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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kph
タイトルStructure of the Fab fragment of N62, a protective monoclonal antibody to the nonreducing end of Francisella tularensis O-antigen
要素
  • N62 heavy chain
  • N62 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / immunoglobulin (抗体) / Carbohydrate/Sugar Binding / plasma
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / 酢酸塩
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Yang, C.-Y. / Madico, G. / Perkins, H.M. / Wang, Q. / Costello, C.E. / Zaia, J. / Seaton, B.A. / Sharon, J.
引用ジャーナル: Immunology / : 2013
タイトル: The binding sites of monoclonal antibodies to the non-reducing end of Francisella tularensis O-antigen accommodate mainly the terminal saccharide.
著者: Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Yang, C.Y. / Madico, G. / Perkins, H.M. / Wang, Q. / Costello, C.E. / Zaia, J. / Seaton, B.A. / Sharon, J.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: N62 light chain
H: N62 heavy chain
M: N62 light chain
I: N62 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,8835
ポリマ-91,8244
非ポリマー591
55831
1
L: N62 light chain
H: N62 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9122
ポリマ-45,9122
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
2
M: N62 light chain
I: N62 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9713
ポリマ-45,9122
非ポリマー591
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.874, 87.076, 153.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 N62 light chain


分子量: 22950.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Fab fragment from cleavage of monoclonal antibody from cultured hybridoma cells
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / : BALB/cJ
#2: 抗体 N62 heavy chain


分子量: 22961.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Fab fragment from cleavage of monoclonal antibody from cultured hybridoma cells
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / : BALB/cJ
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Microseeding by mixing 0.5 ul of Fab (12 mg/ml in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.02% NaN3) with 0.5 ul of reservoir solution [0.1 M bistris (pH 6.5), 0.2 M ammonium acetate, 25% w/v ...詳細: Microseeding by mixing 0.5 ul of Fab (12 mg/ml in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.02% NaN3) with 0.5 ul of reservoir solution [0.1 M bistris (pH 6.5), 0.2 M ammonium acetate, 25% w/v PEG 3350] and streaking after equilibration, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 20.85 / : 110303 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.39 / D res high: 2.6 Å / D res low: 15 Å / Num. obs: 28828 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.521597.610.0331.3833.7
4.425.529910.0391.1963.9
3.874.4299.410.051.3994
3.523.8799.210.0671.4554
3.273.5299.310.0871.4053.9
3.083.2799.210.1171.4273.9
2.933.0898.910.1531.4073.8
2.82.939910.1941.4263.8
2.692.898.610.2461.3753.7
2.62.6998.110.3251.4023.7
反射解像度: 2.593→15 Å / Num. obs: 28828 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.693.70.325198.1
2.69-2.83.70.246198.6
2.8-2.933.80.194199
2.93-3.083.80.153198.9
3.08-3.273.90.117199.2
3.27-3.523.90.087199.3
3.52-3.8740.067199.2
3.87-4.4240.05199.4
4.42-5.523.90.039199
5.52-153.70.033197.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.59 Å14.87 Å
Translation2.59 Å14.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3OZ9 (light chain) and pdb entry 3D9A (heavy chain)
解像度: 2.59→14.87 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1946 6.94 %
Rwork0.222 --
obs0.225 28036 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→14.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6220 0 4 31 6255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6668720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3692243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431000
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041090
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5928-2.65730.34641220.26421666X-RAY DIFFRACTION87
2.6573-2.72870.35681320.27521765X-RAY DIFFRACTION93
2.7287-2.80850.33391320.26741793X-RAY DIFFRACTION94
2.8085-2.89850.28171370.26561827X-RAY DIFFRACTION95
2.8985-3.00130.28121370.25231823X-RAY DIFFRACTION95
3.0013-3.12040.3131350.25811841X-RAY DIFFRACTION97
3.1204-3.2610.28531390.25371864X-RAY DIFFRACTION97
3.261-3.43090.35661410.25611872X-RAY DIFFRACTION98
3.4309-3.64290.26061430.23661909X-RAY DIFFRACTION99
3.6429-3.91940.26641430.22121908X-RAY DIFFRACTION98
3.9194-4.30510.21111470.19881943X-RAY DIFFRACTION99
4.3051-4.90840.21721430.16841918X-RAY DIFFRACTION99
4.9084-6.11170.23791450.18861963X-RAY DIFFRACTION99
6.1117-14.87110.26831500.20031998X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17440.10090.01420.2738-0.12340.0872-0.06720.1589-0.3198-0.1173-0.21150.12670.0956-0.056-0.6970.37790.16190.09650.3169-0.06290.3003-5.289117.6723-40.1893
20.1406-0.2993-0.23660.61960.49660.39430.3060.20160.2341-0.2925-0.0785-0.2952-0.38810.00470.02690.28050.04110.05560.34520.00620.3301-0.975428.4221-35.9718
30.27530.7679-0.15972.131-0.37970.65110.0550.3365-0.2311-0.3129-0.2148-0.76790.00030.3690.03920.29980.02950.08680.40320.02460.35420.886825.2234-38.5303
