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- PDB-3mug: Crystal structure of human Fab PG16, a broadly reactive and poten... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mug
タイトルCrystal structure of human Fab PG16, a broadly reactive and potent HIV-1 neutralizing antibody
要素
  • Antibody PG16 Heavy Chain
  • Antibody PG16 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / PG16 / Fab / sulfotyrosine / HIV
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Pejchal, R. / Walker, L.M. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure and function of broadly reactive antibody PG16 reveal an H3 subdomain that mediates potent neutralization of HIV-1.
著者: Pejchal, R. / Walker, L.M. / Stanfield, R.L. / Phogat, S.K. / Koff, W.C. / Poignard, P. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12021年3月31日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 3.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 3.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody PG16 Light Chain
B: Antibody PG16 Heavy Chain
C: Antibody PG16 Light Chain
D: Antibody PG16 Heavy Chain
E: Antibody PG16 Light Chain
F: Antibody PG16 Heavy Chain
G: Antibody PG16 Light Chain
H: Antibody PG16 Heavy Chain
I: Antibody PG16 Light Chain
J: Antibody PG16 Heavy Chain
K: Antibody PG16 Light Chain
L: Antibody PG16 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,88615
ポリマ－293,81612
非ポリマー1,0703
水7,764431
1
A: Antibody PG16 Light Chain
B: Antibody PG16 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1913
ポリマ－48,9692
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
2
C: Antibody PG16 Light Chain
D: Antibody PG16 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3943
ポリマ－48,9692
非ポリマー4241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
3
G: Antibody PG16 Light Chain
H: Antibody PG16 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9692
ポリマ－48,9692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
4
I: Antibody PG16 Light Chain
J: Antibody PG16 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3943
ポリマ－48,9692
非ポリマー4241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
5
K: Antibody PG16 Light Chain
L: Antibody PG16 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9692
ポリマ－48,9692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
6
E: Antibody PG16 Light Chain
F: Antibody PG16 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9692
ポリマ－48,9692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.770, 66.250, 198.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体
Antibody PG16 Light Chain


分子量: 22682.018 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S GnTI -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Antibody PG16 Heavy Chain


分子量: 26287.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S GnTI -/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 40% PEG 400, 0.08M sodium chloride, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日 / 詳細: K-B pair of biomorph mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→24.97 Å / Num. all: 116950 / Num. obs: 110752 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 54.99 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 14574 / Rsym value: 0.507 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7FAB

7fab


解像度: 2.49→24.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9423 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9178 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 5547 5.01 %RANDOM
Rwork0.2074 ---
obs0.2094 110627 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.097 Å20 Å2-4.1292 Å2
2--0.8589 Å20 Å2
3---1.2381 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.414 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→24.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20129 0 70 431 20630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01207552
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.25283362
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d65582
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes3872
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes31075
X-RAY DIFFRACTIONt_it2075520
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.47
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion27485
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact215244
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 377 5.1 %
Rwork0.2143 7008 -
all0.2169 7385 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53060.70320.45683.868-1.25080.8685-0.01360.4041-0.0735-0.27640.30490.5682-0.0316-0.2664-0.2913-0.20380.08750.0028-0.0740.07130.04812.4375-5.47678.2172
20.23320.34870.0487.4128-3.09361.25690.06260.1217-0.46250.2331-0.1627-0.39130.2690.11920.1001-0.17150.0103-0.0069-0.0202-0.0513-0.086617.0404-8.082585.1011
31.229-0.0697-0.25471.13060.30064.4062-0.23240.3612-0.2559-0.71330.3301-0.5792-0.5113-0.026-0.09770.0319-0.15430.1126-0.1724-0.0308-0.1515-8.787722.552351.3891
41.3227-0.7280.81340.9276-0.9856.3038-0.04790.26080.1161-0.49780.1286-0.1197-0.8096-0.3838-0.08070.035-0.073-0.0171-0.2112-0.0027-0.3069-23.99828.946448.9179
50.5989-0.5405-0.85120.61480.40621.681-0.1721-0.0236-0.2012-0.2668-0.01840.1053-0.0925-0.22860.19050.5672-0.0329-0.0311-0.3054-0.0301-0.297121.37426.960215.4766
61.6826-0.6894-1.69090.99930.19493.8018-0.3322-0.2024-0.12860.16380.12890.17390.3686-0.06620.20320.6695-0.09570.0504-0.461-0.0275-0.359722.1935-6.806521.2707
70.66080.40910.06083.4988-1.19071.123200.3312-0.0879-0.0260.23150.2976-0.0418-0.316-0.2315-0.12910.1126-0.01-0.07960.0269-0.124266.94-5.464678.8636
80.1291-0.35660.35186.7982-2.87831.25030.07920.0982-0.30780.1983-0.2758-0.38380.22030.18690.1966-0.10920.0420.0015-0.0732-0.0446-0.121681.6913-8.040585.3118
90.9476-0.0394-0.63551.2303-0.98373.6616-0.04340.0748-0.037-0.2825-0.0164-0.1212-0.0169-0.18310.0598-0.0772-0.0041-0.0101-0.21440.0203-0.183656.284722.412752.0197
100.9164-0.46350.67570.9105-1.55965.3464-0.01880.05330.2963-0.35360.0438-0.0093-0.3388-0.5472-0.025-0.00290.02390.0156-0.189-0.0607-0.243741.709228.745349.0009
110.7679-0.4726-1.45370.67610.01351.5902-0.08240.0036-0.1539-0.1454-0.05430.05370.0608-0.16650.13660.4866-0.0348-0.0129-0.2903-0.0164-0.283583.54596.981515.8096
121.5686-0.5026-1.97410.41560.38583.0297-0.1818-0.063-0.1179-0.01940.01920.11550.2901-0.00280.16260.5837-0.0210.0318-0.39360.0273-0.30884.6857-6.802321.7007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 213
2X-RAY DIFFRACTION1A505
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 239
4X-RAY DIFFRACTION3C2 - 213
5X-RAY DIFFRACTION3C505 - 506
6X-RAY DIFFRACTION4D1 - 239
7X-RAY DIFFRACTION5E3 - 213
8X-RAY DIFFRACTION6F1 - 238
9X-RAY DIFFRACTION7G2 - 213
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 239
11X-RAY DIFFRACTION9I2 - 213
12X-RAY DIFFRACTION9I505 - 506
13X-RAY DIFFRACTION10J1 - 239
14X-RAY DIFFRACTION11K3 - 213
15X-RAY DIFFRACTION12L1 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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