PDB-6ca6: Crystal structure of PCT64_35S, a broadly neutralizing anti-HIV a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ca6

タイトル

Crystal structure of PCT64_35S, a broadly neutralizing anti-HIV antibody.

要素

PCT64_35S heavy chain
PCT64_35S light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / neutralizing

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Murrell, S. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Co-evolution of HIV Envelope and Apex-Targeting Neutralizing Antibody Lineage Provides Benchmarks for Vaccine Design.
著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / ...
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at ...

履歴

登録	2018年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ca6.cif.gz	351 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ca6.ent.gz	288.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ca6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6ca6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7858C 7859C 7860C 7861C 7862C 7863C 7864C 7865C 7866C 6ca7C 6ca9C 6dcqC 5fehS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eot-d 3q6f-4 5n2k-2 3mug-2 6ca7-d 5w7f-2 3mme-2 3zl4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: PCT64_35S light chain

H: PCT64_35S heavy chain

A: PCT64_35S light chain

B: PCT64_35S heavy chain

ヘテロ分子

98.7 kDa, 4 ポリマー
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1

L: PCT64_35S light chain

H: PCT64_35S heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.1 kDa, 2 ポリマー
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2

A: PCT64_35S light chain

B: PCT64_35S heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.776, 98.132, 100.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	PCT64_35S light chain 分子量: 23525.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	PCT64_35S heavy chain 分子量: 25596.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.17M sodium acetate, 0.085M Tris pH 8.5, 15% glycerol and 25.5% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 36695 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.4 % / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.43→2.47 Å / Num. unique all: 1716 / R_pim(I) all: 0.26

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FEH

5feh

解像度: 2.43→49.066 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	1872	5.12 %
R_work	0.2014	-	-
obs	0.2037	36587	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→49.066 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6728	0	31	180	6939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6942
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	9442
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.29	2508
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1046
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1209

