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- PDB-4hk4: Crystal structure of apo Tyrosine-tRNA ligase mutant protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hk4
タイトルCrystal structure of apo Tyrosine-tRNA ligase mutant protein
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / 3-o-methyl tyrosine incorporation into peptide / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Yu, Y. / Zhou, Q. / Dong, J. / Li, J. / Xiaoxuan, L. / Mukherjee, A. / Ouyang, H. / Nilges, M. / Li, H. / Gao, F. ...Yu, Y. / Zhou, Q. / Dong, J. / Li, J. / Xiaoxuan, L. / Mukherjee, A. / Ouyang, H. / Nilges, M. / Li, H. / Gao, F. / Gong, W. / Lu, Y. / Wang, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of apo Tyrosine-tRNA ligase mutant protein
著者: Yu, Y. / Zhou, Q. / Dong, J. / Li, J. / Xiaoxuan, L. / Mukherjee, A. / Ouyang, H. / Nilges, M. / Li, H. / Gao, F. / Gong, W. / Lu, Y. / Wang, J.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Structure summary
改定 1.22015年5月27日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8503
ポリマ－35,6371
非ポリマー2122
水543
1
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6996
ポリマ－71,2752
非ポリマー4244
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area27280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.695, 38.886, 83.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.98, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 35637.297 Da / 分子数: 1 / 変異: Y32E, L65S, H70G, Q109G, D158N, L162V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: restriction endonuclease cleavage sites: NdeI and XhoI
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: tyrS, MJ0389 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: protein sample (40mg/ml) in 25mM Tris-Cl PH8.0, 50mM NaCl mixed with equal volume of reservior solution containing 20-22% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M sodium citrate PH6.1-6.2, for 5 days, ...詳細: protein sample (40mg/ml) in 25mM Tris-Cl PH8.0, 50mM NaCl mixed with equal volume of reservior solution containing 20-22% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M sodium citrate PH6.1-6.2, for 5 days, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. all: 15316 / Num. obs: 14520 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 4.97 / % possible all: 70.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J1U

1j1u


解像度: 2.298→31.287 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 715 5.02 %
Rwork0.229 --
obs0.2314 14240 92.95 %
all-14520 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.968 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.0996 Å2-0 Å2-6.925 Å2
2--8.8821 Å20 Å2
3---2.2175 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.298→31.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 0 14 3 2478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6623394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7071000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2981-2.47540.3556940.26532173X-RAY DIFFRACTION75
2.4754-2.72440.33421690.26972721X-RAY DIFFRACTION95
2.7244-3.11840.34781490.27982794X-RAY DIFFRACTION96
3.1184-3.92760.26061520.24612854X-RAY DIFFRACTION98
3.9276-31.29020.23351510.1862983X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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