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Yorodumi- PDB-4kph: Structure of the Fab fragment of N62, a protective monoclonal ant... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kph | |||||||||
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Title | Structure of the Fab fragment of N62, a protective monoclonal antibody to the nonreducing end of Francisella tularensis O-antigen | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / Carbohydrate/Sugar Binding / plasma | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION Function and homology information | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.59 Å | |||||||||
Authors | Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Yang, C.-Y. / Madico, G. / Perkins, H.M. / Wang, Q. / Costello, C.E. / Zaia, J. / Seaton, B.A. / Sharon, J. | |||||||||
Citation | Journal: Immunology / Year: 2013 Title: The binding sites of monoclonal antibodies to the non-reducing end of Francisella tularensis O-antigen accommodate mainly the terminal saccharide. Authors: Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Yang, C.Y. / Madico, G. / Perkins, H.M. / Wang, Q. / Costello, C.E. / Zaia, J. / Seaton, B.A. / Sharon, J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kph.cif.gz | 318.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kph.ent.gz | 259.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kph.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kph | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 22950.209 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Details: Fab fragment from cleavage of monoclonal antibody from cultured hybridoma cells Source: (natural) Mus musculus (house mouse) / Strain: BALB/cJ #2: Antibody | Mass: 22961.543 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Details: Fab fragment from cleavage of monoclonal antibody from cultured hybridoma cells Source: (natural) Mus musculus (house mouse) / Strain: BALB/cJ #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Microseeding by mixing 0.5 ul of Fab (12 mg/ml in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.02% NaN3) with 0.5 ul of reservoir solution [0.1 M bistris (pH 6.5), 0.2 M ammonium acetate, 25% w/v ...Details: Microseeding by mixing 0.5 ul of Fab (12 mg/ml in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.02% NaN3) with 0.5 ul of reservoir solution [0.1 M bistris (pH 6.5), 0.2 M ammonium acetate, 25% w/v PEG 3350] and streaking after equilibration, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU300 / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 18, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 20.85 / Number: 110303 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.39 / D res high: 2.6 Å / D res low: 15 Å / Num. obs: 28828 / % possible obs: 98.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.593→15 Å / Num. obs: 28828 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 3OZ9 (light chain) and pdb entry 3D9A (heavy chain) Resolution: 2.59→14.87 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / Phase error: 30 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→14.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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