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- PDB-5f88: Cetuximab Fab in complex with L5Y meditope variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f88
タイトルCetuximab Fab in complex with L5Y meditope variant
要素
  • (Cetuximab Fab ...) x 2
  • L5Y meditope
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / anti-EGFR
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.481 Å
データ登録者Bzymek, K.P. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Natural and non-natural amino-acid side-chain substitutions: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes.
著者: Bzymek, K.P. / Avery, K.A. / Ma, Y. / Horne, D.A. / Williams, J.C.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cetuximab Fab light chain
B: Cetuximab Fab heavy chain
C: Cetuximab Fab light chain
D: Cetuximab Fab heavy chain
E: L5Y meditope
F: L5Y meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,72012
ポリマ－96,8986
非ポリマー8226
水9,224512
1
A: Cetuximab Fab light chain
B: Cetuximab Fab heavy chain
E: L5Y meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8606
ポリマ－48,4493
非ポリマー4113
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
2
C: Cetuximab Fab light chain
D: Cetuximab Fab heavy chain
F: L5Y meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8606
ポリマ－48,4493
非ポリマー4113
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.240, 83.140, 211.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Cetuximab Fab light chain


分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)
#2: 抗体 Cetuximab Fab heavy chain


分子量: 23638.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド L5Y meditope


分子量: 1522.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 516分子

#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M citrate, 0.1 M Na2HPO4, 0.5 M K2HPO4, 1.6 M NaH2PO4
PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→33.15 Å / Num. obs: 39080 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.48→2.55 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 72.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GW1

