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- PDB-3mj8: Crystal structure of HL4E10 Fab, a hamster Ab stimulatory for gam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mj8
タイトルCrystal structure of HL4E10 Fab, a hamster Ab stimulatory for gammadelta T cells
要素
  • STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN
  • STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / HAMSTER IgG
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Verdino, P. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Plos One / : 2011
タイトル: cDNA sequence and Fab crystal structure of HL4E10, a hamster IgG lambda light chain antibody stimulatory for gammadelta T cells.
著者: Verdino, P. / Witherden, D.A. / Podshivalova, K. / Rieder, S.E. / Havran, W.L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN
H: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN
A: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN
B: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8764
ポリマ-92,8764
非ポリマー00
00
1
L: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN
H: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4382
ポリマ-46,4382
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
2
A: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN
B: STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4382
ポリマ-46,4382
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.836, 148.768, 68.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21A
12H
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPROLA1 - 2111 - 209
21SERSERPROPROAC1 - 2111 - 209
12GLNGLNGLYGLYHB1 - 2281 - 218
22GLNGLNGLYGLYBD1 - 2281 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 22784.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC
由来: (天然) CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ) / : HYBRIDOMA
#2: 抗体 STIMULATORY HAMSTER ANTIBODY HL4E10 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23653.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC
由来: (天然) CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ) / : HYBRIDOMA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10-12.5 % PEG 4000, 0.1 M NA- ACETATE, 0.2 M (NH4)2SO4, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97946
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日
詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING), SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL, ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→30 Å / Num. obs: 17012 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 70.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.94→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0017精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HL4E10 LIGHT CHAIN SEQUENCE THREADED ONTO 1W72, HL4E10 HEAVY CHAIN SEQUENCE THREADED ONTO 2ARJ
解像度: 2.94→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 56.081 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.536 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS WAS ALSO USED FOR THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 863 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.23 16120 94.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.15 Å20 Å2-2.78 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3----4.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6320 0 0 0 6320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9571.9438874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7443.00310324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7665834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77524.831236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29815990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2741514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.24054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.23030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.23563
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1310.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1481.55336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0211.51692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.18426786
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.25932800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3954.52088
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1L2619medium positional0.420.5
2H2640medium positional0.470.5
1L2619medium thermal0.12
2H2640medium thermal0.092
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.02 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.546 56 -
Rwork0.38 1063 -
obs--86.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3963-0.97843.05157.3807-3.99168.597-0.00770.09470.277-0.51210.20060.78230.2407-0.5352-0.1929-0.1805-0.1556-0.0035-0.0318-0.0165-0.065-7.5799-1.4292-5.1741
22.43742.33342.318511.79417.621910.40150.1212-0.3440.18460.3072-0.37450.9051-0.0268-0.80070.2533-0.3499-0.12040.0804-0.02110.075-0.05432.04867.233327.7858
33.18061.45931.08875.80331.67686.8508-0.47560.2410.3263-0.38690.24420.4483-1.0088-0.13270.2314-0.0162-0.0189-0.1099-0.08660.0854-0.0437-0.886619.3738-8.6858
42.1562-0.45381.4869.35660.02728.12280.123-0.2305-0.34820.1233-0.2125-0.49580.36040.29620.0895-0.1965-0.19860.0747-0.0897-0.0575-0.082417.006812.929224.413
53.68073.0177-1.85096.3238-2.109411.30080.0575-0.23360.33950.8723-0.14790.2522-0.61690.12840.0904-0.050.0412-0.0812-0.25980.0054-0.040417.9138-18.6505-27.4788
67.68952.76392.8883.41662.87815.9611-0.1316-0.16410.4559-0.0503-0.28190.3584-0.7956-1.05990.4135-0.10340.02220.02590.1327-0.0278-0.0569-1.7947-20.9638-57.3275
73.24631.17281.12192.7988-2.24438.7017-0.0035-0.0761-0.12740.16140.19660.3450.3601-1.0761-0.19310.0483-0.05050.1311-0.050.0208-0.05435.341-35.8577-21.7836
85.09761.1156-0.31892.08360.45298.25240.3046-0.1799-0.2862-0.0189-0.40480.07820.371-0.55520.10020.0143-0.0631-0.036-0.1246-0.0189-0.0278-0.0123-36.963-59.3793
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2L109 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4H114 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6A109 - 211
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8B114 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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