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万見
- PDB-3q6g: Crystal structure of Fab of rhesus mAb 2.5B specific for quaterna... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q6g
タイトルCrystal structure of Fab of rhesus mAb 2.5B specific for quaternary neutralizing epitope of HIV-1 gp120
要素
  • Heavy chain of Fab of rhesus mAb 2.5B
  • Light chain of Fab of rhesus mAb 2.5B
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig / neutralization of HIV-1 viruses / Quaternary epitope of HIV-1 gp120
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Spurrier, B. / Sampson, J. / Totrov, M. / Li, H. / O'Neal, T. / William, C. / Robinson, J. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Human and Macaque mAbs 2909 and 2.5B: Implications for the Configuration of the Quaternary Neutralizing Epitope of HIV-1 gp120.
著者: Spurrier, B. / Sampson, J.M. / Totrov, M. / Li, H. / O'Neal, T. / Williams, C. / Robinson, J. / Gorny, M.K. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.
履歴
登録2010年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月20日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of Fab of rhesus mAb 2.5B
H: Heavy chain of Fab of rhesus mAb 2.5B
M: Light chain of Fab of rhesus mAb 2.5B
I: Heavy chain of Fab of rhesus mAb 2.5B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9224
ポリマ－93,9224
非ポリマー00
水15,655869
1
L: Light chain of Fab of rhesus mAb 2.5B
H: Heavy chain of Fab of rhesus mAb 2.5B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9612
ポリマ－46,9612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
2
M: Light chain of Fab of rhesus mAb 2.5B
I: Heavy chain of Fab of rhesus mAb 2.5B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9612
ポリマ－46,9612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.836, 72.817, 88.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Light chain of Fab of rhesus mAb 2.5B


分子量: 22180.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル)
#2: 抗体 Heavy chain of Fab of rhesus mAb 2.5B


分子量: 24780.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macaca mulatta (アカゲザル)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 869 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 18% PEG 3350, 100 mM ammonium nitrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B11.0332
シンクロトロンNSLS X6A21
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
211
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 68825 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.85 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.902→29.702 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 3482 5.06 %Random
Rwork0.1909 ---
obs0.193 68825 97.68 %-
all-68825 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.299 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6607 Å2-0 Å20.3776 Å2
2---0.2947 Å20 Å2
3----0.3661 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.902→29.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6554 0 0 869 7423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1239149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6282362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781049
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9019-1.96990.29473290.26185939X-RAY DIFFRACTION90
1.9699-2.04880.28173100.23036359X-RAY DIFFRACTION95
2.0488-2.1420.25113550.21326400X-RAY DIFFRACTION97
2.142-2.25490.26833440.21296550X-RAY DIFFRACTION98
2.2549-2.39610.26083590.20816577X-RAY DIFFRACTION99
2.3961-2.5810.27463520.216645X-RAY DIFFRACTION99
2.581-2.84060.25573520.20496669X-RAY DIFFRACTION100
2.8406-3.25120.22913320.18836712X-RAY DIFFRACTION100
3.2512-4.09440.19484000.16666697X-RAY DIFFRACTION100
4.0944-29.7060.19413490.16526786X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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