PDB-4hfw: Anti Rotavirus Antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hfw

タイトル

Anti Rotavirus Antibody

要素

6-26 Fab Heavy chain
6-26 Fab Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ig fold / Immune Response / Rotavirus VP6 protein

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

Spiller, B.W. / Aiyegbo, M. / Crowe, J.E.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Human Rotavirus VP6-Specific Antibodies Mediate Intracellular Neutralization by Binding to a Quaternary Structure in the Transcriptional Pore.
著者: Aiyegbo, M.S. / Sapparapu, G. / Spiller, B.W. / Eli, I.M. / Williams, D.R. / Kim, R. / Lee, D.E. / Liu, T. / Li, S. / Woods, V.L. / Nannemann, D.P. / Meiler, J. / Stewart, P.L. / Crowe, J.E.

履歴

登録	2012年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hfw.cif.gz	340.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hfw.ent.gz	280.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/4hfw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1rzi-3 4xbp-1 3drt-d 2rcs-d 5chn-1 5ysl-2 5i17-2 5i8e-2 3egs-d 2ai0-4 3qpq-2 3dro-d 5x5x-d 2pr4-d 4ptu-d 1rzi-2 5tfs-d 5i8e-1 2d03-d 7k8p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: 6-26 Fab Light chain

H: 6-26 Fab Heavy chain

A: 6-26 Fab Light chain

B: 6-26 Fab Heavy chain

ヘテロ分子

94.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: 6-26 Fab Light chain

H: 6-26 Fab Heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 6-26 Fab Light chain

B: 6-26 Fab Heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.100, 97.920, 94.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	6-26 Fab Light chain 分子量: 23320.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体	6-26 Fab Heavy chain 分子量: 23834.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 器官 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% v/v 2-Propanol., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→44.6 Å / Num. all: 36041 / Num. obs: 35536 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2626 / R_sym value: 0.838 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

解像度: 2.601→44.58 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	1776	5 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1881	35510	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.39 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→44.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6522	0	10	465	6997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6689
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.473	9087
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.667	2385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1156

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6013-2.6717	0.3435	134	0.2681	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6717-2.7503	0.3016	143	0.2511	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7503-2.839	0.325	143	0.2457	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.839-2.9405	0.3014	124	0.2286	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9405-3.0582	0.2647	132	0.2276	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0582-3.1973	0.2833	145	0.2057	2560	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1973-3.3658	0.2649	135	0.197	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3658-3.5766	0.2651	127	0.1739	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5766-3.8527	0.1979	126	0.1603	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8527-4.2401	0.1818	126	0.1541	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2401-4.853	0.1806	147	0.1371	2564	X-RAY DIFFRACTION	98
4.853-6.1118	0.1973	150	0.164	2571	X-RAY DIFFRACTION	97
6.1118-44.5867	0.2212	144	0.2047	2577	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7172	1.5775	-0.0763	4.4824	-0.2141	1.516	0.0425	-0.1257	-0.4451	-0.1166	0.0389	0.1375	0.1806	-0.1484	-0.0651	0.3309	-0.0298	-0.0529	0.2446	0.0687	0.3287	48.635	-6.1845	122.4111
2	3.9317	0.5374	2.2599	2.9071	-0.7221	4.5973	-0.0138	0.2661	-0.7161	0.0738	0.031	0.037	-0.0349	0.0765	-0.1048	0.2874	-0.0573	0.0749	0.3381	-0.0334	0.4963	18.093	-3.7832	103.1594
3	2.1655	-1.3669	2.0259	2.6854	-1.2736	5.687	0.0939	0.1	-0.5621	-0.2586	0.0626	0.2349	0.2294	-0.1968	-0.1876	0.3578	-0.1045	0.0059	0.3912	-0.0271	0.5428	17.9051	-4.4272	102.4155
4	8.5622	-0.751	6.1445	5.2165	-1.8923	5.2285	0.0804	-0.484	0.2198	0.315	-0.1578	-0.0062	-1.1856	-0.3703	0.1504	0.4329	0.0267	-0.0458	0.2794	-0.0732	0.3057	45.7611	19.0204	122.3898
5	4.8771	-0.2836	2.3023	0.2182	0.2688	1.2702	0.0181	0.3087	0.1144	-0.0905	-0.0021	-0.0462	-0.0193	0.1669	-0.052	0.3313	-0.0357	0.0512	0.2136	0.0045	0.3018	49.0022	13.8572	113.0829
6	4.9748	3.7018	-0.7916	5.7768	-1.1345	1.5266	0.0358	-0.2614	0.1892	0.4918	-0.0445	0.5386	-0.0536	-0.0558	-0.0709	0.2653	-0.0133	0.0036	0.3049	0.0059	0.2582	17.483	10.2205	111.6883
7	0.8111	-0.1789	1.5568	0.54	-0.1679	4.1674	0.022	0.047	0.1028	-0.0688	0.0826	-0.1177	-0.1662	0.0167	-0.0443	0.3092	0.0066	-0.001	0.2385	0.0148	0.3727	40.1078	55.419	115.8855
8	2.4345	2.8207	3.3133	7.0832	1.6633	5.9493	-0.4394	-0.189	1.0839	-0.1229	0.4193	0.815	-0.7387	-0.5685	0.1844	0.6612	0.0995	0.0029	0.6859	0.0685	0.6379	19.1503	55.4488	94.2887
9	4.5734	2.3887	2.8211	4.4274	0.3439	5.959	-0.1119	0.0791	0.2449	-0.0785	0.1346	0.5902	-0.2813	-0.4056	0.0414	0.2981	0.0475	0.0462	0.3105	0.0313	0.4116	25.7844	52.5266	91.8441
10	0.6733	0.0185	1.0583	0.386	0.9981	4.1176	-0.0721	-0.1419	-0.0466	-0.0278	0.0404	0.0236	0.0735	-0.1149	0.0517	0.2956	-0.0189	0.017	0.2387	0.0265	0.3737	36.1192	36.128	124.7469
11	4.083	-2.3216	-0.8648	1.9491	-1.4151	8.6474	0.4181	-0.2533	-0.1108	-0.0203	-0.0714	0.2435	0.3489	-0.0837	-0.2698	0.488	-0.0406	-0.0898	0.5342	0.0068	0.3155	32.0782	50.1628	80.6448
12	0.9896	1.767	-0.8006	5.1383	-3.8882	3.7251	0.0076	0.081	0.084	-0.4261	-0.1149	-0.106	0.3036	0.0562	0.1066	0.3515	0.0042	0.0366	0.3319	0.0054	0.3191	36.4612	39.2816	92.322

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resseq 1:106)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resseq 107:156)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resseq 157:212)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resseq 1:10)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resseq 11:134)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resseq 141:220)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 2:140)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 141:157)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 158:211)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 1:132)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 133:138)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 165:221)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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