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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mj8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HL4E10 Fab, a hamster Ab stimulatory for gammadelta T cells | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / HAMSTER IgG | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Verdino, P. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2011 タイトル: cDNA sequence and Fab crystal structure of HL4E10, a hamster IgG lambda light chain antibody stimulatory for gammadelta T cells. 著者: Verdino, P. / Witherden, D.A. / Podshivalova, K. / Rieder, S.E. / Havran, W.L. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mj8.cif.gz | 328.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mj8.ent.gz | 269.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mj8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mj8_validation.pdf.gz | 450.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mj8_full_validation.pdf.gz | 461.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mj8_validation.xml.gz | 29.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mj8_validation.cif.gz | 39.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mj8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22784.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC 由来: (天然) CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ) / 株: HYBRIDOMA #2: 抗体 | 分子量: 23653.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: HL4E10-SECRETING HYBRIDOMA WAS PRODUCED BY FUSING MOUSE MYELOMA CELLS WITH SPLEEN CELLS FROM AN ARMENIAN HAMSTER IMMUNIZED WITH 7-17 DETC 由来: (天然) CRICETULUS MIGRATORIUS (ネズミ) / 株: HYBRIDOMA |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10-12.5 % PEG 4000, 0.1 M NA- ACETATE, 0.2 M (NH4)2SO4, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97946 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING), SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING) |
放射 | モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL, ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.94→30 Å / Num. obs: 17012 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 70.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.94→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 96.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HL4E10 LIGHT CHAIN SEQUENCE THREADED ONTO 1W72, HL4E10 HEAVY CHAIN SEQUENCE THREADED ONTO 2ARJ 解像度: 2.94→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 56.081 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.536 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS WAS ALSO USED FOR THE REFINEMENT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.94→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.94→3.02 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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