4gw1


解像度: 2.481→32.706 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 20.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 1955 5 %
Rwork0.1626 --
obs0.1653 39079 95.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.481→32.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6738 0 48 512 7298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036995
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6649545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4184175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471076
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4812-2.54320.24521040.18551979X-RAY DIFFRACTION72
2.5432-2.61190.2541330.19612514X-RAY DIFFRACTION92
2.6119-2.68880.27651400.19812678X-RAY DIFFRACTION96
2.6888-2.77550.27361390.19752626X-RAY DIFFRACTION96
2.7755-2.87470.24911390.17992650X-RAY DIFFRACTION97
2.8747-2.98970.24541400.18042660X-RAY DIFFRACTION97
2.9897-3.12560.21941400.1882662X-RAY DIFFRACTION97
3.1256-3.29030.25361420.18842702X-RAY DIFFRACTION97
3.2903-3.49620.21651430.16552700X-RAY DIFFRACTION97
3.4962-3.76580.19971430.15272725X-RAY DIFFRACTION97
3.7658-4.14410.1941430.13462726X-RAY DIFFRACTION98
4.1441-4.74220.16951450.11642741X-RAY DIFFRACTION98
4.7422-5.96870.16371480.13442816X-RAY DIFFRACTION98
5.9687-32.70840.23261560.18372945X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81922.0676-1.17224.6267-3.85454.20450.20230.05450.0050.3632-0.09850.2039-0.4996-0.1493-0.15680.28690.0630.04570.1906-0.05150.285619.43-23.6507-20.5498
21.23830.0140.30452.2698-0.47752.69850.1633-0.03110.10350.35930.03510.1953-0.4373-0.1627-0.15880.2957-0.040.07710.2256-0.04760.187626.9736-26.1411-13.4757
30.39920.28110.06830.693-0.87011.62080.0602-0.0488-0.0370.1222-0.00970.1379-0.26230.1738-0.05280.16170.03520.03160.1798-0.02280.164628.247-29.1335-32.6141
41.1503-0.16530.14823.69493.38924.1019-0.1271-0.001-0.02160.07220.07560.2339-0.0522-0.18140.04080.1154-0.01240.05310.1350.00990.21924.8062-27.2184-50.6959
52.1840.0051.23391.11550.98173.5218-0.06390.07370.5152-0.13290.04620.27630.096-0.14180.08080.1454-0.04350.02510.19590.00790.242420.0767-33.5586-55.5383
61.8245-0.14120.71862.35891.19361.94770.01310.13630.0243-0.1393-0.04110.085-0.03650.09630.02380.1364-0.02040.0380.17350.00770.153726.8631-28.1935-54.8462
71.65770.16370.16741.6449-0.34683.23660.0054-0.031-0.12060.05380.0042-0.09610.19040.40390.05190.18350.0369-0.01360.2698-0.01320.192638.5796-48.0677-20.0128
81.63930.278-0.16192.0033-0.26362.4757-0.0009-0.33310.0595-0.01560.03720.07850.5482-0.1291-0.03090.2201-0.0237-0.01970.1667-0.03190.152928.8649-48.6286-13.9139
94.39840.79361.94151.13870.66674.13580.1898-0.4694-0.2443-0.0836-0.08920.09250.6973-0.1082-0.07320.351-0.0244-0.04040.1882-0.03050.21132.5939-53.1509-20.3454
100.85560.55920.22620.5473-0.50932.26060.2686-0.1472-0.00590.2456-0.0623-0.08380.16740.0814-0.13780.2052-0.0017-0.00410.2569-0.02230.162334.0965-40.0139-11.8414
111.11610.4945-0.22990.1907-0.20042.74440.05530.01670.0620.0117-0.00110.00930.1802-0.148-0.01450.15380.04640.02190.1013-0.01480.198234.8271-41.3937-37.2912
121.04141.219-0.38012.8554-1.35751.69350.0042-0.18970.11620.12590.0309-0.0031-0.04120.1018-0.03130.09120.0304-0.02270.1566-0.04320.227137.6557-38.1784-44.0768
130.80570.05130.33791.5621-0.66291.1865-0.1186-0.03810.102-0.0843-0.04320.02180.01680.03280.16840.1545-0.00580.01970.1343-0.04930.192735.1679-33.5629-44.972
142.17960.9166-0.27193.5771-1.30562.3684-0.0905-0.186-0.1493-0.1784-0.1603-0.59090.01180.19920.20650.11750.03360.04110.21350.01880.216845.2127-37.3546-45.0625
153.30851.3277-1.16678.25-4.77396.8295-0.2205-0.4045-0.2335-0.44470.0152-0.34280.2260.35870.19790.17080.02180.02430.15970.05460.320245.0415-39.8393-49.8843
163.4661.9141.55815.26732.87495.9130.42160.1291-0.39490.23180.0733-0.26090.5190.3188-0.4480.24680.0864-0.02240.1878-0.00770.237412.0619-16.6356-17.806
171.3182-0.5829-0.99432.04050.40532.50990.01590.0413-0.17520.1440.16750.17040.4937-0.065-0.16210.2650.0041-0.03610.20710.04510.15923.0766-14.029-11.9109
181.0229-0.5959-0.44251.37040.56752.05570.0129-0.1111-0.12570.20490.1384-0.10620.29880.1049-0.0940.25990.0234-0.04490.20830.00320.13855.4211-10.763-15.6552
190.2340.47970.6821.72772.75144.42850.1437-0.3349-0.08720.4174-0.0126-0.15320.5865-0.0649-0.18980.31620.023-0.03720.19110.02070.18946.6163-20.2837-34.3121
201.38150.4977-0.81651.00510.34310.98740.27940.4690.3074-0.2215-0.36550.2371-0.0596-0.2648-0.06360.17120.0002-0.02120.18320.06630.227-2.49650.7413-55.4259
210.4674-0.001-0.54623.9703-2.65452.3661-0.23790.0592-0.06970.02290.1528-0.40510.01660.23310.11030.1075-0.03-0.02980.1796-0.00470.23986.9839-9.9033-49.0589
221.06120.595-1.16411.5878-1.2491.9663-0.0703-0.0656-0.14350.060.055-0.09660.09690.1506-0.01260.1282-0.0197-0.00920.1913-0.02840.186.928-9.1191-45.0413
231.25360.0354-0.14413.6855-1.61983.113-0.04040.20350.0613-0.34750.002-0.03790.16730.08240.02840.118-0.01980.02120.16620.01960.15866.1908-6.1958-58.1242
240.82870.5971-0.12131.3458-0.07382.67530.0035-0.0920.09460.09170.05660.0268-0.298-0.1732-0.06970.21290.08080.00980.21280.00510.1693-1.22427.1637-13.9138
251.1866-0.2619-0.37331.4712-1.58332.0599-0.07580.101-0.1673-0.19370.2581-0.3063-0.3365-0.0245-0.17060.06230.0284-0.00910.1644-0.05520.2183-2.96016.1524-45.5679
262.0620.92930.80852.68291.2231.7297-0.0493-0.1314-0.0292-0.0182-0.03790.208-0.0599-0.16590.09660.11340.02640.01140.12140.03050.1519-7.2007-0.5943-43.2776
272.64171.3298-1.892.68070.91813.70460.3635-0.0275-0.0286-0.7665-0.27630.7594-0.2702-0.0096-0.22990.27210.0346-0.07830.16060.00210.311523.6564-35.4803-30.6927
282.3095-1.0104-0.50574.79421.20932.24870.319-0.0367-0.0709-0.7332-0.1102-0.68570.25870.3629-0.24180.22880.10510.04580.30730.0450.25298.0291-3.6048-28.4807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 128 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 129 through 150 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 151 through 163 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 164 through 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 33 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 34 through 72 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 73 through 90 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 91 through 105 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 106 through 140 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 141 through 163 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 164 through 194 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 195 through 209 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 210 through 220 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 25 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 26 through 75 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 76 through 101 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 102 through 113 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 114 through 128 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 129 through 150 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 151 through 174 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 175 through 213 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 117 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 118 through 140 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 141 through 220 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 1 through 12 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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