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- PDB-6umg: Crystal structure of erenumab Fab bound to the extracellular doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6umg
タイトルCrystal structure of erenumab Fab bound to the extracellular domain of CGRP receptor
要素
  • Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
  • Receptor activity-modifying protein 1
  • erenumab Fab heavy chain, IgG1
  • erenumab Fab light chain, IgG1
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Class B GPCR / Complex / Fragment antigen binding / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcitonin gene-related peptide binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin binding / CGRP receptor complex / positive regulation of protein glycosylation / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity ...calcitonin gene-related peptide binding / cellular response to sucrose stimulus / adrenomedullin binding / CGRP receptor complex / positive regulation of protein glycosylation / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / vascular associated smooth muscle cell proliferation / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cellular response to hormone stimulus / coreceptor activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / G protein-coupled receptor activity / receptor internalization / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion transport / protein transport / heart development / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (s) signalling events / angiogenesis / lysosome / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, calcitonin gene-related peptide, type 1 receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mohr, C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Molecular Insight into Recognition of the CGRPR Complex by Migraine Prevention Therapy Aimovig (Erenumab).
著者: Garces, F. / Mohr, C. / Zhang, L. / Huang, C.S. / Chen, Q. / King, C. / Xu, C. / Wang, Z.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: erenumab Fab heavy chain, IgG1
L: erenumab Fab light chain, IgG1
C: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
R: Receptor activity-modifying protein 1
h: erenumab Fab heavy chain, IgG1
l: erenumab Fab light chain, IgG1
c: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
r: Receptor activity-modifying protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,8438
ポリマ－156,8438
非ポリマー00
水1,71195
1
H: erenumab Fab heavy chain, IgG1
L: erenumab Fab light chain, IgG1
C: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
R: Receptor activity-modifying protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4214
ポリマ－78,4214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area28940 Å2
手法PISA
2
h: erenumab Fab heavy chain, IgG1
l: erenumab Fab light chain, IgG1
c: Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor
r: Receptor activity-modifying protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4214
ポリマ－78,4214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area28690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.464, 112.520, 77.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 erenumab Fab heavy chain, IgG1


分子量: 25483.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 erenumab Fab light chain, IgG1


分子量: 22827.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Calcitonin gene-related peptide type 1 receptor / CGRP type 1 receptor / Calcitonin receptor-like receptor


分子量: 16269.885 Da / 分子数: 2 / Fragment: extracellular domain (UNP residues 23-133) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCRL, CGRPR / プラスミド: pDEST 17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16602
#4: タンパク質 Receptor activity-modifying protein 1 / Calcitonin-receptor-like receptor activity-modifying protein 1 / CRLR activity-modifying protein 1


分子量: 13840.678 Da / 分子数: 2 / Fragment: extracellular domain (UNP residues 26-117) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAMP1 / プラスミド: pDEST 17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60894
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M ethylene glycols, 0.1 M HEPES:MOPS, pH 7.5, 37.5% MPD + PEG1000 + PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月26日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 33135 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Χ2: 1 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.83.30.5932.0732740.6980.3760.70499.9
2.8-2.913.30.49933070.7650.3150.592100
2.91-3.043.40.37133220.8520.2330.44100
3.04-3.23.40.27933080.9180.1760.33100
3.2-3.43.40.19332970.9520.1210.228100
3.4-3.663.40.15133130.9550.0960.179100
3.66-4.033.40.12133140.9810.0760.143100
4.03-4.613.40.08133280.9910.0510.096100
4.61-5.83.40.0833260.9920.0510.09599.9
5.8-303.40.06833460.9950.0430.0898.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3N7P

3n7p


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 18.626 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.433
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2819 1555 4.7 %RANDOM
Rwork0.2448 ---
obs0.2466 31528 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.64 Å2 / Biso mean: 36.707 Å2 / Biso min: 13.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0 Å20.17 Å2
2---0.19 Å2-0 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9718 0 0 95 9813
Biso mean---26.67 -
残基数----1259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.029983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8991.93513591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.817320826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.17351247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01624.269431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.907151553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5641546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022329
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 125 -
Rwork0.332 2302 -
all-2427 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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