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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5th2 | ||||||
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Title | Cetuximab Fab in complex with L5Q meditope variant | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody / anti-EGFR | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bzymek, K.P. / Williams, J.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Natural and non-natural amino-acid side-chain substitutions: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes. Authors: Bzymek, K.P. / Avery, K.A. / Ma, Y. / Horne, D.A. / Williams, J.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 467.7 KB | Display | |
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Data in CIF | ![]() | 62.1 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5etuC ![]() 5eukC ![]() 5f88C ![]() 5ff6C ![]() 5i2iC ![]() 5iopC ![]() 5ir1C ![]() 5itfC ![]() 5iv2C ![]() 5ivzC ![]() 5t1kC ![]() 5t1lC ![]() 5t1mC ![]() 4gw1S ![]() 4iwe S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23287.705 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus, Homo sapiens / Production host: unidentified (others) #2: Antibody | Mass: 23725.504 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus, Homo sapiens / Production host: unidentified (others) #3: Protein/peptide | Mass: 1487.727 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M citric acid, 0.1 M Na2HPO4, 0.4 M K2HPO4, 1.6 M NaH2PO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 5, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→44.77 Å / Num. obs: 91890 / % possible obs: 92.3 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.89 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / CC1/2: 0.677 / % possible all: 94.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4gw1 Resolution: 1.84→44.77 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→44.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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