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万見
- PDB-3mj7: Crystal structure of the complex of JAML and Coxsackie and Adenov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mj7
タイトルCrystal structure of the complex of JAML and Coxsackie and Adenovirus receptor, CAR
要素
  • Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
  • Junctional adhesion molecule-like
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN TANDEM DOMAIN / IMMUNE RECEPTOR COMPLEX / CELL ADHESION / CELL JUNCTION / GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / COSTIMULATION / PHOSPHOPROTEIN / RECEPTOR / SECRETED / TIGHT JUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


monocyte extravasation / AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / epithelial structure maintenance / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / regulation of AV node cell action potential / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing ...monocyte extravasation / AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell to bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / epithelial structure maintenance / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / regulation of AV node cell action potential / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / cell-cell junction organization / connexin binding / cardiac muscle cell development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cardiac muscle cell proliferation / regulation of synaptic vesicle endocytosis / intercalated disc / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / neutrophil chemotaxis / acrosomal vesicle / GABA-ergic synapse / PDZ domain binding / filopodium / adherens junction / mitochondrion organization / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / cell-cell junction / presynaptic membrane / heart development / cell body / actin cytoskeleton organization / growth cone / basolateral plasma membrane / neuron projection / membrane raft / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...: / Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog / Junctional adhesion molecule-like
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Verdino, P. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: The molecular interaction of CAR and JAML recruits the central cell signal transducer PI3K.
著者: Verdino, P. / Witherden, D.A. / Havran, W.L. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: The junctional adhesion molecule JAML is a costimulatory receptor for epithelial gammadelta T cell activation.
著者: Witherden, D.A. / Verdino, P. / Rieder, S.E. / Garijo, O. / Mills, R.E. / Teyton, L. / Fischer, W.H. / Wilson, I.A. / Havran, W.L.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Junctional adhesion molecule-like
B: Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2345
ポリマ－55,6942
非ポリマー1,5403
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.865, 89.865, 127.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 Junctional adhesion molecule-like / Dendritic cell-specific protein CREA7 / mCrea7


分子量: 30647.387 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (UNP RESIDUES 21-280) / 変異: K124R, R211Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Amica1, Gm638, Jaml / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS A
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q80UL9
#2: タンパク質 Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog / CAR / mCAR


分子量: 25046.229 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (UNP RESIDUES 18-236) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Car, Cxadr / プラスミド: PBAC6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P97792
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.25 M LI-SULFATE, 0.1 M MES, 24% PEG 3350, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03317
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日
詳細: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMETER. ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 14679 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 40.735 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.932 / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 729 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 13927 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20.44 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3338 0 102 0 3440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223513
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2611.9974758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg13.0035877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4985413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7124.688160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.20915626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9461522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1650.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2450.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9832078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1493844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97653384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.47181435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.724111374
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 54 -
Rwork0.339 1000 -
obs--99.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.45640.9923-2.29034.8715-0.65546.12210.0547-0.34240.2055-0.0650.17630.2132-0.3231-0.7405-0.231-0.3588-0.1023-0.056-0.14630.0585-0.337615.4786-23.3421-3.5617
26.67562.4503-2.6633.3248-1.27695.66040.4787-0.60630.45320.3139-0.3405-0.1205-1.04130.4492-0.13820.1437-0.2865-0.1061-0.2791-0.0062-0.248636.949-5.055-10.6205
34.27350.96091.38232.4418-0.5284.0191-0.0286-0.4694-0.0179-0.22130.36410.52130.2309-1.2365-0.3355-0.4082-0.2309-0.03510.53480.2841-0.0574-2.0593-37.80492.9744
47.95541.69624.89851.6137-1.912511.13190.0291-0.2623-0.0977-0.3065-0.79840.3141-0.4603-0.27480.76930.10380.1346-0.07750.2935-0.12520.4264-29.4149-52.2047-24.7645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 501
3X-RAY DIFFRACTION2A122 - 239
4X-RAY DIFFRACTION3B3 - 120
5X-RAY DIFFRACTION3B301 - 302
6X-RAY DIFFRACTION4B121 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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