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万見
- PDB-6wgb: Crystal structure of the fab portion of dupilumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wgb
タイトルCrystal structure of the fab portion of dupilumab
要素
  • Dupilumab Fab heavy chain
  • Dupilumab Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Dupilumab / hIL4R
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Druzina, Z. / Atwell, S. / Pustilnik, A. / Antonysamy, S. / Ho, C. / Lieu, R. / Hendle, J. / Benach, J. / Wang, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Rapid and robust antibody Fab fragment crystallization utilizing edge-to-edge beta-sheet packing.
著者: Lieu, R. / Antonysamy, S. / Druzina, Z. / Ho, C. / Kang, N.R. / Pustilnik, A. / Wang, J. / Atwell, S.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dupilumab Fab heavy chain
B: Dupilumab Fab light chain
C: Dupilumab Fab heavy chain
D: Dupilumab Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5524
ポリマ－98,5524
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Dupilumab Fab heavy chain
B: Dupilumab Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2762
ポリマ－49,2762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
2
C: Dupilumab Fab heavy chain
D: Dupilumab Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2762
ポリマ－49,2762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.749, 66.293, 135.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Dupilumab Fab heavy chain


分子量: 25233.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Dupilumab Fab light chain


分子量: 24042.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350 , 200mM Magnesium Chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→67.71 Å / Num. obs: 64075 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 217034 / Scaling rejects: 112
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.99-2.10.4723012993170.7770.310.5672.499.7
6.3-67.710.029673621240.9980.0190.03532.799.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: self

解像度: 1.99→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 5.779 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.193
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2994 3098 4.8 %RANDOM
Rwork0.2434 ---
obs0.2461 60938 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.14 Å2 / Biso mean: 32.495 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å20.13 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6062 0 0 117 6179
Biso mean---29.45 -
残基数----829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0126196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.6378438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3185815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.08624.222225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.2915895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8141523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024613
LS精密化 シェル解像度: 1.991→2.042 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 215 -
Rwork0.332 4497 -
all-4712 -
obs--99.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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