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Yorodumi- PDB-6d9g: X-ray Structure of the FAB Fragment of 15B8, a Murine Monoclonal ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d9g | ||||||
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Title | X-ray Structure of the FAB Fragment of 15B8, a Murine Monoclonal Antibody Specific for the Human Serotonin Transporter | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Coleman, J.A. / Yang, D. / Gouaux, E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2019 Title: Serotonin transporter-ibogaine complexes illuminate mechanisms of inhibition and transport. Authors: Jonathan A Coleman / Dongxue Yang / Zhiyu Zhao / Po-Chao Wen / Craig Yoshioka / Emad Tajkhorshid / Eric Gouaux / Abstract: The serotonin transporter (SERT) regulates neurotransmitter homeostasis through the sodium- and chloride-dependent recycling of serotonin into presynaptic neurons. Major depression and anxiety ...The serotonin transporter (SERT) regulates neurotransmitter homeostasis through the sodium- and chloride-dependent recycling of serotonin into presynaptic neurons. Major depression and anxiety disorders are treated using selective serotonin reuptake inhibitors-small molecules that competitively block substrate binding and thereby prolong neurotransmitter action. The dopamine and noradrenaline transporters, together with SERT, are members of the neurotransmitter sodium symporter (NSS) family. The transport activities of NSSs can be inhibited or modulated by cocaine and amphetamines, and genetic variants of NSSs are associated with several neuropsychiatric disorders including attention deficit hyperactivity disorder, autism and bipolar disorder. Studies of bacterial NSS homologues-including LeuT-have shown how their transmembrane helices (TMs) undergo conformational changes during the transport cycle, exposing a central binding site to either side of the membrane. However, the conformational changes associated with transport in NSSs remain unknown. To elucidate structure-based mechanisms for transport in SERT we investigated its complexes with ibogaine, a hallucinogenic natural product with psychoactive and anti-addictive properties. Notably, ibogaine is a non-competitive inhibitor of transport but displays competitive binding towards selective serotonin reuptake inhibitors. Here we report cryo-electron microscopy structures of SERT-ibogaine complexes captured in outward-open, occluded and inward-open conformations. Ibogaine binds to the central binding site, and closure of the extracellular gate largely involves movements of TMs 1b and 6a. Opening of the intracellular gate involves a hinge-like movement of TM1a and the partial unwinding of TM5, which together create a permeation pathway that enables substrate and ion diffusion to the cytoplasm. These structures define the structural rearrangements that occur from the outward-open to inward-open conformations, and provide insight into the mechanism of neurotransmitter transport and ibogaine inhibition. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d9g.cif.gz | 490.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6d9g.ent.gz | 411.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d9g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6d9g_validation.pdf.gz | 441.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6d9g_full_validation.pdf.gz | 445.2 KB | Display | |
Data in XML | 6d9g_validation.xml.gz | 34 KB | Display | |
Data in CIF | 6d9g_validation.cif.gz | 48.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 0437C 8940C 8941C 8942C 8943C 6dzvC 6dzwC 6dzyC 6dzzC 5i66S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24516.510 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) #2: Antibody | Mass: 23558.977 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2.2 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium citrate pH 5.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→19.93 Å / Num. obs: 45074 / % possible obs: 99.12 % / Redundancy: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 17.88 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Num. unique obs: 4199 / CC1/2: 0.668 / % possible all: 94.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5i66 Resolution: 2.3→19.93 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / Phase error: 22.93
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→19.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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