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- PDB-4gay: Structure of the broadly neutralizing antibody AP33 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gay
タイトルStructure of the broadly neutralizing antibody AP33
要素
  • NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN
  • NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab / neutralizing antibody / HCV E2
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Potter, J.A. / Owsianka, A. / Jeffery, N. / Matthews, D. / Keck, Z. / Lau, P. / Foung, S.K.H. / Taylor, G.L. / Patel, A.H.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Toward a Hepatitis C Virus Vaccine: the Structural Basis of Hepatitis C Virus Neutralization by AP33, a Broadly Neutralizing Antibody.
著者: Potter, J.A. / Owsianka, A.M. / Jeffery, N. / Matthews, D.J. / Keck, Z.Y. / Lau, P. / Foung, S.K. / Taylor, G.L. / Patel, A.H.
履歴
登録2012年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN
L: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN
A: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN
B: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4986
ポリマ－95,1984
非ポリマー3002
水1086
1
H: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN
L: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5992
ポリマ－47,5992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
2
A: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN
B: NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8994
ポリマ－47,5992
非ポリマー3002
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.874, 90.874, 459.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The asymmetric unit contains two biological units

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要素

#1: 抗体 NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 HEAVY CHAIN


分子量: 23677.420 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment of AP33 heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 NEUTRALIZING ANTIBODY AP33 LIGHT CHAIN


分子量: 23921.352 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment of AP33 light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 8K, 0.1M TrisHCl, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 29053 / Num. obs: 29053 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.65→2.8 Å / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→24.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 17.088 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 4.287 / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32041 1436 5.2 %RANDOM
Rwork0.24339 ---
obs0.24731 26337 95.59 %-
all-29053 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→24.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6519 0 20 6 6545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.9519158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7115840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88124.406261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.005151041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8321524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.671.54232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26826910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58232473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6934.52248
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.708 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 87 -
Rwork0.368 1681 -
obs--84.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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