PDB-6wio: Fab antigen complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wio

タイトル

Fab antigen complex

要素

Fab Heavy chain
Fab Light chain
Interleukin-17A

キーワード

CYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / Fab / Il-17 / CYTOKINE / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Antonysamy, S.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Rapid and robust antibody Fab fragment crystallization utilizing edge-to-edge beta-sheet packing.
著者: Lieu, R. / Antonysamy, S. / Druzina, Z. / Ho, C. / Kang, N.R. / Pustilnik, A. / Wang, J. / Atwell, S.

履歴

登録	2020年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wio.cif.gz	229.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wio.ent.gz	184.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wio_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wio_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	6wio_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	6wio_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wg8C 6wgbC 6wgjC 6wgkC 6wglC 6wirC 5vb9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rgn-2 4zxi-d 4rgn-1 4zxh-d 4ya8-d 4qex-1 5h2u-d 3m5r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab Heavy chain

B: Fab Light chain

C: Interleukin-17A

66.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab Heavy chain

B: Fab Light chain

C: Interleukin-17A

A: Fab Heavy chain

B: Fab Light chain

C: Interleukin-17A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
133 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.256, 73.256, 316.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: 抗体	Fab Heavy chain 分子量: 25036.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
#2: 抗体	Fab Light chain 分子量: 23172.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
#3: タンパク質	Interleukin-17A / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8 分子量: 18356.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q16552
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.42 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350 + 200mM Ammonium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→79.1 Å / Num. obs: 46955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 2.17→2.28 Å / Num. unique obs: 88363 / R_pim(I) all: 0.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VB9

5vb9

解像度: 2.17→79.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU R_free Blow DPI: 0.151 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.15

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	2362	5.03 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.209	46955	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 233.06 Å² / B_iso mean: 69.14 Å² / B_iso min: 38.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3586 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3586 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7173 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.17→79.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4185	0	0	163	4348
B_iso mean	-	-	-	61.71	-
残基数	-	-	-	-	545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1408	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	723	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4298	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	560	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4636	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4298	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	5860	HARMONIC	2	1.08
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.48
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.59

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.19 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2457	42	4.47 %
R_work	0.2136	898	-
all	0.2149	940	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0101	-0.6122	-1.0845	2.0732	-0.4593	2.5725	0.3029	-0.1017	0.2925	0.1692	0.0009	-0.1246	-0.6164	0.3705	-0.3038	0.205	-0.1083	0.0937	-0.2046	-0.0583	-0.1646	50.999	-8.9056	22.0292
2	2.1139	0.5913	-1.4453	4.258	-0.5225	2.8787	0.1166	-0.1101	0.035	0.2886	-0.1237	0.0072	0.0737	0.0321	0.007	0.2333	0.0069	0.1113	-0.1756	0.0429	0.0645	22.2612	-19.5271	41.7225
3	2.4988	0.1029	-1.0448	3.2475	-1.5479	3.0455	-0.1363	-0.2394	-0.4151	0.198	0.0976	0.074	0.0868	0.4623	0.0387	0.0784	0.0347	0.0232	-0.0777	0.0008	-0.0376	52.7272	-30.8878	24.2803
4	3.8004	-0.1691	-0.7127	2.5061	-0.1121	1.5958	-0.0876	0.1166	-0.1817	-0.2302	-0.039	0.2431	0.0815	-0.2117	0.1266	0.1908	0.0199	0.1011	-0.2305	0.0159	0.0304	17.5902	-32.0323	33.1459
5	3.3779	-0.2499	0.1969	1.5881	0.1688	4.3756	0.0448	0.3791	0.864	-0.1746	0.1058	-0.4778	-1.0313	0.7145	-0.1506	0.3328	-0.304	0.1546	0.09	-0.0188	0.1242	68.762	1.9817	0.2148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|126 }	A	1 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|127 - A\|230 }	A	127 - 230
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|1 - B\|108 }	B	1 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|109 - B\|213 }	B	109 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|60 - C\|161 }	C	60 - 161

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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