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万見
- PDB-1dee: Structure of S. aureus protein A bound to a human IgM Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dee
タイトルStructure of S. aureus protein A bound to a human IgM Fab
要素
  • (IGM RF 2A2) x 2
  • IMMUNOGLOBULIN G BINDING PROTEIN A
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB-IBP COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE 2.7A RESOLUTION BINDING OUTSIDE THE ANTIGEN COMBINING SITE SUPERANTIGEN FAB VH3 SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin FC, subunit C / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain ...Immunoglobulin FC, subunit C / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Graille, M. / Stura, E.A. / Corper, A.L. / Sutton, B.J. / Taussig, M.J. / Charbonnier, J.B. / Silverman, G.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a Staphylococcus aureus protein A domain complexed with the Fab fragment of a human IgM antibody: structural basis for recognition of B-cell receptors and superantigen activity.
著者: Graille, M. / Stura, E.A. / Corper, A.L. / Sutton, B.J. / Taussig, M.J. / Charbonnier, J.B. / Silverman, G.J.
履歴
登録1999年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGM RF 2A2
B: IGM RF 2A2
C: IGM RF 2A2
D: IGM RF 2A2
E: IGM RF 2A2
F: IGM RF 2A2
G: IMMUNOGLOBULIN G BINDING PROTEIN A
H: IMMUNOGLOBULIN G BINDING PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,7408
ポリマ－154,7408
非ポリマー00
水18010
1
A: IGM RF 2A2
B: IGM RF 2A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5112
ポリマ－47,5112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
2
C: IGM RF 2A2
D: IGM RF 2A2
G: IMMUNOGLOBULIN G BINDING PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6153
ポリマ－53,6153
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: IGM RF 2A2
F: IGM RF 2A2
H: IMMUNOGLOBULIN G BINDING PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6153
ポリマ－53,6153
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: IGM RF 2A2
F: IGM RF 2A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5112
ポリマ－47,5112
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
5
C: IGM RF 2A2
D: IGM RF 2A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5112
ポリマ－47,5112
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.520, 78.910, 163.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 IGM RF 2A2


分子量: 23343.846 Da / 分子数: 3 / 断片: FAB LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然
詳細: FAB OF THE V3-30/ VH1.9III-ENCODED 2A2 IGM RHEUMATOID FACTOR PRODUCED BY TRYPSIN CLEAVAGE OF THE IGM SECRETED BY A HYBRIDOMA CREATED FROM SYNOVIAL B CELLS OF A RHEUMATOID ARTHRITIS PATIENT
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 IGM RF 2A2


分子量: 24167.008 Da / 分子数: 3 / 断片: FAB HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然
詳細: FAB OF THE V3-30/ VH1.9III-ENCODED 2A2 IGM RHEUMATOID FACTOR PRODUCED BY TRYPSIN CLEAVAGE OF THE IGM SECRETED BY A HYBRIDOMA CREATED FROM SYNOVIAL B CELLS OF A RHEUMATOID ARTHRITIS PATIENT
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 IMMUNOGLOBULIN G BINDING PROTEIN A


分子量: 6103.695 Da / 分子数: 2 / 断片: RECOMBINANT DOMAIN D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: P02976
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPEG 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
221-24 %(w/w)mPEG50001reservoir
3100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来タイプID波長
回転陽極RIGAKU11.5418
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1998年7月4日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1998年12月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 184708 / Num. obs: 46831 / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / % possible all: 77
反射
*PLUS
% possible obs: 87 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化解像度: 2.7→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: The 3 amino acids at the N terminus (FNK) of chain G have been removed for the refinement as they did not fit in any electronic density. However, the same amino acids have been kept in chain ...詳細: The 3 amino acids at the N terminus (FNK) of chain G have been removed for the refinement as they did not fit in any electronic density. However, the same amino acids have been kept in chain H for refinement as more electron density is observed. The side chain atoms of Lys 805 from chain H are not defined by electronic density, then we decided to remove these atoms.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.281 2328 RANDOM
Rwork0.217 --
all0.225 46742 -
obs0.225 44414 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10849 0 0 10 10859
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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