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- PDB-5feh: Crystal structure of PCT64_35B, a broadly neutralizing anti-HIV a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5feh | ||||||
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Title | Crystal structure of PCT64_35B, a broadly neutralizing anti-HIV antibody | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV / broadly neutralizing antibody / V1/V2 | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murrell, S. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: HIV Envelope Glycoform Heterogeneity and Localized Diversity Govern the Initiation and Maturation of a V2 Apex Broadly Neutralizing Antibody Lineage. Authors: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de ...Authors: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de Val / Mengyu Wu / Audrey Cappelletti / Jeffrey Umotoy / Yolanda Lie / Terri Wrin / Paul Algate / Po-Ying Chan-Hui / Etienne Karita / / / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Davey Smith / Sergei L Kosakovsky Pond / Pascal Poignard / ![]() ![]() ![]() Abstract: Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb ...Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb lineage targeting the Env V2 apex and the Ab-Env co-evolution that led to development of neutralization breadth. The lineage Abs bore an anionic heavy chain complementarity-determining region 3 (CDRH3) of 25 amino acids, among the shortest known for this class of Abs, and achieved breadth with only 10% nucleotide somatic hypermutation and no insertions or deletions. The data suggested a role for Env glycoform heterogeneity in the activation of the lineage germline B cell. Finally, we showed that localized diversity at key V2 epitope residues drove bnAb maturation toward breadth, mirroring the Env evolution pattern described for another donor who developed V2-apex targeting bnAbs. Overall, these findings suggest potential strategies for vaccine approaches based on germline-targeting and serial immunogen design. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 501.9 KB | Display | |
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Data in CIF | ![]() | 58.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7089C ![]() 7104C ![]() 7105C ![]() 7106C ![]() 7107C ![]() 7108C ![]() 1dfbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23549.037 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 26399.561 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: ammonium sulfate, ethylene glycol, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 21, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→48.892 Å / Num. obs: 35800 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.17 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1DFB Resolution: 3.1→48.892 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→48.892 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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