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.4957	0.2994	124	0.2633	2557	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4957-2.5691	0.3459	167	0.2542	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5691-2.6521	0.2624	136	0.2477	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6521-2.7468	0.2901	119	0.241	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7468-2.8568	0.3177	165	0.2389	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8568-2.9868	0.2865	194	0.2368	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9868-3.1443	0.2832	102	0.2285	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1443-3.3412	0.2364	111	0.2227	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3412-3.5991	0.2734	145	0.2031	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5991-3.9612	0.2369	173	0.1903	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9612-4.534	0.2235	118	0.1569	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.534-5.711	0.1934	153	0.1577	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
5.711-49.076	0.1899	165	0.1891	2808	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8222	0.3401	-2.0386	1.6746	0.6353	8.1548	0.0016	0.2968	-0.043	-0.0366	-0.1167	0.6948	-0.1676	-0.6069	0.1099	0.2018	0.0309	-0.0782	0.3249	-0.0671	0.5171	113.8143	121.0316	110.9842
2	3.3735	-3.3377	-0.84	7.0014	2.2027	4.2734	0.2578	0.1232	0.0376	-0.5635	-0.0875	-0.0075	-0.1786	0.1989	-0.1462	0.2958	-0.0381	-0.0565	0.2077	0.0134	0.2304	125.0471	125.0763	115.1473
3	3.7094	-1.0022	-2.4226	4.6641	1.997	6.8126	0.0481	0.2362	0.2422	-0.1886	0.0063	0.2624	-0.7102	-0.3758	-0.072	0.2356	0.0408	-0.0509	0.1865	-0.0391	0.2809	120.4082	128.9914	110.5244
4	0.1785	-0.4845	-1.6746	1.4997	2.5947	8.5296	0.2144	0.0299	0.0302	-0.0832	0.0287	-0.0505	-0.1381	-0.1599	-0.2225	0.2045	0.0352	0.0045	0.2791	0.0232	0.296	120.2468	117.5111	108.1409
5	1.1763	1.9095	0.1798	3.1301	0.3379	3.6528	0.1111	0.0519	-0.1542	0.2922	-0.0037	-0.1296	0.5434	0.2709	-0.0993	0.285	0.0665	-0.0524	0.2449	0.0129	0.2012	128.401	93.2641	96.3688
6	2.1985	-1.0329	0.21	6.6582	-0.4598	2.6384	0.126	0.0304	-0.0597	0.1735	-0.0925	-0.191	0.3663	0.142	-0.0253	0.2822	-0.012	-0.0683	0.2472	0.0068	0.2069	130.3707	98.1428	97.9755
7	4.0061	-0.2267	1.8716	7.0251	-1.6428	5.0752	0.1364	0.1506	-0.2746	-0.4049	0.0448	0.4276	0.6783	0.2844	-0.1197	0.3839	0.0153	-0.0816	0.2018	-0.0301	0.3105	124.4794	90.0326	89.2905
8	2.4474	-1.0053	0.5245	3.0957	2.5318	2.7694	-0.2988	-0.1284	0.0538	0.291	0.3577	-0.8861	0.1198	0.2736	-0.0967	0.1025	0.017	-0.0172	0.2982	0.0044	0.1904	139.398	112.59	125.3964
9	0.6127	0.3549	-0.5064	4.5527	-1.0708	1.9469	0.0634	-0.0682	0.0837	0.5094	-0.1377	-0.0966	-0.0008	0.1389	0.0517	0.2238	-0.0079	0.0035	0.2057	0.0017	0.2519	131.0309	116.5789	130.8145
10	0.5296	-0.263	-0.3874	2.054	0.4026	1.3736	-0.0094	0.1184	0.1287	0.4011	0.1077	-0.2107	-0.2487	-0.0144	-0.0886	0.2363	-0.0151	-0.0072	0.3016	0.0076	0.2344	133.0769	138.6505	121.3812
11	0.5834	-0.358	1.3045	1.4833	0.1732	5.3615	-0.0341	0.0646	-0.0232	0.1712	0.2173	-0.1262	0.2315	0.3049	-0.1754	0.1719	0.0545	-0.0014	0.2962	0.0317	0.3021	139.8552	102.4885	118.7342
12	1.7823	-0.6739	1.6606	2.2919	-1.2465	6.661	0.0217	0.503	0.0344	-0.251	-0.2319	-0.1448	-0.0536	1.2049	0.1747	0.2242	0.0079	-0.0105	0.4113	0.0328	0.2429	140.6402	99.558	97.9919
13	1.6053	-0.7613	0.5508	1.468	-1.6683	5.1733	0.1513	1.1283	0.3248	-0.2043	-0.3061	-0.7422	0.0136	2.0835	0.2535	0.3285	0.0982	-0.0183	0.925	0.1175	0.4873	149.1145	98.1377	100.4158
14	3.209	2.2295	1.3732	6.2392	-0.0458	1.8339	-0.0208	0.2059	-0.267	0.146	0.1424	-0.7473	0.3637	0.5228	-0.1308	0.2801	0.1109	0.0094	0.4048	-0.0657	0.3229	149.1406	133.7312	99.6837
15	2.7536	2.3506	1.0314	4.6664	1.7995	3.3707	0.2908	-0.1735	0.0136	-0.2278	-0.0955	-0.4915	0.3827	0.3457	-0.1638	0.2605	0.144	-0.0079	0.3607	-0.0453	0.3231	144.0889	131.128	94.2963
16	0.9698	0.6436	0.3814	1.2444	0.1522	3.1671	0.036	0.7101	0.0231	-0.7775	-0.3717	-0.3059	0.6548	0.8801	0.3136	0.7398	0.2889	0.1244	0.6641	0.0917	0.3886	131.1306	125.9135	67.1042
17	1.8096	-0.1144	1.4814	1.2861	0.6838	7.4008	-0.0449	-0.0453	0.1649	0.0417	0.115	0.3717	-0.5608	-0.4536	-0.0799	0.2487	0.0302	0.078	0.2865	0.0407	0.4498	131.8326	154.0268	92.3954
18	1.6809	1.0185	1.3786	2.4213	0.7331	5.9027	0.0491	0.1338	0.3542	0.0387	0.1673	-0.0173	-0.3734	0.4867	-0.1649	0.2192	-0.0234	0.1025	0.2534	0.0193	0.309	142.3391	153.9976	99.0328
19	0.1725	0.4269	-0.1922	1.5504	-0.6886	5.8925	0.1687	0.0195	0.1265	0.1238	0.0207	-0.1115	-0.5309	0.6907	-0.1998	0.1816	-0.014	0.0683	0.2834	-0.0252	0.3339	140.6594	150.9401	104.4661
20	4.2603	0.5311	3.8563	1.4585	1.6863	4.4172	0.1123	0.1013	0.0223	-0.3191	0.3886	0.2816	-0.253	-0.5405	-0.4529	0.2171	0.0213	-0.0172	0.3089	0.1249	0.3862	128.5935	150.2804	81.3193
21	2.4631	-0.2886	0.3872	4.2254	-0.8894	2.2902	0.0645	0.16	-0.1923	-0.6207	-0.2205	-0.2681	0.4304	0.2147	0.143	0.3906	0.0807	-0.0077	0.2786	0.0712	0.2426	121.6051	132.7802	75.3047
22	5.6445	2.2986	0.901	8.0607	2.653	5.9427	0.2009	0.2234	-0.1768	-0.302	-0.3402	0.9474	0.553	-0.2499	0.132	0.3448	0.0744	-0.092	0.266	0.0309	0.2982	112.497	134.1052	74.8033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 30 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 49 through 90 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 91 through 113 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 114 through 163 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 164 through 187 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 188 through 213 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 18 through 87 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 88 through 103 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 104 through 119 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 120 through 193 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 194 through 213 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 2 through 75 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 76 through 113 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 114 through 212 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 1 through 17 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 18 through 59 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 60 through 103 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 104 through 119 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 120 through 188 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 189 through 213 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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