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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5th2 | ||||||
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タイトル | Cetuximab Fab in complex with L5Q meditope variant | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / anti-EGFR | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / リン酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Bzymek, K.P. / Williams, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016 タイトル: Natural and non-natural amino-acid side-chain substitutions: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes. 著者: Bzymek, K.P. / Avery, K.A. / Ma, Y. / Horne, D.A. / Williams, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5th2.cif.gz | 375.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5th2.ent.gz | 306.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5th2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5th2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5th2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5etuC 5eukC 5f88C 5ff6C 5i2iC 5iopC 5ir1C 5itfC 5iv2C 5ivzC 5t1kC 5t1lC 5t1mC 4gw1S 4iwe S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: unidentified (未定義) #2: 抗体 | 分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: unidentified (未定義) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1487.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M citric acid, 0.1 M Na2HPO4, 0.4 M K2HPO4, 1.6 M NaH2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→44.77 Å / Num. obs: 91890 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / CC1/2: 0.677 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4gw1 解像度: 1.84→44.77 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→44.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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