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- PDB-7lka: Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD-targeting antibody COV107-23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lka
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 RBD-targeting antibody COV107-23
要素
  • COV107-23 heavy chain
  • COV107-23 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / coronavirus / COVID-19 / SARS-CoV-2 / antibody / Fab / receptor binding domain
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.981 Å
データ登録者Yuan, M. / Zhu, X. / Wilson, I.A. / Wu, N.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R00 AI139445 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Sequence signatures of two public antibody clonotypes that bind SARS-CoV-2 receptor binding domain.
著者: Tan, T.J.C. / Yuan, M. / Kuzelka, K. / Padron, G.C. / Beal, J.R. / Chen, X. / Wang, Y. / Rivera-Cardona, J. / Zhu, X. / Stadtmueller, B.M. / Brooke, C.B. / Wilson, I.A. / Wu, N.C.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Sequence signatures of two IGHV3-53/3-66 public clonotypes to SARS-CoV-2 receptor binding domain.
著者: Tan, T.J.C. / Yuan, M. / Kuzelka, K. / Padron, G.C. / Beal, J.R. / Chen, X. / Wang, Y. / Rivera-Cardona, J. / Zhu, X. / Stadtmueller, B.M. / Brooke, C.B. / Wilson, I.A. / Wu, N.C.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: COV107-23 heavy chain
L: COV107-23 light chain
A: COV107-23 heavy chain
B: COV107-23 light chain
C: COV107-23 heavy chain
D: COV107-23 light chain
E: COV107-23 heavy chain
F: COV107-23 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,4959
ポリマ－186,4368
非ポリマー591
水20,3391129
1
H: COV107-23 heavy chain
L: COV107-23 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6092
ポリマ－46,6092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
2
A: COV107-23 heavy chain
B: COV107-23 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6092
ポリマ－46,6092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
3
C: COV107-23 heavy chain
D: COV107-23 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6683
ポリマ－46,6092
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
4
E: COV107-23 heavy chain
F: COV107-23 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6092
ポリマ－46,6092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.421, 74.797, 172.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.410, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-308-

HOH

21H-437-

HOH

31A-415-

HOH

41A-421-

HOH

-
要素

#1: 抗体
COV107-23 heavy chain


分子量: 23188.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
COV107-23 light chain


分子量: 23419.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.085 M of sodium citrate - citric acid pH 5.6, 0.17 M ammonium acetate, 15% (v/v) glycerol, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 130797 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.151 / Χ2: 0.745 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 882641
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.98-2.015.51.46864960.6630.6431.6080.41894.5
2.01-2.055.91.27264960.7530.5441.3880.40394.6
2.05-2.096.21.16165070.7780.4911.2640.42493.4
2.09-2.136.20.97561350.8330.411.060.41889.4
2.13-2.186.60.83756600.8780.3440.9070.42682.2
2.18-2.236.90.76865970.8920.3110.830.42595.9
2.23-2.297.10.70367320.9280.2810.7580.44397.2
2.29-2.357.10.59967330.9430.2390.6460.47597.3
2.35-2.427.10.4967190.9660.1950.5280.44696.8
2.42-2.4970.40967030.9690.1650.4420.46397.4
2.49-2.586.90.34767290.9750.1410.3750.597.2
2.58-2.696.90.2867170.9830.1140.3030.51997
2.69-2.816.70.21566650.9870.0880.2330.56296.5
2.81-2.966.70.16864800.9910.0690.1820.67993.2
2.96-3.146.50.12857380.9940.0530.1390.88582.7
3.14-3.397.20.10367410.9960.0410.1111.0896.7
3.39-3.737.30.08368580.9970.0330.091.37698.5
3.73-4.267.10.06968320.9980.0280.0741.53898.2
4.26-5.376.80.05367390.9980.0220.0581.5395.6
5.37-506.90.05265200.9980.0210.0571.5391

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6xc2

6xc2


解像度: 1.981→31.005 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 6632 5.09 %
Rwork0.2151 123785 -
obs0.2176 130417 93.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.46 Å2 / Biso mean: 38.1706 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.981→31.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12918 0 4 1129 14051
Biso mean--39.4 41.18 -
残基数----1718
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9811-2.00360.3871990.3415381588
2.0036-2.02720.35092180.3045419595
2.0272-2.05190.352210.2952406193
2.0519-2.07790.34672170.2946410893
2.0779-2.10520.34612140.2843399092
2.1052-2.13410.32852340.2739387889
2.1341-2.16450.33931750.2676350580
2.1645-2.19680.31182200.2654387688
2.1968-2.23120.34062180.2667421997
2.2312-2.26770.31182330.2655432797
2.2677-2.30680.33962350.2618414097
2.3068-2.34880.32242410.2551429397
2.3488-2.39390.29492230.2392422397
2.3939-2.44280.29982620.2351420297
2.4428-2.49580.28622170.2302431597
2.4958-2.55390.33392490.2363422697
2.5539-2.61770.30942130.2331426797
2.6177-2.68850.28391880.239430497
2.6885-2.76750.34172120.2345424897
2.7675-2.85680.32022440.2336415895
2.8568-2.95880.31752170.2333410193
2.9588-3.07720.28552070.2222369784
3.0772-3.21710.26581910.2241385587
3.2171-3.38650.26272470.213429197
3.3865-3.59840.25912380.1948432598
3.5984-3.87570.2141910.1941437198
3.8757-4.26490.23472260.1737435198
4.2649-4.880.18582670.1543424697
4.88-6.14040.18591940.1768393287
6.1404-31.0050.18372210.1759426693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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