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Yorodumi- PDB-6au5: Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarg... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6au5 | ||||||
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Title | Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / anti-EGFR | ||||||
Function / homology | Function and homology information IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.484 Å | ||||||
Authors | Bzymek, K.P. / Williams, J.C. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2017 Title: Meditope-Fab interaction: threading the hole. Authors: Bzymek, K.P. / Ma, Y. / Avery, K.N. / Horne, D.A. / Williams, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6au5.cif.gz | 359.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6au5.ent.gz | 294 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6au5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6au5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6au5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6axpC 6aynC 6azkC 6azlC 5id0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23287.705 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: purified from commercial cetuximab IgG (erbitux) Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Gene: IGKC / Production host: unidentified (others) / References: UniProt: P01834 #2: Antibody | Mass: 23725.504 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: purified from commercial cetuximab IgG (erbitux) Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Production host: unidentified (others) / References: UniProt: S6B291 #3: Protein/peptide | Mass: 1434.726 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Source details | cetuximab Fab light chain in this entry matches to the sequence from the first deposited cetuximab ...cetuximab Fab light chain in this entry matches to the sequence from the first deposited cetuximab structure in PDB (1yy8). | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 15, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.48→33.173 Å / Num. obs: 40278 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 34.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.55 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique obs: 2533 / CC1/2: 0.973 / % possible all: 85 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ID0 Resolution: 2.484→33.173 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.43
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.484→33.173 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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