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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qbt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tyrosine bound human tyrosyl tRNA synthetase | ||||||
![]() | Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic | ||||||
![]() | LIGASE / tyrosine / aminoacyl tRNA synthetase / Rossman fold / aminoacid activation / tRNA / ester bond | ||||||
機能・相同性 | ![]() interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / response to starvation / small molecule binding / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process ...interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / response to starvation / small molecule binding / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process / extracellular space / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mathew, S. / Schimmel, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A human tRNA synthetase is a potent PARP1-activating effector target for resveratrol. 著者: Sajish, M. / Schimmel, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42133.559 Da / 分子数: 1 / 断片: mini TyrRS (UNP residues 1-364) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 185分子 










#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-TYR / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate monobasic, pH 6-8, 2% acetone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月12日 |
放射 | モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→34.63 Å / Num. all: 26174 / Num. obs: 24513 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1285 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Q11 解像度: 2.1→34.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 5.593 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.199 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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