PDB-3q6f: Crystal structure of Fab of human mAb 2909 specific for quaternar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q6f

タイトル

Crystal structure of Fab of human mAb 2909 specific for quaternary neutralizing epitope of HIV-1 gp120

要素

Heavy chain of Fab of human mAb 2909
Light chain of Fab of human mAb 2909

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgG / neutralization of HIV-1 viruses / Quaternary epitope of HIV-1 gp120

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.192 Å

データ登録者

Spurrier, B. / Sampson, J. / Totrov, M. / Li, H. / O'Neal, T. / William, C. / Robinson, J. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Human and Macaque mAbs 2909 and 2.5B: Implications for the Configuration of the Quaternary Neutralizing Epitope of HIV-1 gp120.
著者: Spurrier, B. / Sampson, J.M. / Totrov, M. / Li, H. / O'Neal, T. / Williams, C. / Robinson, J. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.

履歴

登録	2010年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月12日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q6f.cif.gz	500.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q6f.ent.gz	412.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q6f_validation.pdf.gz	529.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q6f_full_validation.pdf.gz	593.6 KB	表示
XML形式データ	3q6f_validation.xml.gz	106.7 KB	表示
CIF形式データ	3q6f_validation.cif.gz	134.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q6gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cey-1 3mug-1 4nug-d 2j4w-d 4fq2-d 3mug-3 6blh-d 4yaq-1 6snc-2 4x0k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Light chain of Fab of human mAb 2909

B: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

C: Light chain of Fab of human mAb 2909

D: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

E: Light chain of Fab of human mAb 2909

F: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

G: Light chain of Fab of human mAb 2909

H: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

I: Light chain of Fab of human mAb 2909

J: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

K: Light chain of Fab of human mAb 2909

L: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

ヘテロ分子

289 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Light chain of Fab of human mAb 2909

B: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Light chain of Fab of human mAb 2909

D: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Light chain of Fab of human mAb 2909

F: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Light chain of Fab of human mAb 2909

H: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: Light chain of Fab of human mAb 2909

J: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

K: Light chain of Fab of human mAb 2909

L: Heavy chain of Fab of human mAb 2909

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.504, 178.504, 218.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: 抗体	Light chain of Fab of human mAb 2909 分子量: 22813.189 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Heavy chain of Fab of human mAb 2909 分子量: 25230.004 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.9 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.8 詳細: 14% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH6.8, 0.1M glycine, and 8% ethylene glycol, under the oil, temperature 296K, EVAPORATION

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	1.03321
シンクロトロン	NSLS	X6A	2	1
シンクロトロン	APS	17-ID	3	1
シンクロトロン	NSLS	X4C	4	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR scanner 300 mm plate	1	IMAGE PLATE	2010年2月18日
	2
	3
	4

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MIRRORS	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2				x-ray	1
3				x-ray	1
4				x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.03321	1
2	1	1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 66903 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 3→3.05 Å / % possible all: 78.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.192→46.653 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	3391	5.07 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.2013	66876	99.25 %
all	-	66903	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.061 Å² / k_sol: 0.277 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7791 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.7791 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.5582 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.192→46.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20042	0	42	0	20084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	20618
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	28074
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.868	7276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	3097
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3603

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	800	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	800	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	3	E	800	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	4	G	800	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	5	I	800	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
1	6	K	800	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
2	1	A	686	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	686	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
2	3	E	686	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
2	4	G	686	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
2	5	I	686	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
2	6	K	686	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.076
3	1	B	865	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	865	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
3	3	F	865	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
3	4	H	865	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
3	5	J	865	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.066
3	6	L	865	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
4	1	B	673	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	D	673	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
4	3	F	673	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
4	4	H	673	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
4	5	J	673	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
4	6	L	673	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
5	1	B	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	D	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
5	3	F	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
5	4	H	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.087
5	5	J	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.087
5	6	L	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.066

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.192-3.306	0.3551	323	0.3305	6030	X-RAY DIFFRACTION	96
3.306-3.4384	0.3248	347	0.2869	6307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4384-3.5948	0.3154	332	0.2646	6309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5948-3.7843	0.2754	316	0.236	6361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7843-4.0212	0.2785	339	0.2194	6325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0212-4.3315	0.2352	342	0.1881	6338	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3315-4.767	0.2192	347	0.162	6359	X-RAY DIFFRACTION	100
4.767-5.4559	0.1808	318	0.1504	6431	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4559-6.8703	0.2164	371	0.1713	6434	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8703-46.6584	0.2272	356	0.1873	6591	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)