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- PDB-3rfu: Crystal structure of a copper-transporting PIB-type ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rfu
タイトルCrystal structure of a copper-transporting PIB-type ATPase
要素Copper efflux ATPase
キーワードHYDROLASE / MEMBRANE PROTEIN / alpha helical / CPC / CXXC / ATP-binding / Ion transport / Magnesium / Cu+ / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Potassium / Transmembrane / Transport / heavy-metal binding / P-type ATPase / PIB-ATPase / Cu+ exporting / copper transport / PI-ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type divalent copper transporter activity / copper ion export / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / copper ion binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / : / Copper-exporting P-type ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gourdon, P. / Liu, X. / Skjorringe, T. / Morth, J.P. / Birk Moller, L. / Panyella Pedersen, B. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a copper-transporting PIB-type ATPase.
著者: Gourdon, P. / Liu, X.Y. / Skjorringe, T. / Morth, J.P. / Moller, L.B. / Pedersen, B.P. / Nissen, P.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Copper efflux ATPase
B: Copper efflux ATPase
C: Copper efflux ATPase
D: Copper efflux ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,98916
ポリマ－313,3244
非ポリマー66612
水00
1
A: Copper efflux ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4974
ポリマ－78,3311
非ポリマー1663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Copper efflux ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4974
ポリマ－78,3311
非ポリマー1663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Copper efflux ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4974
ポリマ－78,3311
非ポリマー1663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Copper efflux ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4974
ポリマ－78,3311
非ポリマー1663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.150, 72.980, 329.950
Angle α, β, γ (deg.)89.96, 90.04, 90.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 74:736 )
211chain B and (resseq 74:736 )
311chain C and (resseq 74:736 )
411chain D and (resseq 74:736 )

