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万見
- PDB-5vb9: IL-17A in complex with peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vb9
タイトルIL-17A in complex with peptide
要素
  • Interleukin-17A
  • Peptide inhibitor
キーワードIMMUNE SYSTEM / INHIBITOR / IL17 / inhibitor / IMMUNE SYSTEM - INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / intestinal epithelial structure maintenance / fibroblast activation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Antonysamy, S. / Russell, M. / Zhang, A. / Groshong, C. / Manglicmot, D. / Lu, F. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Zhang, F. / Afshar, S. ...Antonysamy, S. / Russell, M. / Zhang, A. / Groshong, C. / Manglicmot, D. / Lu, F. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Zhang, F. / Afshar, S. / Bina, H. / Broughton, H. / Chalmers, M. / Dodge, J. / Espada, A. / Jones, S. / Ting, J.P. / Woodman, M.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Utilization of peptide phage display to investigate hotspots on IL-17A and what it means for drug discovery.
著者: Ting, J.P. / Tung, F. / Antonysamy, S. / Wasserman, S. / Jones, S.B. / Zhang, F.F. / Espada, A. / Broughton, H. / Chalmers, M.J. / Woodman, M.E. / Bina, H.A. / Dodge, J.A. / Benach, J. / ...著者: Ting, J.P. / Tung, F. / Antonysamy, S. / Wasserman, S. / Jones, S.B. / Zhang, F.F. / Espada, A. / Broughton, H. / Chalmers, M.J. / Woodman, M.E. / Bina, H.A. / Dodge, J.A. / Benach, J. / Zhang, A. / Groshong, C. / Manglicmot, D. / Russell, M. / Afshar, S.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
C: Peptide inhibitor
D: Peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4138
ポリマ－31,1914
非ポリマー2224
水5,044280
1
A: Interleukin-17A
C: Peptide inhibitor
ヘテロ分子

A: Interleukin-17A
C: Peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4408
ポリマ－31,1914
非ポリマー2484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-17A
D: Peptide inhibitor
ヘテロ分子

B: Interleukin-17A
D: Peptide inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3868
ポリマ－31,1914
非ポリマー1954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area11250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.771, 55.122, 143.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-314-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-17A / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 13750.489 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 38-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q16552
#2: タンパク質・ペプチド Peptide inhibitor


分子量: 1845.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein at 7.1 mg/ml in 10mM Bis-Tris pH 6.5, 10% glycerol, 150mM NaCl with 2 mM of peptide, equilibrated against a reservoir containing 20% PEG 3350 and 200mM Lithium Chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→22.47 Å / Num. all: 32769 / Num. obs: 32769 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.54 Å2 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Rsym value: 0.08 / Net I/av σ(I): 5.2 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 220360
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.796.30.5121.52955646610.2380.6080.512398.3
1.79-1.96.50.3042.52871444330.1410.3650.3044.798.6
1.9-2.036.60.1983.62761142030.0910.2350.1987.299.2
2.03-2.196.70.1345.12626139120.0610.1590.13410.599.1
2.19-2.46.80.1116.12478936270.0510.1330.11112.999.2
2.4-2.697.10.0867.72357533200.0380.1010.08616.499.7
2.69-3.17.20.078.52114829530.030.0810.0720.699.8
3.1-3.87.10.0628.91779825190.0270.0730.06224.899.8
3.8-5.386.90.069.21381520060.0260.070.0627.199.6
5.38-71.9776.20.05710709311350.0260.0670.05724.796.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→22.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9562 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.106 / SU Rfree Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.095
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 1639 5.02 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1834 32662 98.51 %-
原子変位パラメータBiso max: 143.24 Å2 / Biso mean: 38.6 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5327 Å20 Å20 Å2
2--1.1839 Å20 Å2
3---1.3488 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.221 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→22.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 13 282 2237
Biso mean--31.8 46.87 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d685SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes294HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2044HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion259SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2396SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2044HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2789HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.68
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 149 5.04 %
Rwork0.1987 2809 -
all0.2006 2958 -
obs--98.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3879-0.08270.06560.58570.05712.84470.0552-0.0014-0.00470.0517-0.07420.0515-0.1668-0.16150.019-0.02950.00630.0029-0.0875-0.0089-0.04814.655259.5365147.842
20.71310.55030.07330.35550.04719.35130.1706-0.32580.05930.1946-0.1524-0.0186-0.8323-0.0051-0.01820.2005-0.04640.0026-0.0353-0.03-0.245618.322261.2469204.171
32.6895-0.54040.08465.6263.12974.4417-0.0247-0.10360.1079-0.0984-0.0573-0.2915-0.50430.46750.0820.0408-0.07330.0119-0.05660.0228-0.018524.911665.9944155.22
46.8579-1.8101-1.8128.7209-0.29130.0063-0.0076-0.13620.14860.26440.19080.6668-0.1344-0.6032-0.18320.08340.11210.08710.0260.0219-0.18347.404361.3894197.088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A14 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B17 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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