D: PCT64_LMCA Fab heavy chain

ヘテロ分子

98.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PCT64_LMCA Fab light chain

B: PCT64_LMCA Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
49.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PCT64_LMCA Fab light chain

D: PCT64_LMCA Fab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.199, 87.158, 142.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	PCT64_LMCA Fab light chain 分子量: 23273.805 Da / 分子数: 2 / 変異: Y91S, G92A, S93R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	PCT64_LMCA Fab heavy chain 分子量: 25737.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris (pH 8), 1 M lithium chloride, 10% w/v PEG 6000, cryoprotected with 30% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 27556 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5.9 % / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique all: 998 / CC_1/2: 0.91 / R_sym value: 0.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000	2.3.10	データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FEH, 1NGZ

5feh

1ngz

解像度: 2.702→43.579 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2683	1340	4.88 %
R_work	0.2415	-	-
obs	0.2429	27451	93.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.702→43.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6769	0	10	32	6811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.487	9454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.663	2496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1054
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1200

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7017-2.7983	0.3884	102	0.3639	1905	X-RAY DIFFRACTION	69
2.7983-2.9103	0.3883	123	0.3662	2222	X-RAY DIFFRACTION	81
2.9103-3.0427	0.3707	128	0.3433	2497	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0427-3.2031	0.3517	140	0.3296	2641	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2031-3.4037	0.3108	134	0.3025	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4037-3.6664	0.2715	144	0.2711	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6664-4.0351	0.3031	130	0.2343	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0351-4.6184	0.231	141	0.1998	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6184-5.8165	0.214	134	0.1901	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8165-43.5846	0.2205	164	0.1984	2946	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2438	0.0123	0.2435	0.9631	0.1664	1.2566	-0.046	-0.6461	-0.7128	-0.2647	0.0862	0.0822	0.3415	-0.4474	-0.0405	0.5681	-0.038	0.0062	0.2775	0.3177	0.6614	-1.7919	-29.1738	-11.2692
2	1.3203	0.445	-0.0966	1.3367	-0.5789	2.236	-0.2758	0.3657	-0.197	-0.4049	0.1614	0.1096	-0.1907	-0.3209	-0.0405	0.6198	-0.0766	-0.0454	0.0122	0.2427	0.4451	4.2093	-19.8853	-26.3515
3	7.2218	3.5093	0.2437	2.998	-0.3661	2.9003	-0.0513	0.3188	-0.8293	0.0754	0.383	-0.48	0.22	0.5553	-0.0904	0.6281	0.0477	-0.0669	0.2437	0.0371	0.5275	13.8255	-19.0912	-39.9795
4	8.3755	2.2029	-0.4335	2.526	-0.5773	2.6859	-0.4203	1.0302	-0.047	-0.4024	0.5113	-0.0114	0.118	0.1473	-0.0252	0.6868	-0.0751	-0.0179	0.3688	0.007	0.4315	12.648	-16.8256	-43.5263
5	6.1542	0.7975	-2.9432	1.1233	-0.7069	2.9882	0.4773	-1.5921	1.19	0.3157	-0.3558	0.3442	-0.6722	0.3098	-0.2031	0.6788	-0.0441	-0.0435	0.6973	-0.308	0.5473	11.1785	-8.8827	-1.0223
6	9.9583	0.8318	4.1949	9.4155	-7.1432	8.3657	0.1943	-0.0316	0.0884	-0.6683	0.3541	0.2133	0.4575	0.0216	-0.5346	0.3511	-0.0263	0.0373	0.2432	-0.0294	0.2654	12.0216	-16.7151	-10.4314
7	5.0708	0.0618	-2.2532	4.6864	0.0332	6.3095	0.1346	-1.9563	0.2865	0.9722	-0.16	-0.2604	0.1085	0.4306	0.0014	0.4248	-0.0578	-0.0125	1.1266	-0.0438	0.4726	16.3489	-16.7789	1.8654
8	8.8251	3.7241	-3.5684	2.8011	-1.7612	4.1581	0.424	-1.6447	0.6157	0.3869	-0.3368	0.3429	-0.4467	0.3959	-0.1607	0.396	0.0213	-0.0373	0.5116	-0.0732	0.3694	4.9556	-13.7246	-4.4385
9	5.2802	3.5627	-1.1497	7.4001	-1.0164	0.2645	-0.8357	0.6715	-0.2986	-1.4588	0.4422	0.1315	-0.0703	-0.03	0.3344	1.0307	-0.0378	-0.0647	0.2554	0.0532	0.6119	9.9612	-4.8682	-47.2753
10	1.5849	-0.3746	0.1533	1.3954	-0.6165	1.6506	0.0042	-0.2305	0.8014	-0.7502	0.0555	0.2165	-0.8204	-0.2447	-0.0546	0.8903	0.0932	-0.1164	0.1184	0.0587	0.6887	7.6586	-3.8666	-36.0515
11	1.2949	-0.6394	0.3079	1.495	-1.2659	1.289	0.1683	-0.2263	0.6649	-0.1375	0.28	-0.6278	-0.4089	0.0692	-0.2968	1.2987	0.0806	-0.3356	0.123	-0.1025	1.1773	9.3901	4.703	-36.4383
