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Yorodumi- PDB-3mj8: Crystal structure of HL4E10 Fab, a hamster Ab stimulatory for gam... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mj8 | ||||||
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Title | Crystal structure of HL4E10 Fab, a hamster Ab stimulatory for gammadelta T cells | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / HAMSTER IgG | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | CRICETULUS MIGRATORIUS (Armenian hamster) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.94 Å | ||||||
Authors | Verdino, P. / Wilson, I.A. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2011 Title: cDNA sequence and Fab crystal structure of HL4E10, a hamster IgG lambda light chain antibody stimulatory for gammadelta T cells. Authors: Verdino, P. / Witherden, D.A. / Podshivalova, K. / Rieder, S.E. / Havran, W.L. / Wilson, I.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mj8.cif.gz | 328.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mj8.ent.gz | 269.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mj8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mj8_validation.pdf.gz | 450.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3mj8_full_validation.pdf.gz | 461.4 KB | Display | |
Data in XML | 3mj8_validation.xml.gz | 29.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3mj8_validation.cif.gz | 39.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mj8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
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-Components
#1: Antibody | Mass: 22784.334 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Details: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC Source: (natural) CRICETULUS MIGRATORIUS (Armenian hamster) / Strain: HYBRIDOMA #2: Antibody | Mass: 23653.455 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Details: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC Source: (natural) CRICETULUS MIGRATORIUS (Armenian hamster) / Strain: HYBRIDOMA |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 10-12.5 % PEG 4000, 0.1 M NA- ACETATE, 0.2 M (NH4)2SO4, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.97946 |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2006 Details: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING), SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING) |
Radiation | Monochromator: SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL, ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.94→30 Å / Num. obs: 17012 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 70.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 7.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.94→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 96.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: HL4E10 LIGHT CHAIN SEQUENCE THREADED ONTO 1W72, HL4E10 HEAVY CHAIN SEQUENCE THREADED ONTO 2ARJ Resolution: 2.94→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 56.081 / SU ML: 0.457 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.536 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS WAS ALSO USED FOR THE REFINEMENT.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.67 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.94→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.94→3.02 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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