40.76740.01670.32960.5568-0.64550.91640.1675-0.1001-0.256-0.2169-0.1208-0.11190.28980.11680.77010.16130.00070.03270.126-0.00780.2176-13.62189.6254-12.9516
50.3462-0.116-0.03450.8588-0.35560.16740.00120.2826-0.2276-0.1053-0.04370.14390.1882-0.04770.01160.1655-0.02460.09480.232-0.01580.4658-26.65792.6462-9.9676
61.1809-0.58471.08390.4056-0.35891.2758-0.072-0.0182-0.115-0.09090.0236-0.0993-0.2009-0.18550.49950.39730.08650.02340.1701-0.06370.2892-13.010811.9133-19.0351
70.9980.1189-0.33680.3769-0.62621.0638-0.18460.0449-0.5847-0.00670.00080.28140.4861-0.08490.19080.2366-0.06780.07990.29360.0520.3829-22.68184.8826-6.3699
80.6909-0.52990.08922.1075-0.26281.0558-0.0712-0.14040.32160.20820.0543-0.7332-0.42080.4429-0.00590.2685-0.0636-0.00190.3278-0.00430.3833-4.417343.7453-26.3485
90.1945-0.02970.10910.67020.06850.5409-0.0345-0.15080.12460.11870.0589-0.2076-0.03290.1433-0.0010.18840.03420.04120.27570.0420.1792-10.221937.7925-22.9282
100.41420.128-0.00250.0430.01180.20680.05380.039-0.137-0.0256-0.0076-0.1878-0.00270.0793-0.07660.02840.0313-0.01220.20610.0170.2632-10.945919.512-5.6001
110.1891-0.04150.10170.20690.02990.2364-0.1537-0.24850.06840.0494-0.02470.03310.0617-0.2575-0.00920.17910.0052-0.06750.19330.01690.1637-11.021819.0338-12.7179
120.03810.04920.06970.08590.14520.29350.0358-0.1523-0.0790.1721-0.0102-0.14820.13860.2814-0.2585-0.05620.0434-0.20270.27710.1095-0.0024-7.552420.4908-2.8126
130.38540.170.12470.089-0.01310.4149-0.07630.1131-0.2344-0.15180.0145-0.05880.05990.0377-0.48740.36480.00180.01320.0962-0.0560.204627.8356-4.3772-38.8264
140.9218-0.87960.46361.0763-0.51851.73360.22150.0860.2481-0.082-0.0325-0.4825-0.20890.4592-0.06230.3361-0.01960.00570.1951-0.02680.266935.88033.9025-39.2398
151.1329-0.1272-0.37530.027-0.01160.6739-0.05220.055-0.25460.0276-0.09810.09240.15440.0191-0.40130.31830.0056-0.02280.1553-0.01660.118829.9965-0.8537-33.4988
160.0839-0.06460.06170.0501-0.04830.0457-0.0398-0.1304-0.1788-0.08330.12470.11390.1625-0.16150.43850.5821-0.21520.23990.39840.07070.44414.666-8.5975-2.4161
170.5674-0.3543-0.7170.88370.79981.90930.06880.0741-0.0222-0.2067-0.33820.2780.3893-0.5874-0.08770.464-0.1602-0.00280.33710.0310.354715.5473-13.7612-18.325
180.3452-0.0183-0.12760.5603-0.04510.0798-0.0445-0.1121-0.09190.1905-0.0138-0.19140.01110.1091-0.00410.57490.0073-0.02490.23430.08120.351128.5636-9.89-21.6879
190.1818-0.19030.04130.2166-0.12570.46580.0179-0.2494-0.17970.07960.06550.3280.0989-0.3359-0.22810.6766-0.26310.26790.60550.05350.66126.5564-9.8368-2.8538
200.2392-0.0931-0.04980.43260.11880.0549-0.01980.0306-0.11830.0389-0.02530.2264-0.02-0.03430.20080.9169-0.33790.08830.4276-0.09310.510114.1541-21.6611-12.4057
210.4753-0.28370.03980.9052-0.05480.6336-0.18-0.15440.14990.34040.1732-0.1302-0.05970.1316-0.00970.26580.0041-0.10450.1718-0.03630.303430.444322.1178-26.6477
220.55280.19610.01070.1882-0.15710.2806-0.27930.02870.25780.23740.2642-0.00990.0552-0.0973-0.0190.30630.0031-0.01490.2279-0.06610.268127.403616.4771-26.2661
230.68940.20870.19620.47050.8561.60140.09110.067-0.07820.25940.08030.060.29450.02130.24130.2818-0.02440.08780.21810.03360.287619.711.0503-8.5443
241.56360.30140.05091.30930.37732.0080.0501-0.2985-0.25690.4623-0.0473-0.03710.66220.45130.42550.56830.0280.05890.32140.08510.193729.1661-3.2868-0.3654
250.55550.020.04720.795-0.13360.0271-0.0051-0.1724-0.0370.23350.1214-0.03270.27260.10350.50420.2658-0.0221-0.03820.31230.03610.042724.91962.41771.7372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 2 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 26 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 49 through 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 103 through 144 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 145 through 155 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 156 through 174 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 175 through 212 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 2 through 80 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 81 through 119 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 120 through 157 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 158 through 173 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 174 through 212 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 2 through 18 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'M' and (resid 19 through 75 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'M' and (resid 76 through 113 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'M' and (resid 114 through 137 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'M' and (resid 138 through 163 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'M' and (resid 164 through 174 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'M' and (resid 175 through 191 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'M' and (resid 192 through 210 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 1 through 80 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resid 81 through 109 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 110 through 184 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 185 through 202 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 203 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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