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- PDB-5nb5: Principles for computational design of antibodies -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nb5
タイトルPrinciples for computational design of antibodies
要素(design of antibodies) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibodies
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dym, O. / Fleishman, S.J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Principles for computational design of binding antibodies.
著者: Baran, D. / Pszolla, M.G. / Lapidoth, G.D. / Norn, C. / Dym, O. / Unger, T. / Albeck, S. / Tyka, M.D. / Fleishman, S.J.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年9月12日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: design of antibodies
H: design of antibodies
M: design of antibodies
I: design of antibodies


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0584
ポリマ－95,0584
非ポリマー00
水00
1
L: design of antibodies
H: design of antibodies


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5292
ポリマ－47,5292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
2
M: design of antibodies
I: design of antibodies


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5292
ポリマ－47,5292
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.330, 109.390, 158.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21M
12H
22I

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPCYSCYSLA1 - 2181 - 218
21ASPASPCYSCYSMC1 - 2181 - 218
12GLNGLNLYSLYSHB1 - 2171 - 217
22GLNGLNLYSLYSID1 - 2171 - 217

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 design of antibodies


分子量: 24056.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 design of antibodies


分子量: 23472.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M (NH4)2SO4 0.05M Tris pH=8.5 12.5% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→90 Å / Num. obs: 21280 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.195 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2854 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQ9, 2HFF

3qq9

2hff


解像度: 3→90 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 48.33 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.446 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25732 1105 5 %RANDOM
Rwork0.22347 ---
obs0.22521 20906 96.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.41 Å2-0 Å20 Å2
2--2.61 Å2-0 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→90 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6558 0 0 0 6558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.026758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.9419192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.931313998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8725858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90924.06266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.5151060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2251530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3442.3843450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3442.3833449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3913.5654302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3913.5664303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2162.4773308
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2162.4773309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1163.6594891
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.4444.63826201
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.4444.63926202
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11L13136
12M13136
21H12148
22I12148
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 74 -
Rwork0.342 1472 -
obs--94.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50470.0769-0.25183.5695-0.06480.2444-0.0301-0.08970.03730.3368-0.05470.0384-0.16150.07560.08470.3479-0.022-0.10840.0320.03530.12526.81695.93916.47
22.07910.98220.37432.57280.10651.8514-0.07080.03290.24240.10640.00570.1109-0.35480.11080.06510.21090.003-0.05020.01820.00780.052-2.304104.8474.132
31.4934-0.73650.40983.0991-1.08231.61560.12560.3440.1143-0.6387-0.1052-0.40540.23930.1982-0.02040.49610.05730.09710.1935-0.0160.136-12.246108.49442.298
41.8249-0.49890.08692.3783-0.39142.7816-0.00250.0409-0.2294-0.09320.09990.11560.5749-0.1505-0.09740.3553-0.01980.02710.053-0.04950.1129-19.93107.18258.012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3M1 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4I1 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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