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- PDB-6vbq: Crystal structure of anti-HIV-1 antibody DH822 bound to gp120 V2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbq
タイトルCrystal structure of anti-HIV-1 antibody DH822 bound to gp120 V2 peptide
要素
  • DH822 heavy chain
  • DH822 light chain
  • Envelope glycoprotein gp160
キーワードIMMUNE SYSTEM/Viral Protein / Antibody / GP120 V2 / RV305/RV144 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.116 Å
データ登録者Janus, B.M. / Ofek, G.
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2020
タイトル: HIV vaccine delayed boosting increases Env variable region 2-specific antibody effector functions.
著者: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Janus, B. / Gohain, N. / Williams, L.D. / Tay, M.Z. / Monroe, A. / Peachman, K. / Choe, M. / Min, S. / Lusso, P. / Zhang, P. / Go, E.P. / Desaire, H. ...著者: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Janus, B. / Gohain, N. / Williams, L.D. / Tay, M.Z. / Monroe, A. / Peachman, K. / Choe, M. / Min, S. / Lusso, P. / Zhang, P. / Go, E.P. / Desaire, H. / Bonsignori, M. / Hwang, K.K. / Beck, C. / Kakalis, M. / O'Connell, R.J. / Vasan, S. / Kim, J.H. / Michael, N.L. / Excler, J.L. / Robb, M.L. / Rerks-Ngarm, S. / Kaewkungwal, J. / Pitisuttithum, P. / Nitayaphan, S. / Sinangil, F. / Tartaglia, J. / Phogat, S. / Wiehe, K. / Saunders, K.O. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Arthos, J. / Rao, M. / Joyce, M.G. / Ofek, G.A. / Ferrari, G. / Haynes, B.F.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH822 heavy chain
L: DH822 light chain
B: DH822 light chain
F: DH822 light chain
D: DH822 light chain
A: DH822 heavy chain
E: DH822 heavy chain
C: DH822 heavy chain
J: Envelope glycoprotein gp160
P: Envelope glycoprotein gp160
I: Envelope glycoprotein gp160
K: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,39812
ポリマ－201,39812
非ポリマー00
水14,250791
1
H: DH822 heavy chain
L: DH822 light chain
P: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3493
ポリマ－50,3493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
2
B: DH822 light chain
A: DH822 heavy chain
I: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3493
ポリマ－50,3493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
3
F: DH822 light chain
E: DH822 heavy chain
J: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3493
ポリマ－50,3493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
4
D: DH822 light chain
C: DH822 heavy chain
K: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3493
ポリマ－50,3493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.072, 75.072, 312.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: 抗体
DH822 heavy chain


分子量: 24669.748 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
DH822 light chain


分子量: 23004.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 2675.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: I2E6B7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% 2-propanol, 20% PEG 4000, 0.1M sodium citrate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.116→50 Å / Num. obs: 112193 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.116→2.15 Å / Num. unique obs: 7725 / Rpim(I) all: 0.304

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3228精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3228位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HK0

4hk0


解像度: 2.116→40.678 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1999 1.78 %
Rwork0.1814 110194 -
obs0.1819 112193 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.73 Å2 / Biso mean: 50.1984 Å2 / Biso min: 16.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.116→40.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13445 0 0 791 14236
Biso mean---45.81 -
残基数----1779
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.116-2.16850.27511410.2396758496
2.1685-2.22710.29331480.23557898100
2.2271-2.29270.26611420.24287892100
2.2927-2.36670.32941440.23077915100
2.3667-2.45120.23651360.22317913100
2.4512-2.54940.25991380.21467936100
2.5494-2.66540.29151440.21647832100
2.6654-2.80590.26361400.21277928100
2.8059-2.98160.21881430.20377877100
2.9816-3.21170.221420.20357888100
3.2117-3.53480.21651520.17497932100
3.5348-4.04590.22321390.16157875100
4.0459-5.09580.14871440.13127889100
5.0958-40.6780.161460.1606783599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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