-
要素

#1: タンパク質
Copper efflux ATPase


分子量: 78330.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia / 遺伝子: lpg1024 / プラスミド: pet22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3)
参照: UniProt: Q5ZWR1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物
ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 6 % (w/v) PEG6K, 10 % (v/v) Glycerol, 140 mM NaCl, 3 % v/v t-BuOH, 5 mM BME, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11
シンクロトロンBESSY 14.120.97973
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2010年6月20日
RAYONIX MX-2252CCD2010年1月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979731
反射解像度: 3.2→80 Å / Num. all: 82517 / Num. obs: 79677 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
remdaq.pilatusデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2→19.996 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.91 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2606 1595 2.43 %RANDOM
Rwork0.2353 ---
obs0.236 65617 96.81 %-
all-67963 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 96.746 Å2 / ksol: 0.283 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.9296 Å2-2.7288 Å2-10.7273 Å2
2--10.5604 Å2-4.8748 Å2
3----32.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19736 0 28 0 19764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09627272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.11212572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0763296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063456
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4934X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B4934X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
13C4934X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
14D4934X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.30280.34731640.31255735X-RAY DIFFRACTION96
3.3028-3.42030.36771390.31625840X-RAY DIFFRACTION97
3.4203-3.55660.34781420.29585797X-RAY DIFFRACTION97
3.5566-3.71740.31771380.2885890X-RAY DIFFRACTION97
3.7174-3.9120.27051520.24375742X-RAY DIFFRACTION97
3.912-4.15510.21371370.21945784X-RAY DIFFRACTION97
4.1551-4.47260.23641390.21655967X-RAY DIFFRACTION97
4.4726-4.91660.25711230.20545811X-RAY DIFFRACTION97
4.9166-5.61430.30631430.25565788X-RAY DIFFRACTION97
5.6143-7.02210.28111430.26995818X-RAY DIFFRACTION98
7.0221-19.99680.20731750.18665754X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0060.17530.21684.661.15992.9388-0.1893-0.1982-0.1157-0.5833-0.2491.0732-0.2272-1.0907-0.2749-0.01450.08290.26431.17770.33110.4957-5.7366-13.8385-7.838
20.46360.108-0.78651.2581-0.88962.6469-0.0206-0.5256-0.2737-0.0426-0.2569-0.4468-0.32670.48650.20250.25020.21090.21210.66140.17220.449116.4458-12.4975-35.4643
31.8884-0.87950.79352.30660.42950.5937-0.19680.25490.25340.57080.734-0.16180.58260.0574-0.33670.9488-0.14440.12010.8835-0.06890.422415.51658.9427-19.1871
40.8191-0.29940.48532.0037-0.07681.96030.1921-0.00230.2248-0.1872-0.1167-0.3699-0.70010.1417-0.54080.4242-0.05530.25850.0750.06930.36327.61583.4229-78.047
50.0723-0.1651-0.27271.82420.00622.642-0.04-0.07410.0568-0.326-0.0027-0.68970.40040.7737-0.2520.06660.13120.08760.9626-0.11180.505828.095314.0129-172.7894
60.60230.03130.58870.5260.36372.6976-0.0901-0.53010.3235-0.0813-0.20310.39420.5921-0.5745-0.20760.26490.24770.05710.5829-0.02340.47055.944812.6314-200.438
71.48290.1595-0.32351.4317-0.2910.1789-0.290.4114-0.03170.79920.84850.1775-0.7258-0.27130.14641.017-0.08480.1390.6850.18530.336.8759-8.7961-184.1445
80.7016-0.0058-0.60781.20060.441.7140.1614-0.0407-0.2302-0.1141-0.15830.34250.6714-0.14570.00930.47910.00220.01320.15080.07630.4028-5.1639-3.3303-243.0216
90.03670.0659-0.01064.07880.01251.74120.04720.1735-0.20170.6105-0.0902-1.0026-0.22070.6193-0.16040.1376-0.1040.23951.0264-0.1720.563250.130322.6862-156.8615
100.381-0.2183-0.68581.10450.51562.5925-0.19790.6359-0.4284-0.688-0.77040.9056-1.4453-0.8428-0.2195-0.5351-0.55650.74920.25340.2484-0.00127.945123.9667-129.2346
111.6268-0.40470.43822.1752-0.61140.4072-0.2224-0.2085-0.0164-0.85390.46280.12930.2872-0.23070.34690.94650.10820.04880.74480.16840.259828.787945.3945-145.532
120.64070.36750.78741.53920.54971.94330.15180.08970.27420.1684-0.11990.3514-0.625-0.0896-0.48820.35130.08470.28250.0670.07420.367716.714639.8834-86.6651
130.11150.0765-0.28431.80640.59031.6649-0.00030.11830.10530.2837-0.22650.59140.4288-0.6346-0.0220.0774-0.0960.09111.10140.34270.4999-27.880250.2973-321.8626
140.3240.10530.22070.3269-0.17032.1697-0.04110.46410.30620.087-0.2292-0.43290.52240.46910.08710.2477-0.17760.0670.56070.18930.3991-5.716249.0391-294.2183
152.0147-0.0056-0.5471.90.50650.4427-0.2534-0.19210.0608-0.51240.81480.0179-0.7153-0.0814-0.32140.83190.20760.20860.8537-0.12090.1534-6.563327.5891-310.4872
160.91250.4291-0.71491.0725-0.42411.27680.19680.0513-0.25360.198-0.1674-0.32530.72480.08330.05390.46320.09910.01920.11570.08130.40365.471133.173-251.6205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 438:550
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 405:429 or resseq
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 211:328
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 76:205 or resseq 332:402
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resseq 438:550
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resseq 405:429 or resseq
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resseq 211:328
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 76:205 or resseq 332:402
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resseq 438:550
10X-RAY DIFFRACTION10chain C and (resseq 405:429 or resseq
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and resseq 211:328
12X-RAY DIFFRACTION12chain C and (resseq 76:205 or resseq 332:402
13X-RAY DIFFRACTION13chain D and resseq 438:550
14X-RAY DIFFRACTION14chain D and (resseq 405:429 or resseq
15X-RAY DIFFRACTION15chain D and resseq 211:328
16X-RAY DIFFRACTION16chain D and (resseq 76:205 or resseq 332:402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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