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万見
- PDB-3mme: Structure and functional dissection of PG16, an antibody with bro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mme
タイトルStructure and functional dissection of PG16, an antibody with broad and potent neutralization of HIV-1
要素
  • PG16 HEAVY CHAIN FAB
  • PG16 LIGHT CHAIN FAB
キーワードIMMUNE SYSTEM / NEUTRALIZING ANTIBODIES / LONG CDRH3 / HIV-1
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Pancera, M. / McLellan, J. / Zhou, T. / Zhu, J. / Kwong, P.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of PG16 and chimeric dissection with somatically related PG9: structure-function analysis of two quaternary-specific antibodies that effectively neutralize HIV-1.
著者: Pancera, M. / McLellan, J.S. / Wu, X. / Zhu, J. / Changela, A. / Schmidt, S.D. / Yang, Y. / Zhou, T. / Phogat, S. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2010年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PG16 HEAVY CHAIN FAB
L: PG16 LIGHT CHAIN FAB
A: PG16 HEAVY CHAIN FAB
B: PG16 LIGHT CHAIN FAB
C: PG16 HEAVY CHAIN FAB
D: PG16 LIGHT CHAIN FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0869
ポリマ－145,8546
非ポリマー1,2323
水00
1
H: PG16 HEAVY CHAIN FAB
L: PG16 LIGHT CHAIN FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2053
ポリマ－48,6182
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
2
A: PG16 HEAVY CHAIN FAB
B: PG16 LIGHT CHAIN FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8393
ポリマ－48,6182
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
3
C: PG16 HEAVY CHAIN FAB
D: PG16 LIGHT CHAIN FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0423
ポリマ－48,6182
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.961, 230.804, 82.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: 抗体 PG16 HEAVY CHAIN FAB


分子量: 25919.049 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PG16 LIGHT CHAIN FAB


分子量: 22699.047 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PVRC8400 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.5
詳細: 1.96M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl, 0.1M acetate pH 4.5 with 3% 1,6 diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.97→50 Å / Num. obs: 5511 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Rsym value: 0.202 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 4→4.14 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 82.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LRS CHAIN AB

3lrs


解像度: 3.97→49.45 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 739 5.01 %
Rwork0.256 --
obs0.259 -91.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 141.48 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.1622 Å20 Å2-0 Å2
2--26.54 Å2-0 Å2
3----13.3778 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.97→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9959 0 81 0 10040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74314021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8983616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.973-4.27970.32541310.29412211X-RAY DIFFRACTION73
4.2797-4.71010.31751310.24882768X-RAY DIFFRACTION92
4.7101-5.39090.29641560.2332853X-RAY DIFFRACTION94
5.3909-6.78920.30611550.24722974X-RAY DIFFRACTION97
6.7892-49.45640.30851660.23423194X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6395-1.87330.19386.52041.10722.6134-0.06730.5088-0.2187-0.5573-0.11920.0885-0.0929-0.0424-0.01090.65630.13040.20820.98570.07221.0745-2.147562.3527-20.5216
22.57760.1111-0.58782.2033-1.19931.3482-0.20620.98320.1283-0.1970.2029-0.3173-0.1524-0.27320.03670.8138-0.07740.18991.4862-0.08081.0402-28.880361.8743-6.0555
35.5688-2.1527-2.20083.0597-2.75246.54680.21640.68980.45260.23980.06060.0069-0.66440.5748-0.20890.7845-0.03290.08470.98410.15650.8707-3.294482.774-25.4077
44.3786-5.39411.95716.4845-2.62872.62720.1065-0.09480.66380.601-0.12740.03290.41110.7403-0.06271.16240.36130.04191.3716-0.2321.0482-29.235972.9435.806
51.52120.8351-1.1975.865-1.11640.89520.75010.1734-0.40450.0409-0.3201-0.57080.001-0.0753-0.17350.91140.0979-0.10651.0430.18381.4871-14.994717.492310.1392
62.6555-0.22771.43434.6554-2.29391.7792-0.09730.00550.21580.3464-0.28910.0115-0.15970.74480.63420.78440.1980.0240.9993-0.03070.862-44.256715.2818-0.8495
75.3021-0.81221.95916.58540.01222.13180.0731-0.2338-0.3120.32880.2426-0.2441-0.50720.5363-0.37570.5226-0.07950.13540.62180.19480.8201-14.706238.39068.3446
83.613-1.52170.64784.1798-3.9837.0924-0.6001-0.6987-0.1137-0.0581-0.03950.46521.04430.60820.32460.79350.4002-0.0010.9325-0.13280.8364-53.979423.67389.2785
92.5085-0.2915-0.52050.43460.56870.708-0.06790.2356-0.6448-0.38090.3869-0.20510.18550.06280.34522.15870.4620.81811.55940.16591.6684-24.027918.2761-35.559
102.46151.758-0.29921.8763-0.09930.0451-0.86690.56110.5475-1.5103-1.1831-0.8191-0.6401-0.9311.36073.02290.78150.361.65260.37351.128-27.218948.8217-36.8513
114.2362-1.3081-1.01863.489-2.99563.65450.55930.08420.0078-1.0270.00060.39930.1093-1.0005-0.23272.20580.52560.17331.37630.07091.2463-45.618418.4651-31.8152
125.42480.22211.28261.06811.51713.9192-2.2571-0.25990.5605-0.77321.0365-0.57241.21051.88951.29372.71740.44090.08861.03710.01670.6672-37.737252.6925-48.6991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN L AND RESID 1:112
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN L AND RESID 113:213
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN H AND RESID 1:137
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN H AND RESID 138:238
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 1:112
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 113:213
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 1:137
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND RESID 138:238
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND RESID 1:112
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESID 113:213
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND RESID 1:137
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND RESID 138:238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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