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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6umh | ||||||
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Title | Crystal structure of erenumab Fab-a | ||||||
![]() | (erenumab Fab ...) x 2 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Fragment antigen binding | ||||||
Function / homology | 1,3-PROPANDIOL / PHOSPHATE ION![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mohr, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Insight into Recognition of the CGRPR Complex by Migraine Prevention Therapy Aimovig (Erenumab). Authors: Garces, F. / Mohr, C. / Zhang, L. / Huang, C.S. / Chen, Q. / King, C. / Xu, C. / Wang, Z. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 346 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 293 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 466 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 469.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules HhLl
#1: Antibody | Mass: 25483.525 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 22827.324 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 294 molecules ![](data/chem/img/PDO.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-PDO / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 50% MPD, 4% 1,3-propanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 92 / Detector: CCD / Date: Aug 6, 2014 / Details: VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→30 Å / Num. obs: 58318 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 400151 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Χ2: 1 / Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.59 Å2 / Biso mean: 46.151 Å2 / Biso min: 13.96 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.152→2.207 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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