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- PDB-4z95: Fab structure of antibody S1-15 in complex with ssDNA DNA, 5'-5(d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z95
タイトルFab structure of antibody S1-15 in complex with ssDNA DNA, 5'-5(dT)-p-3'
要素
  • S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain
  • S1-15 Fab (IgG2b) light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / antibody / Fab / carbohydrate / lipid A / DNA / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.
資金援助 カナダ, オーストリア, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)OGP0171356 カナダ
FWFP22909 オーストリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Antibody Recognition of Lipid A: INSIGHTS TO POLYSPECIFICITY TOWARD SINGLE-STRANDED DNA.
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Rodriguez, T. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2015年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain
L: S1-15 Fab (IgG2b) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2583
ポリマ－48,1632
非ポリマー951
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.761, 77.761, 156.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-486-

HOH

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要素

#1: 抗体 S1-15 Fab (IgG2b) heavy chain


分子量: 24436.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#2: 抗体 S1-15 Fab (IgG2b) light chain


分子量: 23727.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細the ligand used for crystallization was 5'-DTpDTpDTpDTpDTp-3', however only a phosphate could be ...the ligand used for crystallization was 5'-DTpDTpDTpDTpDTp-3', however only a phosphate could be confidently modeled due to lack of electron density.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25% (v/v) PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月5日 / 詳細: Vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→25 Å / Num. all: 457680 / Num. obs: 43749 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 37.7
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000v701c3データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ODT

4odt


解像度: 1.79→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.2437 / WRfactor Rwork: 0.2146 / FOM work R set: 0.7944 / SU B: 3.375 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / SU Rfree: 0.1245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 2269 4.9 %RANDOM
Rwork0.2028 ---
obs0.2045 43749 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.19 Å2 / Biso mean: 38.743 Å2 / Biso min: 19.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.45 Å2-0 Å2
3----2.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 5 275 3655
Biso mean--49.2 41.93 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.944720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74837215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8515439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3324.113141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.79715549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4531516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2563.8441760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2543.8421759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3295.7492196
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.837 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 158 -
Rwork0.274 3175 -
all-3333 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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