12	8.2291	-5.1333	8.9541	7.2259	-6.3226	2.0918	0.1094	0.1217	-0.6444	-0.4803	-0.0463	-0.1529	0.2	0.106	0.0508	0.6366	-0.1452	0.0074	1.866	-0.0306	0.4986	22.648	-73.3221	-18.0148
13	6.0443	0.7132	-0.0506	1.214	0.7318	0.5086	-0.107	-0.4506	-0.0491	0.0419	-0.073	0.2543	-0.1608	-0.5254	0.2281	0.4156	-0.0761	0.0218	1.741	0.0379	0.5513	17.5523	-65.5825	-8.4436
14	1.1096	-0.1317	-0.3942	2.054	-2.1984	4.5233	0.0362	-0.6729	-0.1833	0.0488	-0.1581	-0.0111	0.0841	-0.2902	0.1299	0.4268	-0.0841	-0.0301	1.4681	-0.0376	0.4897	23.7585	-61.5081	-23.3747
15	6.5866	3.7921	-0.4719	5.4568	-1.6542	1.2059	0.2064	-0.9312	-0.7302	0.0781	-0.6138	-1.2895	-0.097	1.1631	0.4726	0.4752	0.1034	-0.0298	1.1152	0.0684	0.6539	34.4994	-54.7238	-39.4364
16	9.1148	5.9946	0.2173	8.2355	-1.8125	5.3287	-0.3756	-0.3419	-0.3363	-0.3603	-0.1629	-0.5195	-0.4027	1.0725	0.4639	0.4062	0.0697	-0.0431	0.755	-0.0118	0.4329	33.2719	-51.8185	-42.2385
17	4.339	1.0413	-1.5917	1.1989	-0.8699	2.2497	-0.3468	-0.4989	0.8062	0.1608	0.0151	-0.1205	-0.524	0.076	0.2527	0.7144	-0.1682	-0.2219	1.7405	-0.1723	0.819	35.1198	-48.4941	-3.9959
18	2.1234	-0.4473	0.0903	0.5443	-0.0098	1.3262	-0.7491	-1.021	0.2269	0.7317	0.056	0.0561	-0.3318	0.338	0.2584	0.0711	-0.1149	-0.0765	2.3611	0.0279	0.5659	34.381	-60.5895	-0.1404
19	3.6437	0.052	1.9557	1.5471	-0.4862	1.2225	-0.5078	-0.484	0.5226	0.4261	0.0763	-0.409	-0.3128	0.0516	0.1402	0.1446	-0.2294	-0.402	2.4291	-0.1423	0.4547	38.1229	-54.8574	-1.2386
20	5.6725	1.2598	-0.433	0.9532	-0.4443	1.2335	0.2008	-0.8882	0.4886	0.5132	-0.0224	0.2044	-0.3936	-0.0316	-0.0647	0.559	0.0015	0.011	2.109	0.0242	0.5936	13.6413	-62.5934	5.4384
21	0.2348	0.2671	-0.9448	3.0874	-4.1778	6.418	0.0302	-0.6096	0.0262	0.1099	-0.3733	-0.3574	-0.4105	0.0023	0.2241	0.5555	-0.0013	-0.1262	1.3632	-0.1102	0.7115	33.8422	-44.2351	-22.4777
22	1.545	-1.6341	-0.6777	4.4802	-0.7833	1.1206	0.1474	-0.8416	-0.0184	0.2539	-0.5082	-0.0983	-0.4357	0.4185	0.3687	0.4085	-0.201	-0.1254	1.2256	-0.3167	0.7423	32.4281	-40.6188	-34.5543
23	2.1602	-0.8798	-0.3973	4.2183	-0.1304	0.0856	0.1642	-0.9855	-0.0426	0.5432	-0.4817	0.1464	-0.2999	0.5477	0.3049	0.6127	-0.0796	0.0168	1.1611	-0.2195	0.8361	25.6777	-38.9854	-27.9143
24	8.0357	-4.6634	4.1227	4.9742	-1.2621	5.9344	0.387	-0.9638	0.308	0.1103	-0.7443	-0.323	-0.4718	-0.2346	0.3606	0.5713	-0.1585	-0.1612	1.1233	-0.0983	0.7981	29.1984	-39.8999	-33.2844
25	9.6038	-0.0245	-6.8765	6.533	-1.708	5.372	0.2825	-0.0909	1.5814	1.4028	0.4708	-0.5251	-1.2427	0.971	-0.7105	0.9311	-0.1631	-0.1652	0.7167	-0.191	1.2307	32.2464	-31.2813	-30.9895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:75 )	A	1 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 76:128 )	A	76 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 129:163 )	A	129 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 164:212 )	A	164 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 1:33 )	B	1 - 33
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 34:44 )	B	34 - 44
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 45:82 )	B	45 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 83:119 )	B	83 - 119
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 120:135 )	B	120 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 136:193 )	B	136 - 193
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 194:214 )	B	194 - 214
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 1:29 )	C	1 - 29
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 30:61 )	C	30 - 61
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 62:128 )	C	62 - 128
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 129:163 )	C	129 - 163
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 164:212 )	C	164 - 212
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 1:17 )	D	1 - 17
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 18:66 )	D	18 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 67:93 )	D	67 - 93
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 94:100 )	D	94 - 100
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 101:134 )	D	101 - 134
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 135:145 )	D	135 - 145
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 146:165 )	D	146 - 165
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 166:200 )	D	166 - 200
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 201:214 )	D	201 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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